Locus 172

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	1,429,979 – 1,430,195
Length	216
Max. P	0.995704

overview

Window 6

Location	1,429,979 – 1,430,075
Length	96
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	75.74
Mean single sequence MFE	-29.42
Consensus MFE	-13.20
Energy contribution	-14.12
Covariance contribution	0.92
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-1.99
Structure conservation index	0.45
SVM decision value	0.71
SVM RNA-class probability	0.830022
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1429979 96 + 20766785
UUUGACGAGGCAUCAUACCCGGCUUAUGGCAUAU-------GGCAUAUGCUUUUAUGUGUG----UC----CAUACAUACAUAUAU---------AGUAUGUGUGUUGCAGCUGCAUAUG
.............((((..(((((....(((...-------.(((((((((..((((((((----(.----...)))))))))...---------)))))))))..))))))))..)))) ( -28.90)
>DroSec_CAF1 48396 104 + 1
UUUGACGAGGCAUCAUACCCGGCUUAUGGCAUAU-------GGCAUAUGAUUGCAUGUGUGUGUGUCCCUACAUACAUACAUAUAU---------AGUGUGUGUGUUGCAGCUGCAUAUG
.............((((..(((((...(((((((-------(.((((((....))))))))))))))...((((((((((......---------.))))))))))...)))))..)))) ( -30.80)
>DroSim_CAF1 53483 120 + 1
UUUGACGAGGCAUCAUACCCGGCUUAUGGCAUAUGGCAUAUGGCAUAUGCUUGCAUGUGUGUGUGUCCCUACAUACAUACAUAUAUAGUAUGUAUAGUGUGUGUGUUGCAGCUGCAUAUG
......((.(((.(((((...((....((((((((.(....).)))))))).))..)))))))).))...((((((((((.(((((.....)))))))))))))))(((....))).... ( -40.40)
>DroEre_CAF1 46510 92 + 1
UUUGACGAGGCAUCAGACCCGGUUUAUGGCAUGU-------GGCAUAUGGAUAUAUGUGUGUGUGUC------------UAUAUAU---------AGCAUGUGUGUUGCAGCUGCAUAUG
........(.(((.((((...))))))).)(((.-------.((((((((((((((....)))))))------------)))))..---------.(((.......))).))..)))... ( -25.30)
>DroYak_CAF1 51368 86 + 1
UUUGACGAGGCAUCGGACCCAGUUUAUGGCAUGU-------GGCAUAUGGAUAU------GUCUGUU------------UAUAUAU---------AGUUUGUAUGUUGCAGCUGCAAAUG
.....(((....)))......((((..(((.((.-------.(((((..(((((------((.....------------...))))---------.)))..)))))..)))))..)))). ( -21.70)
>consensus
UUUGACGAGGCAUCAUACCCGGCUUAUGGCAUAU_______GGCAUAUGCUUAUAUGUGUGUGUGUC____CAUACAUACAUAUAU_________AGUAUGUGUGUUGCAGCUGCAUAUG
.(((.(((.(((.((((((((.....))).............(((((((....)))))))....................................)))))))).))))))......... (-13.20 = -14.12 +   0.92)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	1,430,013 – 1,430,115
Length	102
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.98
Mean single sequence MFE	-32.50
Consensus MFE	-21.03
Energy contribution	-23.18
Covariance contribution	2.15
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-3.13
Structure conservation index	0.65
SVM decision value	2.61
SVM RNA-class probability	0.995704
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1430013 102 + 20766785
-GGCAUAUGCUUUUAUGUGUG----UC----CAUACAUACAUAUAU---------AGUAUGUGUGUUGCAGCUGCAUAUGACUAAGCACGCUUCGACUCACGUGCUUAAAUGUUAAUGAU
-.(((((((((..((((((((----(.----...)))))))))...---------)))))))))..(((....)))..((((((((((((..........))))))))...))))..... ( -32.20)
>DroSec_CAF1 48430 110 + 1
