Locus 1629

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	6,114,792 – 6,114,892
Length	100
Max. P	0.999953

overview

Window 6

Location	6,114,792 – 6,114,892
Length	100
Sequences	5
Columns	102
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.54
Mean single sequence MFE	-30.64
Consensus MFE	-25.94
Energy contribution	-26.02
Covariance contribution	0.08
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-1.55
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	0.83
SVM RNA-class probability	0.860280
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 6114792 100 + 20766785
CGUUUUGUCUCCCACACCGUGAGAUGCAAAAGCACAAAGUGCAUAUGCUAGCAGCUGC--CGGUGUCCGCUUAACAGCUGCUUAACAUGCUUACUGCUGCUG
...(((((.((.(((...))).)).)))))((((...((((..((((..((((((((.--.(((....)))...))))))))...))))..))))..)))). ( -30.90)
>DroSec_CAF1 123883 97 + 1
CGUUUUGUCUCCCACACCGAGAGAUGCUAAAGCACAAAGUGCAUAUGCUAGCAGCUGC--CGGUGUCCGCUUAACAGCUGCUUAACGUGCUUACUG---CUG
......(((((.(.....).)))))((..((((((.....((....)).((((((((.--.(((....)))...))))))))....))))))...)---).. ( -29.80)
>DroSim_CAF1 129973 97 + 1
CGUUUUGUCUCCCACACCGAGAGAUGCUAAAGCACAAAGUGCAUAUGCUAGCAGCUGC--CGGUGUCCGCUUAACAGCUGCUUAACGUGCUUACUG---CUG
......(((((.(.....).)))))((..((((((.....((....)).((((((((.--.(((....)))...))))))))....))))))...)---).. ( -29.80)
>DroEre_CAF1 127551 99 + 1
CGUUUUGUCUCCCACACCGAAAGAUGCAAAAGCACAAAGUGCAUAUGCUAGCAGCUGCCCCGGUGUCCACUUAACAGCUGCUUAACGUGCUUAGUG---CUG
...(((((.((...........)).)))))(((((.(((..(.......((((((((....(((....)))...))))))))....)..))).)))---)). ( -28.80)
>DroYak_CAF1 125935 97 + 1
CGUCUUGUCUCCCACACCGAGAGAUGCAGGAGCACAAAGUGCAUUUGCUAGCAGCUGC--CGGUGUCCGCUUAACAGCUGCUUAACGUGCUUAGUG---CUG
..(((((((((.(.....).)))..))))))((((.(((..(.((....((((((((.--.(((....)))...)))))))).)).)..))).)))---).. ( -33.90)
>consensus
CGUUUUGUCUCCCACACCGAGAGAUGCAAAAGCACAAAGUGCAUAUGCUAGCAGCUGC__CGGUGUCCGCUUAACAGCUGCUUAACGUGCUUACUG___CUG
......(((((.(.....).)))))....((((((.....((....)).((((((((....(((....)))...))))))))....)))))).......... (-25.94 = -26.02 +   0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	6,114,792 – 6,114,892
Length	100
Sequences	5
Columns	102
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.54
Mean single sequence MFE	-36.18
Consensus MFE	-34.64
Energy contribution	-34.00
Covariance contribution	-0.64
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-2.55
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	4.82
SVM RNA-class probability	0.999953
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 6114792 100 - 20766785
CAGCAGCAGUAAGCAUGUUAAGCAGCUGUUAAGCGGACACCG--GCAGCUGCUAGCAUAUGCACUUUGUGCUUUUGCAUCUCACGGUGUGGGAGACAAAACG
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>DroSec_CAF1 123883 97 - 1
CAG---CAGUAAGCACGUUAAGCAGCUGUUAAGCGGACACCG--GCAGCUGCUAGCAUAUGCACUUUGUGCUUUAGCAUCUCUCGGUGUGGGAGACAAAACG
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>DroSim_CAF1 129973 97 - 1
CAG---CAGUAAGCACGUUAAGCAGCUGUUAAGCGGACACCG--GCAGCUGCUAGCAUAUGCACUUUGUGCUUUAGCAUCUCUCGGUGUGGGAGACAAAACG
..(---(...(((((((...(((((((((....(((...)))--))))))))).((....))....)))))))..)).((((((.....))))))....... ( -34.80)
>DroEre_CAF1 127551 99 - 1
CAG---CACUAAGCACGUUAAGCAGCUGUUAAGUGGACACCGGGGCAGCUGCUAGCAUAUGCACUUUGUGCUUUUGCAUCUUUCGGUGUGGGAGACAAAACG
...---......(((.((((.(((((((((..(.(....))..)))))))))))))...)))..(((((.((((..((((....))))..)))))))))... ( -34.90)
>DroYak_CAF1 125935 97 - 1
CAG---CACUAAGCACGUUAAGCAGCUGUUAAGCGGACACCG--GCAGCUGCUAGCAAAUGCACUUUGUGCUCCUGCAUCUCUCGGUGUGGGAGACAAGACG
...---......(((.((((.((((((((....(((...)))--))))))))))))...)))..(((((.((((..((((....))))..)))))))))... ( -38.10)
>consensus
CAG___CAGUAAGCACGUUAAGCAGCUGUUAAGCGGACACCG__GCAGCUGCUAGCAUAUGCACUUUGUGCUUUUGCAUCUCUCGGUGUGGGAGACAAAACG
............(((.((((.((((((((....(((...)))..))))))))))))...)))..(((((.((((..((((....))))..)))))))))... (-34.64 = -34.00 +  -0.64)

alignment

secondary structure

dotplot

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