Locus 1658

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 6,264,515 – 6,264,697
Length 182
Max. P 0.999844
window2767 window2768 window2769 window2770 window2771

overview

Window 7

Location 6,264,515 – 6,264,632
Length 117
Sequences 5
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.62
Mean single sequence MFE -45.00
Consensus MFE -37.34
Energy contribution -38.18
Covariance contribution 0.84
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.47
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 2.35
SVM RNA-class probability 0.992751
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 6264515 117 + 20766785
AUCACGUCAGUUUAAAGCCCAUUGGCCUGGCCAACUGCCAUACACAAAUGACUGCGAGUGCCAGCGACCACAGGCCACUCAUUAAGUGGCCAAAGCAUUUGGGCCCGCCCGGAUGGC
.....(((........(((....)))(((((..((((((((......)))...)).)))))))).)))....(((((((.....)))))))....((((((((....)))))))).. ( -39.60)
>DroSec_CAF1 7685 117 + 1
AUCACGGCAGUUUAAAGCCCAUUGAACUGGCCAACUGCCAUACGCAAAUGACUGCGAGUGCCAGCGACCACAGGCCACUCAUUAAGUGGCCAAAGCAUUUGGGCCCGCCCGGAUGGC
.((..((((((((((......))))))).)))..(((.(((.((((......)))).))).))).)).....(((((((.....)))))))....((((((((....)))))))).. ( -44.70)
>DroSim_CAF1 7901 117 + 1
AUCACGGCAGUUUAAAGCCCGUUGGACUGGCCAACUGCCAUACGCAAAUGACUGCGAGUGCCAGCGACCACAGGCCACUCAUUAAGUGGCCAAAGCAUUUGGGCCCGCCCGGAUGGC
.....(((........)))((((((((((((.....)))...((((......))))))).))))))......(((((((.....)))))))....((((((((....)))))))).. ( -47.30)
>DroEre_CAF1 7407 117 + 1
AUCACGGCAGUUUGGCGCCCGUUGGCCUGGCCAACUGCCAUACGCAAAUGACUGCGAGUGCCAGCGACCACAGGCCACUCAUUAAGUGGCCAAAGCAUUUGGGCCUGCCCGGAUGGC
..((((((((((.((((((....)))...))))))))))...((((......)))).)))...((.......(((((((.....)))))))....((((((((....)))))))))) ( -51.30)
>DroYak_CAF1 8466 117 + 1
AUCAAGACAGUUUAAAGCCCGUUGGUCUGUCCAACUGCCAUACGCAAAUGGCUGCGAGUGCCAGUGACCACAGGCCACUCAUUAAGUGGCCAAAGCAUUUGGGCCUGCCCGGAUGGC
.....(((((.((((......)))).)))))..((((.(((.((((......)))).))).)))).......(((((((.....)))))))....((((((((....)))))))).. ( -42.10)
>consensus
AUCACGGCAGUUUAAAGCCCGUUGGACUGGCCAACUGCCAUACGCAAAUGACUGCGAGUGCCAGCGACCACAGGCCACUCAUUAAGUGGCCAAAGCAUUUGGGCCCGCCCGGAUGGC
..((((((((((....(((.........))).)))))))...((((......)))).)))...((.......(((((((.....)))))))....((((((((....)))))))))) (-37.34 = -38.18 +   0.84)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 6,264,515 – 6,264,632
Length 117
Sequences 5
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.62
Mean single sequence MFE -49.76
Consensus MFE -46.34
Energy contribution -46.06
Covariance contribution -0.28
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.47
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 4.23
SVM RNA-class probability 0.999844
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 6264515 117 - 20766785
GCCAUCCGGGCGGGCCCAAAUGCUUUGGCCACUUAAUGAGUGGCCUGUGGUCGCUGGCACUCGCAGUCAUUUGUGUAUGGCAGUUGGCCAGGCCAAUGGGCUUUAAACUGACGUGAU
