Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,950,040 – 5,950,134 |
Length | 94 |
Max. P | 0.966408 |
Location | 5,950,040 – 5,950,134 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 5 |
Columns | 102 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 92.46 |
Mean single sequence MFE | -29.62 |
Consensus MFE | -22.56 |
Energy contribution | -23.16 |
Covariance contribution | 0.60 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -2.82 |
Structure conservation index | 0.76 |
SVM decision value | 1.59 |
SVM RNA-class probability | 0.966408 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 5950040 94 + 20766785 AGGCUGAAGCAGACCCAC--ACACA--CGCAUACACUAGUGCGGUGUGUAUACGACUGGAAAACUAGGCGGUGGUAAAUGUGAAGCUGA----AAAAAGCUG .((((...(((.((((((--((((.--(((((......)))))))))))...((.((((....)))).))).)))...)))..))))..----......... ( -31.10) >DroSec_CAF1 5018 94 + 1 AGGCUGAAGCAGACCCAC--ACACA--CGCAUACACUAGUGCGGUGUGUAUACGACUGGAAAACUAGGCGGUGGUAAAUGUGAAGCUGA----AAAAAGCUG .((((...(((.((((((--((((.--(((((......)))))))))))...((.((((....)))).))).)))...)))..))))..----......... ( -31.10) >DroSim_CAF1 5424 94 + 1 AGGCUGAAGCAGACCCAC--ACACA--CGCAUACACUAGUGCGGUGUGUAUACGACUGGAAAACUAGGCGGUGGUAAAUGUGAAGCUGA----AAAAAGCUG .((((...(((.((((((--((((.--(((((......)))))))))))...((.((((....)))).))).)))...)))..))))..----......... ( -31.10) >DroEre_CAF1 4701 97 + 1 AGGCUGAGGCAGAGGCACACACACA--CACAUACACUAGUGCGGUGUGUAUACGACUGGAAAACUAGGCGGUGGUAAAUGUUAAGCUGA---AAAAAAGCGG .((((..((((...((.((((((((--(.(.(((....))).)))))))...((.((((....)))).)))))))...)))).))))..---.......... ( -26.20) >DroYak_CAF1 4872 102 + 1 AGGCUGAAGCAGAGACACACACACAAACGCAUACCCUAGUGCGGUGUGUAUACGACUGGAAAACUAGGCGGUGGUAAAUGUGAAGCUGAGAAAAAAAAGCAG .((((...(((...((.((((((((..(((((......))))).)))))...((.((((....)))).)))))))...)))..))))............... ( -28.60) >consensus AGGCUGAAGCAGACCCAC__ACACA__CGCAUACACUAGUGCGGUGUGUAUACGACUGGAAAACUAGGCGGUGGUAAAUGUGAAGCUGA____AAAAAGCUG .((((...(((...((((..((((...(((((......)))))..))))...((.((((....)))).))))))....)))..))))............... (-22.56 = -23.16 + 0.60)
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