Locus 1571

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	5,924,378 – 5,924,532
Length	154
Max. P	0.992758

overview

Window 2

Location	5,924,378 – 5,924,492
Length	114
Sequences	5
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.60
Mean single sequence MFE	-49.42
Consensus MFE	-48.72
Energy contribution	-48.96
Covariance contribution	0.24
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.84
Structure conservation index	0.99
SVM decision value	2.35
SVM RNA-class probability	0.992758
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5924378 114 + 20766785
UUAUCCUUGCCCUGAUCCAGAAGAUGCCUCCGUCCUGCGACGAACUCAUCGUCACGCGGCGCACUUGUGCCCGUCAGCAGAUAGCCGCCAGUGGCCCGAUUGGGCCGCGGCGAG
.....(((((((((........((((....))))(((((((((.....)))))(((.(((((....))))))))..)))).)))......(((((((....))))))))))))) ( -47.20)
>DroSec_CAF1 66314 114 + 1
UUAUCCUUGCCCUGAUCCAGGAGAUGCCUCCGUCCUGCGACGAACUCAUCGUCACGCGGCGCACUUGUGCCCGUCAGCAGAUAGCCGCCAGUGGCCCGAUUGGGCCGCGGCGAG
.....(((((((((.....((((....))))...(((((((((.....)))))(((.(((((....))))))))..)))).)))......(((((((....))))))))))))) ( -51.50)
>DroSim_CAF1 60113 114 + 1
UUAUCCUUGCCCUGAUCCAGGAGAUGCCUCCGUCCUGCGACGAACUCAUCGUCACGCGGCGCACUUGUGCUCGUCAGCAGAUAGCCGCCAGUGGCCCGAUUGGGCCGCGGCGAG
.....(((((((((.....((((....))))...(((((((((.....)))))..(((((((....)))).)))..)))).)))......(((((((....))))))))))))) ( -48.50)
>DroEre_CAF1 57238 114 + 1
UUAUCCUUGCCCUGAUCCAGGAGAUGCCUCCGUCCUGCGACGAACUCAUCGUCACGCGGCGCACUUGUGCCCGUCAGCAGAUAGCCGCCAGUGGCCCGAUUGGGCCGCGGCGAG
.....(((((((((.....((((....))))...(((((((((.....)))))(((.(((((....))))))))..)))).)))......(((((((....))))))))))))) ( -51.50)
>DroYak_CAF1 60426 114 + 1
UUAUCCUUGCCCUGAUCCAGGAGACGCCUCCGUCCUGCGACGAACUCAUCGUCACGCGGCGCACUUGUGCCCGUCAGCAAAUAGCCGCCAGUGGCCCGAUUGGGCCGCGGCGAG
........((((((...)))).((((....)))).((((((((.....)))))(((.(((((....))))))))..)))....))((((.(((((((....))))))))))).. ( -48.40)
>consensus
UUAUCCUUGCCCUGAUCCAGGAGAUGCCUCCGUCCUGCGACGAACUCAUCGUCACGCGGCGCACUUGUGCCCGUCAGCAGAUAGCCGCCAGUGGCCCGAUUGGGCCGCGGCGAG
.....(((((((((.....((((....))))...(((((((((.....)))))(((.(((((....))))))))..)))).)))......(((((((....))))))))))))) (-48.72 = -48.96 +   0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	5,924,378 – 5,924,492
Length	114
Sequences	5
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	98.60
Mean single sequence MFE	-49.94
Consensus MFE	-49.02
Energy contribution	-48.70
Covariance contribution	-0.32
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.16
Structure conservation index	0.98
SVM decision value	0.04
SVM RNA-class probability	0.551267
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5924378 114 - 20766785
CUCGCCGCGGCCCAAUCGGGCCACUGGCGGCUAUCUGCUGACGGGCACAAGUGCGCCGCGUGACGAUGAGUUCGUCGCAGGACGGAGGCAUCUUCUGGAUCAGGGCAAGGAUAA
((.(((..(((((....))))).((((((((...(((....)))(((....))))))))(((((((.....)))))))....((((((...))))))...)))))).))..... ( -49.80)
>DroSec_CAF1 66314 114 - 1
CUCGCCGCGGCCCAAUCGGGCCACUGGCGGCUAUCUGCUGACGGGCACAAGUGCGCCGCGUGACGAUGAGUUCGUCGCAGGACGGAGGCAUCUCCUGGAUCAGGGCAAGGAUAA