(((.....)))(((((((...(((..((((((((...))))))))..(((((((((.((..(((((....)))))..)).))).)))))))))...))))))).............. ( -49.20)
>DroSec_CAF1 7685 117 - 1
GCCAUCCGGGCGGGCCCAAAUGCUUUGGCCACUUAAUGAGUGGCCUGUGGUCGCUGGCACUCGCAGUCAUUUGCGUAUGGCAGUUGGCCAGUUCAAUGGGCUUUAAACUGCCGUGAU
........((((((((((........((((((((...))))))))..(((((((((.((..(((((....)))))..)).))).))))))......)))))......)))))..... ( -49.80)
>DroSim_CAF1 7901 117 - 1
GCCAUCCGGGCGGGCCCAAAUGCUUUGGCCACUUAAUGAGUGGCCUGUGGUCGCUGGCACUCGCAGUCAUUUGCGUAUGGCAGUUGGCCAGUCCAACGGGCUUUAAACUGCCGUGAU
((((.(((((....)))....((...((((((((...)))))))).))))....))))...(((((....)))))((((((((((....(((((...)))))...)))))))))).. ( -49.80)
>DroEre_CAF1 7407 117 - 1
GCCAUCCGGGCAGGCCCAAAUGCUUUGGCCACUUAAUGAGUGGCCUGUGGUCGCUGGCACUCGCAGUCAUUUGCGUAUGGCAGUUGGCCAGGCCAACGGGCGCCAAACUGCCGUGAU
((((.(((((....)))....((...((((((((...)))))))).))))....))))...(((((....)))))(((((((((((((...(((....)))))).)))))))))).. ( -53.40)
>DroYak_CAF1 8466 117 - 1
GCCAUCCGGGCAGGCCCAAAUGCUUUGGCCACUUAAUGAGUGGCCUGUGGUCACUGGCACUCGCAGCCAUUUGCGUAUGGCAGUUGGACAGACCAACGGGCUUUAAACUGUCUUGAU
...(((.((((((((((.........((((((((...))))))))..(((((((((.((..(((((....)))))..)).))))......)))))..))))......)))))).))) ( -46.60)
>consensus
GCCAUCCGGGCGGGCCCAAAUGCUUUGGCCACUUAAUGAGUGGCCUGUGGUCGCUGGCACUCGCAGUCAUUUGCGUAUGGCAGUUGGCCAGGCCAACGGGCUUUAAACUGCCGUGAU
...(((..(((((((((.........((((((((...))))))))..(((((((((.((..(((((....)))))..)).))).)))))).......))))......)))))..))) (-46.34 = -46.06 +  -0.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 6,264,555 – 6,264,657
Length 102
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.67
Mean single sequence MFE -40.35
Consensus MFE -25.48
Energy contribution -27.28
Covariance contribution 1.81
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.56
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.77
SVM RNA-class probability 0.846385
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 6264555 102 + 20766785
UACACAAAUGACUGCGAGUGCCAGCGACCACAGGCCACUCAUUAAGUGGCCAAAGCAUUUGGGCCCGCCC---GGAUGGCUUUUAG------------CCAGAAUGCCUGGC-CG--AAC
.................(.(((((........(((((((.....)))))))...(((((((((....)))---...((((.....)------------))))))))))))))-).--... ( -37.60)
>DroSec_CAF1 7725 102 + 1
UACGCAAAUGACUGCGAGUGCCAGCGACCACAGGCCACUCAUUAAGUGGCCAAAGCAUUUGGGCCCGCCC---GGAUGGCUUUUAG------------CCAGAAUGGCUGGC-CG--AAC
..((((......)))).(.((((((.......(((((((.....)))))))....((((((((....)))---...((((.....)------------))))))))))))))-).--... ( -43.70)
>DroSim_CAF1 7941 102 + 1
UACGCAAAUGACUGCGAGUGCCAGCGACCACAGGCCACUCAUUAAGUGGCCAAAGCAUUUGGGCCCGCCC---GGAUGGCUUUUAG------------CCAGAAUGCCUGGC-CG--AAC
..((((......)))).(.(((((........(((((((.....)))))))...(((((((((....)))---...((((.....)------------))))))))))))))-).--... ( -42.20)
>DroEre_CAF1 7447 103 + 1
UACGCAAAUGACUGCGAGUGCCAGCGACCACAGGCCACUCAUUAAGUGGCCAAAGCAUUUGGGCCUGCCC---GGAUGGCCUUUAG------------CCAGAAUGCCCGGCACG--ACC
..((((......)))).(((((..........(((((((.....)))))))...(((((((((....)))---...((((.....)------------)))))))))..))))).--... ( -43.40)