-GGCAUAUGAUUGCAUGUGUGUGUGUCCCUACAUACAUACAUAUAU---------AGUGUGUGUGUUGCAGCUGCAUAUGACUAAGCACGCUUCGACUCACGUGCUUAAAUGUUAAUGAU
-.(((......)))((((((((((((....))))))))))))....---------((..((((.((((.((((((..........))).))).)))).))))..)).............. ( -36.10)
>DroSim_CAF1 53523 120 + 1
UGGCAUAUGCUUGCAUGUGUGUGUGUCCCUACAUACAUACAUAUAUAGUAUGUAUAGUGUGUGUGUUGCAGCUGCAUAUGACUAAGCACGCUUCGACUCACGUGCUUAAAUGUUAAUGAU
(((((((((((...((((((((((((....))))))))))))....)))))))..((..((((.((((.((((((..........))).))).)))).))))..)).....))))..... ( -40.30)
>DroEre_CAF1 46544 98 + 1
-GGCAUAUGGAUAUAUGUGUGUGUGUC------------UAUAUAU---------AGCAUGUGUGUUGCAGCUGCAUAUGACUAAGCACGCUUCGACUCACGUGCUUAAAUGUUAAUGAU
-(((((((((((((((....)))))))------------)))))..---------((((((((.((((.((((((..........))).))).)))).)))))))).....)))...... ( -34.00)
>DroYak_CAF1 51402 92 + 1
-GGCAUAUGGAUAU------GUCUGUU------------UAUAUAU---------AGUUUGUAUGUUGCAGCUGCAAAUGACUAAGCACGCUUCGACUCACGUGCUUAAAUGUUAAUGAU
-.(((((..(((((------((.....------------...))))---------.)))..)))))(((....)))..((((((((((((..........))))))))...))))..... ( -19.90)
>consensus
_GGCAUAUGCUUAUAUGUGUGUGUGUC____CAUACAUACAUAUAU_________AGUAUGUGUGUUGCAGCUGCAUAUGACUAAGCACGCUUCGACUCACGUGCUUAAAUGUUAAUGAU
.(((((.....((((((((((..............))))))))))..........((((((((.((((.((((((..........))).))).)))).))))))))...)))))...... (-21.03 = -23.18 +   2.15)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	1,430,013 – 1,430,115
Length	102
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.98
Mean single sequence MFE	-25.48
Consensus MFE	-15.28
Energy contribution	-15.28
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.79
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	1.91
SVM RNA-class probability	0.982192
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1430013 102 - 20766785
AUCAUUAACAUUUAAGCACGUGAGUCGAAGCGUGCUUAGUCAUAUGCAGCUGCAACACACAUACU---------AUAUAUGUAUGUAUG----GA----CACACAUAAAAGCAUAUGCC-
...........((((((((((........)))))))))).(((((((...........((((((.---------......))))))(((----..----....)))....)))))))..- ( -28.00)
>DroSec_CAF1 48430 110 - 1
AUCAUUAACAUUUAAGCACGUGAGUCGAAGCGUGCUUAGUCAUAUGCAGCUGCAACACACACACU---------AUAUAUGUAUGUAUGUAGGGACACACACACAUGCAAUCAUAUGCC-
...........((((((((((........)))))))))).....(((....)))...........---------.((((((..(((((((..(......)..)))))))..))))))..- ( -27.10)
>DroSim_CAF1 53523 120 - 1
AUCAUUAACAUUUAAGCACGUGAGUCGAAGCGUGCUUAGUCAUAUGCAGCUGCAACACACACACUAUACAUACUAUAUAUGUAUGUAUGUAGGGACACACACACAUGCAAGCAUAUGCCA
............(((((((((........)))))))))(.(((((((...((((...........((((((((.......))))))))((..(......)..)).)))).))))))).). ( -33.10)
>DroEre_CAF1 46544 98 - 1
AUCAUUAACAUUUAAGCACGUGAGUCGAAGCGUGCUUAGUCAUAUGCAGCUGCAACACACAUGCU---------AUAUAUA------------GACACACACACAUAUAUCCAUAUGCC-
............(((((((((........)))))))))((((((((.(((((.......)).)))---------.))))).------------))).......(((((....)))))..- ( -22.50)
>DroYak_CAF1 51402 92 - 1
AUCAUUAACAUUUAAGCACGUGAGUCGAAGCGUGCUUAGUCAUUUGCAGCUGCAACAUACAAACU---------AUAUAUA------------AACAGAC------AUAUCCAUAUGCC-
