Locus 1858

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 6,974,284 – 6,974,390
Length 106
Max. P 0.717069
window3085

overview

Window 5

Location 6,974,284 – 6,974,390
Length 106
Sequences 6
Columns 106
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.61
Mean single sequence MFE -37.45
Consensus MFE -29.73
Energy contribution -29.68
Covariance contribution -0.05
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -2.43
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 0.39
SVM RNA-class probability 0.717069
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 6974284 106 - 20766785
GCAGCUCAUUGCAGAUGUCUAGCCGCUGGCUGGAAGUGGGCGACAGUCCACCCAUGUAGUCUGCAUUGAAUUCUUCAUCAACAGGAGCUUGUACAAACAGGUCCUU
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>DroSec_CAF1 4086 106 - 1
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>DroSim_CAF1 4070 106 - 1
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..((((((.(((((((.(((((.(....)))))).((((((....)))))).......))))))).))))))..........((((.(((((....))))))))). ( -36.40)
>DroEre_CAF1 4058 106 - 1
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>DroYak_CAF1 4133 106 - 1
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>DroAna_CAF1 3585 106 - 1
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>consensus
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.....(((.(((((((.(((((.......))))).((((((....)))))).......))))))).))).............((((.((((......)))))))). (-29.73 = -29.68 +  -0.05)

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