>DroYak_CAF1 8506 102 + 1
UACGCAAAUGGCUGCGAGUGCCAGUGACCACAGGCCACUCAUUAAGUGGCCAAAGCAUUUGGGCCUGCCC---GGAUGGCUUUUAC------------CCAGAAUGCCUGGC-CA--ACC
..((((......)))).(.(((((........(((((((.....)))))))...(((((((((...(((.---....))).....)------------)))).)))))))))-).--... ( -39.80)
>DroAna_CAF1 6596 110 + 1
GA--------CCUGCUUGGGCCAGCGACCACAUGCCACUCGUUUAGUGGCCAAAGCAGUUGU-CCUGCCUCUGGCCAGGCUGUUAUCCUGUUCCUGUACCAGUCUGCCUGUC-UGCCAGU
((--------(..((...((((((.(.......((((((.....))))))....((((....-.))))).))))))((((((.(((.........))).))))))))..)))-....... ( -35.40)
>consensus
UACGCAAAUGACUGCGAGUGCCAGCGACCACAGGCCACUCAUUAAGUGGCCAAAGCAUUUGGGCCCGCCC___GGAUGGCUUUUAG____________CCAGAAUGCCUGGC_CG__AAC
..((((......)))).(.(((((........(((((((.....)))))))...(((((((((((..((....))..)))))...................))))))))))).)...... (-25.48 = -27.28 +   1.81)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 6,264,555 – 6,264,657
Length 102
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.67
Mean single sequence MFE -43.42
Consensus MFE -28.98
Energy contribution -30.23
Covariance contribution 1.25
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -2.47
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.82
SVM RNA-class probability 0.858614
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 6264555 102 - 20766785
GUU--CG-GCCAGGCAUUCUGG------------CUAAAAGCCAUCC---GGGCGGGCCCAAAUGCUUUGGCCACUUAAUGAGUGGCCUGUGGUCGCUGGCACUCGCAGUCAUUUGUGUA
(((--((-((((((((((..((------------((....(((....---.))).))))..))))))..((((((((...))))))))..))))))..)))...(((((....))))).. ( -42.00)
>DroSec_CAF1 7725 102 - 1
GUU--CG-GCCAGCCAUUCUGG------------CUAAAAGCCAUCC---GGGCGGGCCCAAAUGCUUUGGCCACUUAAUGAGUGGCCUGUGGUCGCUGGCACUCGCAGUCAUUUGCGUA
...--..-((((((((((..((------------((....(((....---.))).))))..))))((..((((((((...))))))))...))..))))))...(((((....))))).. ( -42.70)
>DroSim_CAF1 7941 102 - 1
GUU--CG-GCCAGGCAUUCUGG------------CUAAAAGCCAUCC---GGGCGGGCCCAAAUGCUUUGGCCACUUAAUGAGUGGCCUGUGGUCGCUGGCACUCGCAGUCAUUUGCGUA
(((--((-((((((((((..((------------((....(((....---.))).))))..))))))..((((((((...))))))))..))))))..)))...(((((....))))).. ( -43.90)
>DroEre_CAF1 7447 103 - 1
GGU--CGUGCCGGGCAUUCUGG------------CUAAAGGCCAUCC---GGGCAGGCCCAAAUGCUUUGGCCACUUAAUGAGUGGCCUGUGGUCGCUGGCACUCGCAGUCAUUUGCGUA
...--.((((((((((((..((------------((....(((....---.))).))))..)))))...((((((((...))))))))........))))))).(((((....))))).. ( -45.80)
>DroYak_CAF1 8506 102 - 1
GGU--UG-GCCAGGCAUUCUGG------------GUAAAAGCCAUCC---GGGCAGGCCCAAAUGCUUUGGCCACUUAAUGAGUGGCCUGUGGUCACUGGCACUCGCAGCCAUUUGCGUA
(((--((-((((((((((.(((------------((....(((....---.)))..))))))))))...((((((((...))))))))........))))).....)))))......... ( -43.90)
>DroAna_CAF1 6596 110 - 1
ACUGGCA-GACAGGCAGACUGGUACAGGAACAGGAUAACAGCCUGGCCAGAGGCAGG-ACAACUGCUUUGGCCACUAAACGAGUGGCAUGUGGUCGCUGGCCCAAGCAGG--------UC