((.(((..(((((....))))).((((((((...(((....)))(((....))))))))(((((((.....))))))).....((((....)))).....)))))).))..... ( -50.00)
>DroSim_CAF1 60113 114 - 1
CUCGCCGCGGCCCAAUCGGGCCACUGGCGGCUAUCUGCUGACGAGCACAAGUGCGCCGCGUGACGAUGAGUUCGUCGCAGGACGGAGGCAUCUCCUGGAUCAGGGCAAGGAUAA
...((((((((((....)))))....)))))((((((((..((.(((....))).((..(((((((.....))))))).)).))..)))...(((((...)))))...))))). ( -49.80)
>DroEre_CAF1 57238 114 - 1
CUCGCCGCGGCCCAAUCGGGCCACUGGCGGCUAUCUGCUGACGGGCACAAGUGCGCCGCGUGACGAUGAGUUCGUCGCAGGACGGAGGCAUCUCCUGGAUCAGGGCAAGGAUAA
((.(((..(((((....))))).((((((((...(((....)))(((....))))))))(((((((.....))))))).....((((....)))).....)))))).))..... ( -50.00)
>DroYak_CAF1 60426 114 - 1
CUCGCCGCGGCCCAAUCGGGCCACUGGCGGCUAUUUGCUGACGGGCACAAGUGCGCCGCGUGACGAUGAGUUCGUCGCAGGACGGAGGCGUCUCCUGGAUCAGGGCAAGGAUAA
((.(((..(((((....))))).((((((((((((((.((.....)))))))).)))))(((((((.....))))))).....((((....)))).....)))))).))..... ( -50.10)
>consensus
CUCGCCGCGGCCCAAUCGGGCCACUGGCGGCUAUCUGCUGACGGGCACAAGUGCGCCGCGUGACGAUGAGUUCGUCGCAGGACGGAGGCAUCUCCUGGAUCAGGGCAAGGAUAA
...((((((((((....)))))....)))))((((((((..((.(((....))).((..(((((((.....))))))).)).))..)))...(((((...)))))...))))). (-49.02 = -48.70 +  -0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	5,924,412 – 5,924,532
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.22
Mean single sequence MFE	-55.25
Consensus MFE	-53.14
Energy contribution	-53.37
Covariance contribution	0.22
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.16
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	1.32
SVM RNA-class probability	0.941998
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5924412 120 + 20766785
CUGCGACGAACUCAUCGUCACGCGGCGCACUUGUGCCCGUCAGCAGAUAGCCGCCAGUGGCCCGAUUGGGCCGCGGCGAGCGUAGGCGCGUCCACAGAUUGGCGAGUGUCCUUCUGGUCG
(((((((((.....)))))(((.(((((....))))))))..))))...((((((.(((((((....))))))))))).))(.((((((..(((.....)))...))).))).)...... ( -56.20)
>DroSec_CAF1 66348 120 + 1
CUGCGACGAACUCAUCGUCACGCGGCGCACUUGUGCCCGUCAGCAGAUAGCCGCCAGUGGCCCGAUUGGGCCGCGGCGAGCGUAGGCGCGUCCACAGAUUGGCGAGUGUCCUUCUGGUCG
(((((((((.....)))))(((.(((((....))))))))..))))...((((((.(((((((....))))))))))).))(.((((((..(((.....)))...))).))).)...... ( -56.20)
>DroSim_CAF1 60147 120 + 1
CUGCGACGAACUCAUCGUCACGCGGCGCACUUGUGCUCGUCAGCAGAUAGCCGCCAGUGGCCCGAUUGGGCCGCGGCGAGCGUAGGCGCGUCCACAGAUUGGCGAGUGUCCUUCUGAUCG
..(.(((((.....))))).)(.(((((.((((((((((((.((.....)).....(((((((....))))))))))))))))))).)))))).((((..(((....)))..)))).... ( -55.00)
>DroEre_CAF1 57272 120 + 1
CUGCGACGAACUCAUCGUCACGCGGCGCACUUGUGCCCGUCAGCAGAUAGCCGCCAGUGGCCCGAUUGGGCCGCGGCGAGCGUAGGCGCGUCCACAGAUUGGCGAGUGUCCUUCUGGUCG
(((((((((.....)))))(((.(((((....))))))))..))))...((((((.(((((((....))))))))))).))(.((((((..(((.....)))...))).))).)...... ( -56.20)
>DroYak_CAF1 60460 120 + 1
CUGCGACGAACUCAUCGUCACGCGGCGCACUUGUGCCCGUCAGCAAAUAGCCGCCAGUGGCCCGAUUGGGCCGCGGCGAGCGUAGGCGCGUCCACAGAUUGGCGAGUGUCCUUCUGGUCG
....(((((.....)))))(((((((((....))))).....((.....((((((.(((((((....))))))))))).))....))))))...((((..(((....)))..)))).... ( -54.10)
