Locus 1853

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	6,969,782 – 6,969,872
Length	90
Max. P	0.974429

overview

Window 8

Location	6,969,782 – 6,969,872
Length	90
Sequences	6
Columns	106
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	75.55
Mean single sequence MFE	-40.57
Consensus MFE	-34.02
Energy contribution	-33.88
Covariance contribution	-0.14
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.77
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	1.70
SVM RNA-class probability	0.973106
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 6969782 90 + 20766785
GGGCAAC---GGGCACAGGGGCUGCGUUAACCAGCUGGCAGAGCAGCCACAGCCACCGCAGCCCCGGUGCUCACGAUCGGGAUCGGUGU--------CAGG-----
.((((..---((((((.(((((((((.......((((((......)))..)))...))))))))).)))))).((((....)))).)))--------)...----- ( -43.70)
>DroVir_CAF1 16350 98 + 1
CGGAAAC---GGGCACAGGGGCUGCGUAUAUUAGCUGGCACAGCAGCCAUUGCCACCGCAGCCCCGGUGCUCA--UACGGAGGCACAAGCACAGGCACAGGCA---
.(....)---((((((.(((((((((.....(((.((((......)))))))....))))))))).)))))).--.......((....((....))....)).--- ( -41.60)
>DroPse_CAF1 15028 89 + 1
AGGGAAC---GGGCACAGGGGCUGCGUUAACCAGCUGGCACAGCAGCCACAGCCACCGCAGCCCCGGUGCUAA--GUC---GUCGGAG---------GAGGCAGCG
...((..---.(((((.(((((((((.......((((((......)))..)))...))))))))).)))))..--.))---(((....---------..))).... ( -38.90)
>DroGri_CAF1 18298 99 + 1
CGGAAGCAGUGGGCACAGGGGCUGCGUAUAUUAGCUGGCAAAGCAGCCAUUGCCACCGCAGCCCCGGUGCUCA--GUCGGAGGCAGUGCAGCAGU--CAAUCA---
.((..((..(((((((.((((((((((......))((((((........))))))..)))))))).)))))))--((.....))......))..)--).....--- ( -41.40)
>DroAna_CAF1 24348 84 + 1
GGGGAAC---GGGCACAGGGGCUGCGUUAACCAGCUGGCAGAGCAGCCACAGCCACCGCAGCCCCGGUGCCA--GCUC---AUCGGCG---------CAGG-----
.(((...---.(((((.(((((((((.......((((((......)))..)))...))))))))).))))).--.)))---.......---------....----- ( -38.90)
>DroPer_CAF1 14982 89 + 1
AGGGAAC---GGGCACAGGGGCUGCGUUAACCAGCUGGCACAGCAGCCACAGCCACCGCAGCCCCGGUGCUAA--GUC---GUCGGAG---------GAGGCAGCG
...((..---.(((((.(((((((((.......((((((......)))..)))...))))))))).)))))..--.))---(((....---------..))).... ( -38.90)
>consensus
AGGGAAC___GGGCACAGGGGCUGCGUUAACCAGCUGGCACAGCAGCCACAGCCACCGCAGCCCCGGUGCUAA__GUC___GUCGGAG_________CAGGCA___
...........(((((.(((((((((.......((((((......))))..))...))))))))).)))))................................... (-34.02 = -33.88 +  -0.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	6,969,782 – 6,969,872
Length	90
Sequences	6
Columns	106
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	75.55
Mean single sequence MFE	-41.70
Consensus MFE	-36.29
Energy contribution	-36.07
Covariance contribution	-0.22
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.85
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	1.73
SVM RNA-class probability	0.974429
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 6969782 90 - 20766785
-----CCUG--------ACACCGAUCCCGAUCGUGAGCACCGGGGCUGCGGUGGCUGUGGCUGCUCUGCCAGCUGGUUAACGCAGCCCCUGUGCCC---GUUGCCC
-----...(--------((..((((....)))).(.((((.(((((((((.((((((((((......)))).).))))).))))))))).)))).)---))).... ( -42.10)
>DroVir_CAF1 16350 98 - 1
---UGCCUGUGCCUGUGCUUGUGCCUCCGUA--UGAGCACCGGGGCUGCGGUGGCAAUGGCUGCUGUGCCAGCUAAUAUACGCAGCCCCUGUGCCC---GUUUCCG
---.....(..(..(((((..(((....)))--..))))).(((((((((.((((..((((......)))))))).....))))))))).)..)..---....... ( -44.70)
>DroPse_CAF1 15028 89 - 1
CGCUGCCUC---------CUCCGAC---GAC--UUAGCACCGGGGCUGCGGUGGCUGUGGCUGCUGUGCCAGCUGGUUAACGCAGCCCCUGUGCCC---GUUCCCU
.........---------....(((---(..--...((((.(((((((((.((((((((((......)))).).))))).))))))))).)))).)---))).... ( -38.80)
>DroGri_CAF1 18298 99 - 1
---UGAUUG--ACUGCUGCACUGCCUCCGAC--UGAGCACCGGGGCUGCGGUGGCAAUGGCUGCUUUGCCAGCUAAUAUACGCAGCCCCUGUGCCCACUGCUUCCG
---...(((--...((......))...))).--((.((((.(((((((((.((((..((((......)))))))).....))))))))).)))).))......... ( -39.60)
>DroAna_CAF1 24348 84 - 1
-----CCUG---------CGCCGAU---GAGC--UGGCACCGGGGCUGCGGUGGCUGUGGCUGCUCUGCCAGCUGGUUAACGCAGCCCCUGUGCCC---GUUCCCC
-----....---------.......---((((--.(((((.(((((((((.((((((((((......)))).).))))).))))))))).))))).---))))... ( -46.20)
>DroPer_CAF1 14982 89 - 1
CGCUGCCUC---------CUCCGAC---GAC--UUAGCACCGGGGCUGCGGUGGCUGUGGCUGCUGUGCCAGCUGGUUAACGCAGCCCCUGUGCCC---GUUCCCU
.........---------....(((---(..--...((((.(((((((((.((((((((((......)))).).))))).))))))))).)))).)---))).... ( -38.80)
>consensus
___UGCCUG_________CUCCGAC___GAC__UGAGCACCGGGGCUGCGGUGGCUGUGGCUGCUGUGCCAGCUGGUUAACGCAGCCCCUGUGCCC___GUUCCCC
....................................((((.(((((((((.((((..((((......)))))))).....))))))))).))))............ (-36.29 = -36.07 +  -0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

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