Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,943,073 – 5,943,193 |
Length | 120 |
Max. P | 0.561821 |
Location | 5,943,073 – 5,943,193 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 96.42 |
Mean single sequence MFE | -44.96 |
Consensus MFE | -42.98 |
Energy contribution | -42.94 |
Covariance contribution | -0.04 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -1.08 |
Structure conservation index | 0.96 |
SVM decision value | 0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.561821 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 5943073 120 - 20766785 CUCCACGGCGUUGGCGUCUAUGGUCUCGGCUAUAGCGUUUGCGUCUAUAAUCAGUGGCGGCUGCUGUUCGUUAAGAUCCUGCGAUCCGGAGUCCUGCUCGUCCAGAUCUUCGAGAAGCAG (.(((((((((..(((.(((((((....))))))))))..)))))........)))).).(((((.((((..((((((.((.(((...(((.....)))))))))))))))))).))))) ( -43.20) >DroSec_CAF1 85154 120 - 1 CUCCACGGCGUUGGCGUCUAUGGUCUCGGCUAUGGCGUUGGCGUCUAUAAUCAGUGGCGGCUGCUGCUCGUUAAGAUCCUGCGAUCCAGAGUCCUGCUCGUCCAGAUCUUCAAGAAGCAG (.(((((((((..(((.(((((((....))))))))))..)))))........)))).)....((((((...((((((..((((..(((....))).))))...))))))...).))))) ( -43.90) >DroSim_CAF1 83023 120 - 1 CUCCACGGCGUUGGCGUCUAUGGUCUCGGCUAUGGCGUUGGCGUCUAUAAUCAGUGGCGGCUGCUGCUCGUUAAGAUCCUGCGAUCCGGAGUCCUGCUCGUCCAGAUCUUCAAGAAGCAG (.(((((((((..(((.(((((((....))))))))))..)))))........)))).)....((((((...((((((.((.(((...(((.....))))))))))))))...).))))) ( -43.30) >DroEre_CAF1 70308 120 - 1 CUCCACGGCGUUGGCGUCUAUGGUUUCGGCUAUGGCGUUGGCGUCUAUAAUCAGUGGCGGCUGCUGCUCGUUGAGAUCCUGCGAUCCGGAGUCCUGCUCGUCCAGAUCUUCGAGAAGCAG (.(((((((((..(((.(((((((....))))))))))..)))))........)))).).(((((.((((..((((((.((.(((...(((.....)))))))))))))))))).))))) ( -48.10) >DroYak_CAF1 87905 120 - 1 CUCCACGGCGUUGGCGUCUAUGGUUUCGGCUAUGGCGUUAGCGUCUAUAAUCAGUGGCGGCUCCUGCUCGUUAAGAUCCUGCGAUCCGGAGUCCUGAUCGUCCAGAUCUUCGAGAAGCAG (.((((((((((((((.(((((((....)))))))))))))))))........)))).)(((....((((..((((((..((((((.((...)).))))))...)))))))))).))).. ( -46.30) >consensus CUCCACGGCGUUGGCGUCUAUGGUCUCGGCUAUGGCGUUGGCGUCUAUAAUCAGUGGCGGCUGCUGCUCGUUAAGAUCCUGCGAUCCGGAGUCCUGCUCGUCCAGAUCUUCGAGAAGCAG (.(((((((((..(((.(((((((....))))))))))..)))))........)))).).(((((.((((..((((((..((((..(((....))).))))...)))))))))).))))) (-42.98 = -42.94 + -0.04)
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