Locus 1712

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 6,461,071 – 6,461,179
Length 108
Max. P 0.671330
window2863

overview

Window 3

Location 6,461,071 – 6,461,179
Length 108
Sequences 5
Columns 115
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.62
Mean single sequence MFE -34.09
Consensus MFE -26.38
Energy contribution -26.46
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.62
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 0.29
SVM RNA-class probability 0.671330
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 6461071 108 - 20766785
CCACGUGGCUCCUUGUAUGUGC-UUGGUAAUACUAACACACAUGUCAGUGUGUCGUUCGCAAUACCUAUGGC------UAUAGGUACGUAGAUCCCACUCCCAGUCGGAGUCAAG
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>DroSec_CAF1 36676 108 - 1
CCACGUGGCUCCUUGUAUGUGC-UUGCUAGUACUAGCACACAUGUCAGUGUGUCGUUCGCAAUACCUAUGGC------UAUAGGUAGGUAGAUCCCACUCCCAGUCGGAGUCAAG
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>DroSim_CAF1 28053 108 - 1
CCACGUGGCUCCUUGUAUGUGC-UUGGUAGUACUAACACACAUGUCAGUGUGUCGUUCGCAAUACCUAUGGC------UAUAGGUAGGUGGAUCCCACUCCCAGUCGGAGUCAAG
.....((((((((((((((((.-((((.....))))..)))))).))).(((..((((((..(((((((...------.))))))).))))))..)))........))))))).. ( -34.80)
>DroEre_CAF1 35064 109 - 1
CCACGUGGCUCCUCAUAUGUGAGUUGGUGGUACCAACACACAUGUCCGUGUGUCGUUCGCAAUAUCUAUAGC------UAUAGCUACGUAGAUCCCACUCCAAAUCGGAGUCAAG
.....(((((((.....((((((((((.....)))))((((((....))))))...)))))..(((((((((------....)))..)))))).............))))))).. ( -34.30)
>DroYak_CAF1 39204 114 - 1
CCACGUGGCUCCUCAUAUGUGC-UGGGUUGUACUAACACACAUGUCAGUGUGUCGUUCGUAAUACCUAUAGCUAUAGCUAUAGCUAGGUAGAUCCCACUCCAAGUCGGAGUCAAG
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>consensus
CCACGUGGCUCCUUGUAUGUGC_UUGGUAGUACUAACACACAUGUCAGUGUGUCGUUCGCAAUACCUAUGGC______UAUAGGUAGGUAGAUCCCACUCCCAGUCGGAGUCAAG
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alignment

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