| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 6,885,709 – 6,885,829 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.988207 |
| Location | 6,885,709 – 6,885,829 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 89.17 |
| Mean single sequence MFE | -49.92 |
| Consensus MFE | -44.21 |
| Energy contribution | -43.60 |
| Covariance contribution | -0.61 |
| Combinations/Pair | 1.21 |
| Mean z-score | -2.57 |
| Structure conservation index | 0.89 |
| SVM decision value | 2.11 |
| SVM RNA-class probability | 0.988207 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 6885709 120 + 20766785 CGAGCGAUUGGGACGUCUCUGCCGUGCUACAGGCCAACAGAGAACUUGACGCAAACACUCUUUUCUUCUUGAGUCUGGCGCGGCAGGUGCGAGCUAUGCCCAUGAAAUUCCAGUCGCUCG ((((((((((((((((..(((((((((..((((((((.((((((..((.......))...))))))..))).))))))))))))))..))).((...))........))))))))))))) ( -52.10) >DroVir_CAF1 1169 120 + 1 CCAGCGAUUGGGAUGUGUCCGCUGUGCUGCAGGCCAAUCGGGAACUGGACGCCAAUACGCUGUUCUUUCUCAGUCUGGCGCGGCAGGUGCGCGCCAUGCCCAUGAAGUUCCAGUCGCUGG ((((((((((((((((((.((((.((((((..((((..((((((..((((((......)).)))).))))).)..)))))))))))))).))))(((....)))..)))))))))))))) ( -55.60) >DroSec_CAF1 1256 120 + 1 CCAGCGAUUGGGACGUCUCUGCCGUGCUGCAGGCCAACAGGGAACUCGACGCAAAUACUCUUUUCUUCUUAAGUCUGGCGCGGCAGGUGCGAGCUAUGCCCAUGAAAUUUCAGUCGCUCG ..((((((((..((((..(((((((((..(((((.....(((((...((.(......)))..))))).....))))))))))))))..))).((...))........)..)))))))).. ( -40.70) >DroSim_CAF1 5369 120 + 1 CCAGCGAUUGGGACGUCUCUGCCGUGCUGCAGGCCAACAGAGAACUCGACGCAAACACUCUAUUCUUCUUGAGUCUGGCACGGCAGGUGCGAGCUAUGCCCAUGAAAUUUCAGUCGCUCG ..((((((((..((((..(((((((((..((((((((..(((((...((.(......)))..))))).))).))))))))))))))..))).((...))........)..)))))))).. ( -43.90) >DroEre_CAF1 6702 120 + 1 CCAGCGAUUGGGACGUGUCGGCGGUGCUUCAGGCCAACAGGGAACUUGAUGCAAACACUCUGUUCUUUUUGAGUCUGGCGCGGCAGGUGCGAGCCAUGCCAAUGAAGUUUCAGUCGCUGG ((((((((((..((...(((...((((..((((((((.(((((((..((((....)).)).)))))))))).)))))))))(((((((....))).))))..))).))..)))))))))) ( -53.00) >DroYak_CAF1 6642 120 + 1 CCAGCGAUUGGGACGUGUCUGCUGUGCUUCAGGCCAACAGGGAACUUGACGCAAACACUCUAUUCUUUUUGAGUCUGGCGCGGCAGGUGCGAGCCAUGCCAAUGAAGUUUCAAUCGCUGG ((((((((((..(((..((((((((((..((((((((.((((((...((.(......)))..))))))))).)))))))))))))))..)....(((....)))..))..)))))))))) ( -54.20) >consensus CCAGCGAUUGGGACGUCUCUGCCGUGCUGCAGGCCAACAGGGAACUUGACGCAAACACUCUAUUCUUCUUGAGUCUGGCGCGGCAGGUGCGAGCCAUGCCCAUGAAAUUUCAGUCGCUCG ((((((((((((((((..(((((((((..(((((.....(((((..................))))).....))))))))))))))..)))...(((....)))...))))))))))))) (-44.21 = -43.60 + -0.61)
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