Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 6,023,171 – 6,023,279 |
Length | 108 |
Max. P | 0.534364 |
Location | 6,023,171 – 6,023,279 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.16 |
Mean single sequence MFE | -27.27 |
Consensus MFE | -20.91 |
Energy contribution | -21.37 |
Covariance contribution | 0.46 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -1.29 |
Structure conservation index | 0.77 |
SVM decision value | 0.00 |
SVM RNA-class probability | 0.534364 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 6023171 108 - 20766785 CAGGUCAAUGGUU--UGUUCCUAAUGA-------AAAUUGAAACCAUUGCUACCGUUACGCCAUAGUAGACGGUACUACCUGCAACUGUGGGCCAAGUCAUUGCCUCGAAUUAAAAG .(((.(((((..(--((..((((((..-------..))))..((..(((((((((((((......)).)))))))......))))..))))..)))..))))))))........... ( -29.60) >DroSec_CAF1 41532 108 - 1 CAGGUCAAUGGUU--GGUUCCUAAUGA-------AAACUGAAACCAUUGCUACCGUUACGCCAUAGUAGACGGUACUACCUGCAACUGUGGGCCAAGUCAUUGUCUCGAAUUAAAAG (((((((((((((--((((........-------.))))..)))))))).(((((((((......)).)))))))..)))))......((((.(((....))).))))......... ( -26.20) >DroSim_CAF1 41206 108 - 1 CAGGUCAAUGGUU--GGUUUCUAAUGA-------AAACUGAAACCAUUGCUACCGUUACGCCAUAGUAGACGGUACUACCUGCAACUGUGGGCCAAGUCAUUGCCUCGAAUUUAAAG .(((.((((((.(--((((((......-------.....)))))))(((.(((((((((......)).)))))))...((..(....)..)).))).)))))))))........... ( -29.30) >DroEre_CAF1 41634 117 - 1 CAGGUCAAUGGUUAUUUUUCCAAAAAAAAAAAGAAAACAUAAACCAUUGCUACCGUUACGCCAUAGUAGACGGUACUACCUGCAGCUGUGGGCCAAGUCAUUGCCACGAAUUAAAAG ((((((((((((((((((((............))))).)).)))))))).(((((((((......)).)))))))..)))))....(((((..(((....))))))))......... ( -27.60) >DroYak_CAF1 41158 108 - 1 CAGGUCAGUGGUU--UGUUCCAAGGAA-------GAACAUAAACCAUUGCUACCGUUACGCCAUAUAAGACGGUACUACCUGCAGCUGUGGGCCAAAUCUUUGCCUCGAAUUAAAAG (((((((((((((--(((((.......-------)))))..)))))))).(((((((...........)))))))..))))).......((((.........))))........... ( -27.00) >DroAna_CAF1 43453 89 - 1 CAGGUCGAUGGCU--A-----------------------CCAACCAUUGCUACCGUUACGCCAUAGUAGACGGUACUACCUGCAACUGUGGGCCAAGUUUUUGCCUAAAAAU---UG (((((((((((..--.-----------------------....)))))).(((((((((......)).)))))))..)))))......(((((.........))))).....---.. ( -23.90) >consensus CAGGUCAAUGGUU__UGUUCCUAAUGA_______AAACUGAAACCAUUGCUACCGUUACGCCAUAGUAGACGGUACUACCUGCAACUGUGGGCCAAGUCAUUGCCUCGAAUUAAAAG (((((((((((((...(((................)))...)))))))).(((((((((......)).)))))))..))))).......((((.........))))........... (-20.91 = -21.37 + 0.46)
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