(((.((.-..(((.....))).....((..((((((.((((((.((((((((.(((.-....)))))))))))(((.....)))))).))).))).)))..))..)).))--------). ( -42.20)
>consensus
GUU__CG_GCCAGGCAUUCUGG____________CUAAAAGCCAUCC___GGGCAGGCCCAAAUGCUUUGGCCACUUAAUGAGUGGCCUGUGGUCGCUGGCACUCGCAGUCAUUUGCGUA
........(((((...........................(((........))).((((.....((...(((((((.....))))))).)))))).)))))...(((((....))))).. (-28.98 = -30.23 +   1.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 6,264,595 – 6,264,697
Length 102
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.24
Mean single sequence MFE -41.80
Consensus MFE -21.46
Energy contribution -21.10
Covariance contribution -0.36
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -2.85
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 0.69
SVM RNA-class probability 0.822793
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 6264595 102 - 20766785
AUCGCCGGUCAGCUUAGAUUGCUCAAUUGCGAAUGGCCCGGUU--CG-GCCAGGCAUUCUGG------------CUAAAAGCCAUCC---GGGCGGGCCCAAAUGCUUUGGCCACUUAAU
...(((((...(((....((((......))))..)))))))).--.(-((((((((((..((------------((....(((....---.))).))))..))))).))))))....... ( -41.10)
>DroSec_CAF1 7765 101 - 1
AUCGCCGGUCAGCUUAGAUUGCUCAAUUGCGAAUGGC-CGGUU--CG-GCCAGCCAUUCUGG------------CUAAAAGCCAUCC---GGGCGGGCCCAAAUGCUUUGGCCACUUAAU
...((((((((.....((((....)))).....))))-)))).--.(-(((((.((((..((------------((....(((....---.))).))))..))))..))))))....... ( -38.40)
>DroSim_CAF1 7981 101 - 1
AUCGCCGGUCAGCUUAGAUUGCUCAAUUGCGAAUGGC-CGGUU--CG-GCCAGGCAUUCUGG------------CUAAAAGCCAUCC---GGGCGGGCCCAAAUGCUUUGGCCACUUAAU
...((((((((.....((((....)))).....))))-)))).--.(-((((((((((..((------------((....(((....---.))).))))..))))).))))))....... ( -43.10)
>DroEre_CAF1 7487 102 - 1
AUCGCCGGUCAGCUUAGAUUGCUCAAUUGCAAAUGGC-CGGGU--CGUGCCGGGCAUUCUGG------------CUAAAGGCCAUCC---GGGCAGGCCCAAAUGCUUUGGCCACUUAAU
...((((((((.......((((......)))).))))-)((((--(.((((.((.....(((------------(.....)))).))---.))))))))).........)))........ ( -38.40)
>DroYak_CAF1 8546 101 - 1
AUCGCCGGUCAGCUUAGAUUGCUCAAUUGCGAAUGGC-CGGGU--UG-GCCAGGCAUUCUGG------------GUAAAAGCCAUCC---GGGCAGGCCCAAAUGCUUUGGCCACUUAAU
....(((((((.....((((....)))).....))))-)))..--((-((((((((((.(((------------((....(((....---.)))..)))))))))).)))))))...... ( -42.80)
>DroAna_CAF1 6628 115 - 1
CU--CCGGCUGUUUACGAUUGCCGGAUUGCAAAUGCC-AGACUGGCA-GACAGGCAGACUGGUACAGGAACAGGAUAACAGCCUGGCCAGAGGCAGG-ACAACUGCUUUGGCCACUAAAC
..--..(((((((..(...((((((.((((...((((-.....))))-.....)))).))))))........)...)))))))(((((((((.(((.-....))))))))))))...... ( -47.00)
>consensus
AUCGCCGGUCAGCUUAGAUUGCUCAAUUGCGAAUGGC_CGGUU__CG_GCCAGGCAUUCUGG____________CUAAAAGCCAUCC___GGGCAGGCCCAAAUGCUUUGGCCACUUAAU
......(((((.......((((......)))).((((.((.....)).))))((((((.(((..................(((........)))....))))))))).)))))....... (-21.46 = -21.10 +  -0.36)

alignment

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secondary structure

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