Locus 1630

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	6,124,706 – 6,124,854
Length	148
Max. P	0.999234

overview

Window 8

Location	6,124,706 – 6,124,814
Length	108
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.28
Mean single sequence MFE	-26.45
Consensus MFE	-24.97
Energy contribution	-25.47
Covariance contribution	0.50
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.17
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	3.41
SVM RNA-class probability	0.999174
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 6124706 108 - 20766785
UGGUUCUUUAAUGCAUCUAAAGCUGAAUUCAUAUCAUCUUGUGUCCAAGCUUUGGGACCAUUAAACUGACCUUUCUCGCCAGAGCCAGAGCCAGCCCCACCACUCAUG
(((((((((((((..(((((((((.....((((......))))....)))))))))..))))))..........(((....)))..)))))))............... ( -26.90)
>DroPse_CAF1 127909 108 - 1
UGGUUCUUUAAUGCAUCUAAAGCUGAAUUCAUAUCAUCUUGUGUCCAAGCUUUGGGACCAUUAAACUGACCUUUCUCGCCAGAGCCAGAGCCAGCCCCACCACCCAUG
(((((((((((((..(((((((((.....((((......))))....)))))))))..))))))..........(((....)))..)))))))............... ( -26.90)
>DroEre_CAF1 137862 108 - 1
UGGUUCUUUAAUGCAUCUAAAGCUGAAUUCAUAUCAUCUUGUGUCCAAGCUUUGGGACCAUUAAACUGACCUUUCUCGCCAGAGCCAGAGCCAGCCCCACCACUCAUG
(((((((((((((..(((((((((.....((((......))))....)))))))))..))))))..........(((....)))..)))))))............... ( -26.90)
>DroYak_CAF1 137033 102 - 1
UGGUUCUUUAAUGCAUCUAAAGCUGAAUUCAUAUCAUCUUGUGUCCAAGCUUUGGGACCAUUAAACUGACCUUUCUCGCCAGA------GCCAGCCCCACCACUCAUG
(((((((((((((..(((((((((.....((((......))))....)))))))))..))))))...((......))...)))------))))............... ( -24.20)
>DroAna_CAF1 165225 108 - 1
UGGUUCUUUAAUGCAUCUAAAGCUGAAUUCAUAUCAUCUUGUGUCCAAGCUUUGGGACCAUUAAACUGACCUUUCUCGCCAGAGCCAGAGCCAGCACCACCACCCAUG
(((((((((((((..(((((((((.....((((......))))....)))))))))..))))))..........(((....)))..)))))))............... ( -26.90)
>DroPer_CAF1 127745 108 - 1
UGGUUCUUUAAUGCAUCUAAAGCUGAAUUCAUAUCAUCUUGUGUCCAAGCUUUGGGACCAUUAAACUGACCUUUCUCGCCAGAGCCAGAGCCAGCCCCACCACCCAUG
(((((((((((((..(((((((((.....((((......))))....)))))))))..))))))..........(((....)))..)))))))............... ( -26.90)
>consensus
UGGUUCUUUAAUGCAUCUAAAGCUGAAUUCAUAUCAUCUUGUGUCCAAGCUUUGGGACCAUUAAACUGACCUUUCUCGCCAGAGCCAGAGCCAGCCCCACCACCCAUG
(((((((((((((..(((((((((.....((((......))))....)))))))))..))))))).........(((....)))...))))))............... (-24.97 = -25.47 +   0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	6,124,734 – 6,124,854
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.44
Mean single sequence MFE	-31.85
Consensus MFE	-29.47
Energy contribution	-29.13
Covariance contribution	-0.33
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.44
Structure conservation index	0.93
SVM decision value	3.45
SVM RNA-class probability	0.999234
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 6124734 120 - 20766785
GAUGCCAUAAAUGGCGGAUGCUUUCGUCAGGCUCAUGUUUUGGUUCUUUAAUGCAUCUAAAGCUGAAUUCAUAUCAUCUUGUGUCCAAGCUUUGGGACCAUUAAACUGACCUUUCUCGCC
((.(((.....(((((((....)))))))))))).......((((.(((((((..(((((((((.....((((......))))....)))))))))..)))))))..))))......... ( -32.80)
>DroVir_CAF1 159228 120 - 1
UAUGCCAUAAAUGGCAGAUGCUUUCGUCAGGCUCAUGUUUUGAUUCUUUAAUGCAUCUAAAGCUGAAUUCAUAUCAUCUUGUGUCCAAGCUUUGGGACCAUUAAACUGACCUUUCUCGCC
..(((((....))))).........(((((..(((.....)))...(((((((..(((((((((.....((((......))))....)))))))))..)))))))))))).......... ( -30.70)
>DroGri_CAF1 150776 120 - 1
UAUGCCAUAAAUGGCAGAUGCUUUCGUCAGGCUCAUGUUUUGAUUCUUUAAUGCAUCUAAAGCUGAAUUCAUAUCAUCUUGUGUCCAAGCUUUGGGACCAUUAAACUGACCUUUCUCGCC
..(((((....))))).........(((((..(((.....)))...(((((((..(((((((((.....((((......))))....)))))))))..)))))))))))).......... ( -30.70)
>DroWil_CAF1 148258 120 - 1
UAUACCAUAUAUGGCGGAUGCUUUCGUCAGGCUCAUGUUUUGAUUCUUUAAUGCAUCUAAAGCUGAAUUCAUAUCAUCUUGUGUCCAAGCUUUGGGACCAUUAAACUGACCUUUCUCGCC
............((((((.....))(((((..(((.....)))...(((((((..(((((((((.....((((......))))....)))))))))..))))))))))))......)))) ( -30.00)
>DroMoj_CAF1 158674 120 - 1
UAUGCCAUAAAUGGCAGAUGCUUUCGUCAGGCUCAUGUUUUGGGUCUUUAAUGCAUCUAAAGCUGAAUUCAUAUCAUCUUGUGUCCAAGCUUUGGGACCAUUAAACUGACCUUUCUCGCC
..(((((....)))))((((....)))).(((....(....((((((((((((..(((((((((.....((((......))))....)))))))))..)))))))..)))))..)..))) ( -34.30)
>DroAna_CAF1 165253 120 - 1
GAUGCCAUAAAUGGCGGACGCUUUCGUCAGGCUCAUGUUUUGGUUCUUUAAUGCAUCUAAAGCUGAAUUCAUAUCAUCUUGUGUCCAAGCUUUGGGACCAUUAAACUGACCUUUCUCGCC
..(((((....)))))((((....)))).(((....(....((((.(((((((..(((((((((.....((((......))))....)))))))))..)))))))..))))...)..))) ( -32.60)
>consensus
UAUGCCAUAAAUGGCAGAUGCUUUCGUCAGGCUCAUGUUUUGAUUCUUUAAUGCAUCUAAAGCUGAAUUCAUAUCAUCUUGUGUCCAAGCUUUGGGACCAUUAAACUGACCUUUCUCGCC
..(((((....))))).........(((((..(((.....)))...(((((((..(((((((((.....((((......))))....)))))))))..)))))))))))).......... (-29.47 = -29.13 +  -0.33)

alignment

secondary structure

dotplot

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