............(((((((((........)))))))))(((..((((....)))).(((.....)---------)).....------------....)))------.............- ( -16.70)
>consensus
AUCAUUAACAUUUAAGCACGUGAGUCGAAGCGUGCUUAGUCAUAUGCAGCUGCAACACACACACU_________AUAUAUGUAUGUAUG____GACACACACACAUACAACCAUAUGCC_
...........((((((((((........)))))))))).....(((....))).................................................................. (-15.28 = -15.28 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	1,430,044 – 1,430,155
Length	111
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.76
Mean single sequence MFE	-29.95
Consensus MFE	-26.54
Energy contribution	-26.62
Covariance contribution	0.08
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-1.98
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	2.42
SVM RNA-class probability	0.993747
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1430044 111 + 20766785
AUAUAU---------AGUAUGUGUGUUGCAGCUGCAUAUGACUAAGCACGCUUCGACUCACGUGCUUAAAUGUUAAUGAUGUGCUCAUGCCACAAGCGGAAUUACUUGCAUACUCAUAUC
((((..---------((((((((.((((.((((((..........))).))).)))).))))))))...))))..(((((((((.....((......))........))))).))))... ( -29.42)
>DroSec_CAF1 48469 111 + 1
AUAUAU---------AGUGUGUGUGUUGCAGCUGCAUAUGACUAAGCACGCUUCGACUCACGUGCUUAAAUGUUAAUGAUGUGCUCAUGCCACAAGCGGAAUUACUUGCAUACUCAUAUC
..((((---------((((((((.((.....((((...((((((((((((..........))))))))...))))....(((((....).)))).))))....)).)))))))).)))). ( -28.70)
>DroSim_CAF1 53563 120 + 1
AUAUAUAGUAUGUAUAGUGUGUGUGUUGCAGCUGCAUAUGACUAAGCACGCUUCGACUCACGUGCUUAAAUGUUAAUGAUGUGCUCAUGCCACAAGCGGAAUUACUUGCAUACUCAUAUC
..((((((((((((.(((((((.(((.(((...(((((((((((((((((..........))))))))...)))....))))))...))).))).)))....)))))))))))).)))). ( -34.10)
>DroEre_CAF1 46571 111 + 1
AUAUAU---------AGCAUGUGUGUUGCAGCUGCAUAUGACUAAGCACGCUUCGACUCACGUGCUUAAAUGUUAAUGAUGUGCUCAUGCCACAAGCGGAAUUACUUGCAUACUCAUAUC
((((..---------((((((((.((((.((((((..........))).))).)))).))))))))...))))..(((((((((.....((......))........))))).))))... ( -31.42)
>DroYak_CAF1 51423 111 + 1
AUAUAU---------AGUUUGUAUGUUGCAGCUGCAAAUGACUAAGCACGCUUCGACUCACGUGCUUAAAUGUUAAUGAUGUGCUCAUGCUACAAGCGGAAUUACUUGCAUACUCAUAUC
..((((---------(((.((((.((.....((((...((((((((((((..........))))))))...))))....(((((....)).))).))))....)).)))).))).)))). ( -26.10)
>consensus
AUAUAU_________AGUAUGUGUGUUGCAGCUGCAUAUGACUAAGCACGCUUCGACUCACGUGCUUAAAUGUUAAUGAUGUGCUCAUGCCACAAGCGGAAUUACUUGCAUACUCAUAUC
...............((((((((.((.....((((...((((((((((((..........))))))))...))))....(((((....)).))).))))....)).))))))))...... (-26.54 = -26.62 +   0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	1,430,044 – 1,430,155
Length	111
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.76
Mean single sequence MFE	-28.54
Consensus MFE	-25.68
Energy contribution	-25.68
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.69
Structure conservation index	0.90
SVM decision value	1.83
SVM RNA-class probability	0.979279
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1430044 111 - 20766785
