Locus 1824

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	6,827,425 – 6,827,595
Length	170
Max. P	0.804866

overview

Window 9

Location	6,827,425 – 6,827,521
Length	96
Sequences	6
Columns	102
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.34
Mean single sequence MFE	-35.77
Consensus MFE	-19.24
Energy contribution	-19.55
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-1.88
Structure conservation index	0.54
SVM decision value	0.63
SVM RNA-class probability	0.804866
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 6827425 96 + 20766785
UUCCUGCCGCCGCUCC---ACCUCCUCCUC---CAUUCAGGUUGGGCAUAUGUCCGAUCUCUGUGAAGCGCUCAUGGGUGCGUAUGGAGGAAUGGGAGUGUC
..........((((((---...((((((..---(((..(((((((((....)))))))))..)))..(((((....)))))....))))))...)))))).. ( -42.70)
>DroPse_CAF1 1591 84 + 1
CGCCU---------------CCACCUCCUC---CAGUCAUGUUGGGCAUGUGUCCGAUCUCUGUGAAGCGCUCGUGUGUGCGUAUGGAAGAGUGGGAGUGGC
(((..---------------((((.((.((---((.(((((((((((....)))))))....)))).((((......))))...)))).))))))..))).. ( -32.90)
>DroSec_CAF1 364 99 + 1
UUCCUGCUCCACCUCC---ACCUCCUCCUCCACCAUUCAGGUUGGGCAUAUGUCCGAUCUCUGUGAAGCGCUCAUGGGUGCGUAUGGAGGAAUGGGAGUGUC
.........(((..((---(..((((((.....(((..(((((((((....)))))))))..)))..(((((....)))))....)))))).)))..))).. ( -40.60)
>DroYak_CAF1 923 96 + 1
UUCCAGCCCCUGCUCC---ACCUCCUCCUC---CAUUCAGGUUGGGCAUGUGUCCGAUCUCUGUGAAGCGCUCAUGGGUGCGUAUGGACGAAUGGGAGUGUC
...........(((((---...((.(((..---(((..(((((((((....)))))))))..)))..(((((....)))))....))).))...)))))... ( -34.30)
>DroMoj_CAF1 298 93 + 1
UUACAGAUCCAGUUCCAGUUGCUCCACUUC---------CAUUUGGCAUGUGGCCAAUUUCGGUGAAGCGCUCGUGGGUGCGUAUCGAGGAGUGGGAAUGAC
...........(((((....(((((.....---------...(((((.....)))))..((((((..(((((....))))).))))))))))).)))))... ( -31.20)
>DroPer_CAF1 944 84 + 1
CGCCU---------------CCACCUCCUC---CAGUCAUGUUGGGCAUGUGUCCGAUCUCUGUGAAGCGCUCGUGUGUGCGUAUGGAAGAGUGGGAGUGGC
(((..---------------((((.((.((---((.(((((((((((....)))))))....)))).((((......))))...)))).))))))..))).. ( -32.90)
>consensus
UUCCUGC_CC_GCUCC___ACCUCCUCCUC___CAUUCAGGUUGGGCAUGUGUCCGAUCUCUGUGAAGCGCUCAUGGGUGCGUAUGGAGGAAUGGGAGUGUC
........................(((((...........(((((((....))))))).((((((..(((((....))))).)))))).....))))).... (-19.24 = -19.55 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	6,827,481 – 6,827,595
Length	114
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.52
Mean single sequence MFE	-39.57
Consensus MFE	-27.88
Energy contribution	-28.30
Covariance contribution	0.42
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-1.35
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	0.20
SVM RNA-class probability	0.632880
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 6827481 114 + 20766785
GUGAAGCGCUCAUGGGUGCGUAUGGAGGAAUGGGAGUGUCCGAGCGAGUGGAUCGGCGAGUGUCGGUCCACGAGUCGGUUCUUCGAGAUGGAUUUCCAGUAGCGUCUGUAA---AAG---
.....(((((....))))).((((((.(....((((...((((.(..((((((((((....))))))))))..)))))..))))....(((....)))....).)))))).---...--- ( -42.70)
>DroVir_CAF1 362 115 + 1
GAGAAACGCUCGUGGGUGCGUAUCGAGGAGUGCGAGUGGCCCAGCGAGUGGAUGGGCGAGUUGCGAUCCACCAGACGAUUCUUCGAUAUCGAUUUCCAGUAGCGUCUGU--CAAAAG---
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>DroGri_CAF1 390 117 + 1
GUGAAGCGCUCGUGGGUGCGUAUCGAGGAGUGCGAGCGUCCCAACGAAUGUAUGGGCGAGUUGCGAUCGACUAAACGAUUCUUCGAUAUGGACUUCCAGUAGCGUCUACAAAGUGGA---
(((..(((((((..(((.(((((((((((.(((((.((.((((((....)).))))))..)))))((((......))))))))))))))).)))..).).))))).)))........--- ( -41.80)
>DroWil_CAF1 2047 114 + 1
GUAAAGCGCUCAUGUGUGCGUAUCGAGGAAUGGGAGUGGCCCAACGAGUGUAUGGGCGAGUGUCUAUCGGCCAGACGAUUCUUUGAAAUGGACUUCCAAUAGCGUCUGCAA---AAA---
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>DroMoj_CAF1 351 117 + 1
GUGAAGCGCUCGUGGGUGCGUAUCGAGGAGUGGGAAUGACCCAGCGAGUGUAUGGGUGAGUGGCGAUCCACCAGACGAUUCUUUGAUAUAGAUUUCCAAUAGCGUCUGCAACGAAAG---
((..((((((..((((..(((((((((((((.(...(((((((((....)).)))))..((((....))))))..).)))))))))))).)...))))..)))).))...)).....--- ( -38.00)
>DroAna_CAF1 549 114 + 1
GUGAAGCGCUCAUGGGUGCGUAUGGAGGA---GGAGUGGCCCAACGAAUGAAUGGGCGAGUGCCGGUCCACCAGGCGAUUUUUCGAUAUGGAUUUCCAGUAGCGUCUGCAA---AGAUAA
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>consensus
GUGAAGCGCUCAUGGGUGCGUAUCGAGGAGUGGGAGUGGCCCAACGAGUGUAUGGGCGAGUGGCGAUCCACCAGACGAUUCUUCGAUAUGGAUUUCCAGUAGCGUCUGCAA___AAA___
.....(((((..(((((.(((((((((((((.......(((((.........)))))..(((......)))......))))))))))))).))..)))..)))))............... (-27.88 = -28.30 +   0.42)

alignment

secondary structure

dotplot

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