Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,851,365 – 5,851,479 |
Length | 114 |
Max. P | 0.848783 |
Location | 5,851,365 – 5,851,479 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 90.29 |
Mean single sequence MFE | -28.00 |
Consensus MFE | -24.69 |
Energy contribution | -24.88 |
Covariance contribution | 0.20 |
Combinations/Pair | 1.12 |
Mean z-score | -1.70 |
Structure conservation index | 0.88 |
SVM decision value | 0.78 |
SVM RNA-class probability | 0.848783 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 5851365 114 - 20766785 GGCCUGCGCAUACGAAUCGCCGACUUAUUCCUUAAGUUACUGUCGUGUGUUCUCUACAUAAUACGUGUGAUAUUGGAUAAAAAUCCAACAUUUAUAACAUGGUAAGUCCUG------UGA (((.(((((((((((......((((((.....))))))....)))))))).............((((((((.((((((....)))))).)))....)))))))).)))...------... ( -27.40) >DroPse_CAF1 4268 114 - 1 GGCUUACGAAUACGAAUUGCCGAUUUAUUCCUUAAGUUACUGUCGUGUGUUCUGUACAUAAUACGUGUGAUAUUGGAUAAGAAUCCAACAUUUAUAACUUGGUGAGUACGA------AGC .((((.((....((......))...(((((.((((((((.(((((..(((............)))..)))))((((((....))))))......)))))))).))))))))------))) ( -25.10) >DroWil_CAF1 4912 114 - 1 GGCUUACGCAUACGAAUUGCCGAUUUAUUCCUUAAGUUACUGUCGUGUGUUCUCUACAUAAUACGUGUGAUAUUGGAUAAAAAUCCAACAUUUAUAACAUGGUAAGAACAA------AUU ..(((((((((((((...(..((((((.....)))))).)..)))))))).............((((((((.((((((....)))))).)))....)))))))))).....------... ( -25.80) >DroMoj_CAF1 6835 114 - 1 GGCUUACGCAUACGAAUUGCCGAUUUAUUCCUUAAGUUACUGUCGUGUGUUCUCUACAUAAUACGUGUGAUAUUGGAUAAAAAUCCAACAUUUAUAACAUGGUAAGCCAGU------GGC (((((((((((((((...(..((((((.....)))))).)..)))))))).............((((((((.((((((....)))))).)))....))))))))))))...------... ( -32.90) >DroAna_CAF1 3831 120 - 1 GGCUUACGCAUACGAAUCGCCGAUUUAUUCCUUAAGUUACUGUCGUGUGUUCUCUACAUAAUACGUGUGAUAUUGGAUAAAAAUCCAACAUUUAUAACAUGGUGAGUCCAUACUCUAUAG (((((((((((((((......((((((.....))))))....)))))))).............((((((((.((((((....)))))).)))....))))))))))))............ ( -29.30) >DroPer_CAF1 4205 114 - 1 GGCUUACGCAUACGAAUUGCCGAUUUAUUCCUUAAGUUACUGUCGUGUGUUCUGUACAUAAUACGUGUGAUAUUGGAUAAGAAUCCAACAUUUAUAACUUGGUGAGUACGG------AGC .((....((((((((...(..((((((.....)))))).)..))))))))(((((((.((.....(((((..((((((....))))))...)))))......)).))))))------))) ( -27.50) >consensus GGCUUACGCAUACGAAUUGCCGAUUUAUUCCUUAAGUUACUGUCGUGUGUUCUCUACAUAAUACGUGUGAUAUUGGAUAAAAAUCCAACAUUUAUAACAUGGUAAGUACGA______AGC .((((((((((((((......((((((.....))))))....)))))))).............((((((((.((((((....)))))).)))....)))))))))))............. (-24.69 = -24.88 + 0.20)
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