GAUAUGAGUAUGCAAGUAAUUCCGCUUGUGGCAUGAGCACAUCAUUAACAUUUAAGCACGUGAGUCGAAGCGUGCUUAGUCAUAUGCAGCUGCAACACACAUACU---------AUAUAU
.((((((((((((((((......)))))((((((((.....)))).......(((((((((........)))))))))))))..(((....))).....))))))---------.))))) ( -29.50)
>DroSec_CAF1 48469 111 - 1
GAUAUGAGUAUGCAAGUAAUUCCGCUUGUGGCAUGAGCACAUCAUUAACAUUUAAGCACGUGAGUCGAAGCGUGCUUAGUCAUAUGCAGCUGCAACACACACACU---------AUAUAU
....((.((.((((.((......((.((((((((((.....)))).......(((((((((........))))))))))))))).)).)))))))).))......---------...... ( -26.00)
>DroSim_CAF1 53563 120 - 1
GAUAUGAGUAUGCAAGUAAUUCCGCUUGUGGCAUGAGCACAUCAUUAACAUUUAAGCACGUGAGUCGAAGCGUGCUUAGUCAUAUGCAGCUGCAACACACACACUAUACAUACUAUAUAU
.(((((((((((..(((.........((((((((((.....)))).......(((((((((........)))))))))))))))(((....)))........)))...)))))).))))) ( -29.90)
>DroEre_CAF1 46571 111 - 1
GAUAUGAGUAUGCAAGUAAUUCCGCUUGUGGCAUGAGCACAUCAUUAACAUUUAAGCACGUGAGUCGAAGCGUGCUUAGUCAUAUGCAGCUGCAACACACAUGCU---------AUAUAU
.((((((((((((((((......)))))((((((((.....)))).......(((((((((........)))))))))))))..(((....))).....))))))---------.))))) ( -29.50)
>DroYak_CAF1 51423 111 - 1
GAUAUGAGUAUGCAAGUAAUUCCGCUUGUAGCAUGAGCACAUCAUUAACAUUUAAGCACGUGAGUCGAAGCGUGCUUAGUCAUUUGCAGCUGCAACAUACAAACU---------AUAUAU
.......(((((.((((......))))(((((((((.....))))......((((((((((........)))))))))).........)))))..))))).....---------...... ( -27.80)
>consensus
GAUAUGAGUAUGCAAGUAAUUCCGCUUGUGGCAUGAGCACAUCAUUAACAUUUAAGCACGUGAGUCGAAGCGUGCUUAGUCAUAUGCAGCUGCAACACACACACU_________AUAUAU
(((.((..(((((((((......))))...)))))..)).)))........((((((((((........)))))))))).....(((....))).......................... (-25.68 = -25.68 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	1,430,075 – 1,430,195
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.25
Mean single sequence MFE	-24.21
Consensus MFE	-21.62
Energy contribution	-21.72
Covariance contribution	0.10
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.48
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	1.14
SVM RNA-class probability	0.922006
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1430075 120 + 20766785
ACUAAGCACGCUUCGACUCACGUGCUUAAAUGUUAAUGAUGUGCUCAUGCCACAAGCGGAAUUACUUGCAUACUCAUAUCAUACAGACGCACUCACAGAUGCAACAUAACAUAUGUAAAG
..((((((((..........)))))))).((((((((((((((...((((...(((........)))))))...))))))))......(((........)))....))))))........ ( -25.90)
>DroSec_CAF1 48500 120 + 1
ACUAAGCACGCUUCGACUCACGUGCUUAAAUGUUAAUGAUGUGCUCAUGCCACAAGCGGAAUUACUUGCAUACUCAUAUCAUACAGACGCACUCACAGACGCAACAUAACAUAUGUAAAG
..((((((((..........)))))))).((((((((((((((...((((...(((........)))))))...))))))))......((..........))....))))))........ ( -24.30)
>DroSim_CAF1 53603 120 + 1
ACUAAGCACGCUUCGACUCACGUGCUUAAAUGUUAAUGAUGUGCUCAUGCCACAAGCGGAAUUACUUGCAUACUCAUAUCAUACAGACGCACUCACAGACGCAACAUAACAUAUGUAAAG
..((((((((..........)))))))).((((((((((((((...((((...(((........)))))))...))))))))......((..........))....))))))........ ( -24.30)
>DroEre_CAF1 46602 120 + 1