>DroAna_CAF1 64524 120 + 1
CUGCAACGAGCUCAUCGUCGCGCGGCGCACUUGUGCCCGUCAGCAGGUAGCCGCCAGUGGCCCGAUUGGGCCGCGGCGAACGUAGGCGCGUCCACAGAUUGGCGAGUGUCCUUCUUGUUG
...(((((((....((((((((((((..((((((........)))))).)))))....(((((....)))))))))))).....(((((..(((.....)))...)))))...))))))) ( -53.80)
>consensus
CUGCGACGAACUCAUCGUCACGCGGCGCACUUGUGCCCGUCAGCAGAUAGCCGCCAGUGGCCCGAUUGGGCCGCGGCGAGCGUAGGCGCGUCCACAGAUUGGCGAGUGUCCUUCUGGUCG
(((((((((.....)))))(((.(((((....))))))))..))))...((((((.(((((((....))))))))))).))(.((((((..(((.....)))...))).))).)...... (-53.14 = -53.37 +   0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	5,924,412 – 5,924,532
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.22
Mean single sequence MFE	-51.27
Consensus MFE	-51.22
Energy contribution	-50.67
Covariance contribution	-0.55
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-0.82
Structure conservation index	1.00
SVM decision value	0.82
SVM RNA-class probability	0.858540
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5924412 120 - 20766785
CGACCAGAAGGACACUCGCCAAUCUGUGGACGCGCCUACGCUCGCCGCGGCCCAAUCGGGCCACUGGCGGCUAUCUGCUGACGGGCACAAGUGCGCCGCGUGACGAUGAGUUCGUCGCAG
....(((..(((.(..(((((....((((.((.((....)).))))))(((((....)))))..)))))..).))).))).((((((....))).))).(((((((.....))))))).. ( -51.90)
>DroSec_CAF1 66348 120 - 1
CGACCAGAAGGACACUCGCCAAUCUGUGGACGCGCCUACGCUCGCCGCGGCCCAAUCGGGCCACUGGCGGCUAUCUGCUGACGGGCACAAGUGCGCCGCGUGACGAUGAGUUCGUCGCAG
....(((..(((.(..(((((....((((.((.((....)).))))))(((((....)))))..)))))..).))).))).((((((....))).))).(((((((.....))))))).. ( -51.90)
>DroSim_CAF1 60147 120 - 1
CGAUCAGAAGGACACUCGCCAAUCUGUGGACGCGCCUACGCUCGCCGCGGCCCAAUCGGGCCACUGGCGGCUAUCUGCUGACGAGCACAAGUGCGCCGCGUGACGAUGAGUUCGUCGCAG
.........((.(....))).....((((.(((((....((((((((.(((((....))))).).)))(((.....)))...))))....)))))))))(((((((.....))))))).. ( -52.00)
>DroEre_CAF1 57272 120 - 1
CGACCAGAAGGACACUCGCCAAUCUGUGGACGCGCCUACGCUCGCCGCGGCCCAAUCGGGCCACUGGCGGCUAUCUGCUGACGGGCACAAGUGCGCCGCGUGACGAUGAGUUCGUCGCAG
....(((..(((.(..(((((....((((.((.((....)).))))))(((((....)))))..)))))..).))).))).((((((....))).))).(((((((.....))))))).. ( -51.90)
>DroYak_CAF1 60460 120 - 1
CGACCAGAAGGACACUCGCCAAUCUGUGGACGCGCCUACGCUCGCCGCGGCCCAAUCGGGCCACUGGCGGCUAUUUGCUGACGGGCACAAGUGCGCCGCGUGACGAUGAGUUCGUCGCAG
...((....))..............((((.(((((....((((((((.(((((....))))).).)))(((.....)))...))))....)))))))))(((((((.....))))))).. ( -51.20)
>DroAna_CAF1 64524 120 - 1
CAACAAGAAGGACACUCGCCAAUCUGUGGACGCGCCUACGUUCGCCGCGGCCCAAUCGGGCCACUGGCGGCUACCUGCUGACGGGCACAAGUGCGCCGCGCGACGAUGAGCUCGUUGCAG
.....((.(((....((((((....(((((((......)))))))...(((((....)))))..))))))...))).))(.((((((....))).))))(((((((.....))))))).. ( -48.70)
>consensus
CGACCAGAAGGACACUCGCCAAUCUGUGGACGCGCCUACGCUCGCCGCGGCCCAAUCGGGCCACUGGCGGCUAUCUGCUGACGGGCACAAGUGCGCCGCGUGACGAUGAGUUCGUCGCAG
.........((.(....))).....((((.(((((....((((((((.(((((....))))).).)))(((.....)))...))))....)))))))))(((((((.....))))))).. (-51.22 = -50.67 +  -0.55)

alignment

secondary structure

dotplot

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