ACUAAGCACGCUUCGACUCACGUGCUUAAAUGUUAAUGAUGUGCUCAUGCCACAAGCGGAAUUACUUGCAUACUCAUAUCAUACAGACCCACUCACAGACGCCACCUAACAUAUGUAAAC
..((((((((..........)))))))).((((((((((((((...((((...(((........)))))))...))))))))...((.....))............))))))........ ( -22.60)
>DroYak_CAF1 51454 108 + 1
ACUAAGCACGCUUCGACUCACGUGCUUAAAUGUUAAUGAUGUGCUCAUGCUACAAGCGGAAUUACUUGCAUACUCAUAUCAUGCA------------GACGCCACCUAACAUAUGUAAAC
..((((((((..........)))))))).((((((((((((((...((((.................))))...))))))))((.------------...))....))))))........ ( -23.93)
>consensus
ACUAAGCACGCUUCGACUCACGUGCUUAAAUGUUAAUGAUGUGCUCAUGCCACAAGCGGAAUUACUUGCAUACUCAUAUCAUACAGACGCACUCACAGACGCAACAUAACAUAUGUAAAG
..((((((((..........)))))))).((((((((((((((...((((...(((........)))))))...))))))))...((.....))............))))))........ (-21.62 = -21.72 +   0.10)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	1,430,075 – 1,430,195
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.25
Mean single sequence MFE	-33.22
Consensus MFE	-28.74
Energy contribution	-29.98
Covariance contribution	1.24
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.46
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	0.79
SVM RNA-class probability	0.851834
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1430075 120 - 20766785
CUUUACAUAUGUUAUGUUGCAUCUGUGAGUGCGUCUGUAUGAUAUGAGUAUGCAAGUAAUUCCGCUUGUGGCAUGAGCACAUCAUUAACAUUUAAGCACGUGAGUCGAAGCGUGCUUAGU
..(((((.((((......)))).)))))(((((((.....)))(((....(((((((......))))))).)))..))))...........((((((((((........)))))))))). ( -33.60)
>DroSec_CAF1 48500 120 - 1
CUUUACAUAUGUUAUGUUGCGUCUGUGAGUGCGUCUGUAUGAUAUGAGUAUGCAAGUAAUUCCGCUUGUGGCAUGAGCACAUCAUUAACAUUUAAGCACGUGAGUCGAAGCGUGCUUAGU
..(((((.((((......)))).)))))(((((((.....)))(((....(((((((......))))))).)))..))))...........((((((((((........)))))))))). ( -33.20)
>DroSim_CAF1 53603 120 - 1
CUUUACAUAUGUUAUGUUGCGUCUGUGAGUGCGUCUGUAUGAUAUGAGUAUGCAAGUAAUUCCGCUUGUGGCAUGAGCACAUCAUUAACAUUUAAGCACGUGAGUCGAAGCGUGCUUAGU
..(((((.((((......)))).)))))(((((((.....)))(((....(((((((......))))))).)))..))))...........((((((((((........)))))))))). ( -33.20)
>DroEre_CAF1 46602 120 - 1
GUUUACAUAUGUUAGGUGGCGUCUGUGAGUGGGUCUGUAUGAUAUGAGUAUGCAAGUAAUUCCGCUUGUGGCAUGAGCACAUCAUUAACAUUUAAGCACGUGAGUCGAAGCGUGCUUAGU
........((((((((((((..(((..((((((.(((((((.......))))).))....))))))..))).....)).))))..))))))((((((((((........)))))))))). ( -35.30)
>DroYak_CAF1 51454 108 - 1
GUUUACAUAUGUUAGGUGGCGUC------------UGCAUGAUAUGAGUAUGCAAGUAAUUCCGCUUGUAGCAUGAGCACAUCAUUAACAUUUAAGCACGUGAGUCGAAGCGUGCUUAGU
........(((((((((((((((------------.....)))(((....(((((((......))))))).)))..)).))))..))))))((((((((((........)))))))))). ( -30.80)
>consensus
CUUUACAUAUGUUAUGUUGCGUCUGUGAGUGCGUCUGUAUGAUAUGAGUAUGCAAGUAAUUCCGCUUGUGGCAUGAGCACAUCAUUAACAUUUAAGCACGUGAGUCGAAGCGUGCUUAGU
.((((((.((((......)))).))))))......((((((((.((..(((((((((......))))...)))))..)).)))))..))).((((((((((........)))))))))). (-28.74 = -29.98 +   1.24)

alignment

secondary structure

dotplot

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