Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,785,113 – 5,785,231 |
Length | 118 |
Max. P | 0.912643 |
Location | 5,785,113 – 5,785,231 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 91.09 |
Mean single sequence MFE | -29.16 |
Consensus MFE | -25.66 |
Energy contribution | -26.90 |
Covariance contribution | 1.24 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -1.55 |
Structure conservation index | 0.88 |
SVM decision value | 1.08 |
SVM RNA-class probability | 0.912643 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 5785113 118 + 20766785 UCUUUGUCCCAAGACUGACACUUGUGAUUUGUACCCAAUUUAACGAAACGAAAUUAUCAACAAAUUAUCAUCGGC--GGUGACUCAAUCAAGUGUGGUCAUUGGCCCGGGGAACACUCCU ((((((..((((((((.(((((((((((((((....(((((.........)))))....))))))))((((....--.))))......))))))))))).))))..))))))........ ( -29.80) >DroSec_CAF1 76402 120 + 1 UCUUUGUCCCAAGACUGACACUUGUGAUUUGUACACAAUUUAACGAAACGAAAUUAUCAACAAAUUAUCAUCGGCGGGGUGACUCAAUCAAGUGUGGUCAUUGGCCCGGGGAACACUCCU ((((((..((((((((.(((((((((((((((....(((((.........)))))....))))))))........(((....)))...))))))))))).))))..))))))........ ( -32.90) >DroSim_CAF1 76710 120 + 1 UCUUUGUCCCAAGACAGACACUUGUGAUUUGUACACAAUUUAACGAAACGAAAUUAUCAACAAAUUAUCAUCGGCAGGGUGACUCAAUCAAGUGUGGUCAUUGGCCCGGGGAACACUCCU ((((((..(((((((..(((((((((((((((....(((((.........)))))....))))))))(((((.....)))))......))))))).))).))))..))))))........ ( -30.30) >DroEre_CAF1 78597 112 + 1 UCUUUGUCCCAAGAACGACACUUGUAAUUUGUACACAAUUUAACG-----AAAUUAUCGUCAAAUUUUCAUCG---CGGUGACUCAAUCAAGUGUGGUCAUUGGCCCGGGGAACACUCCU ((((((..((((..((.(((((((....(((.....(((((.(((-----(.....)))).))))).((((..---..))))..))).))))))).))..))))..))))))........ ( -29.60) >DroYak_CAF1 76477 112 + 1 UCUUUGUCCCAAGACUGACACUUGUAAUUUGUACACAAUUUAACG-----AAAUAAUCUUCAAAUUCUCAUCG---CGGUGACUCAAUCAAGUGUGGCCAUUGGCCCGGGGAACACUCCU ....((((((.......(((((((.((((((......((((....-----))))......)))))).((((..---..))))......)))))))((((...))))..))).)))..... ( -23.20) >consensus UCUUUGUCCCAAGACUGACACUUGUGAUUUGUACACAAUUUAACGAAACGAAAUUAUCAACAAAUUAUCAUCGGC_CGGUGACUCAAUCAAGUGUGGUCAUUGGCCCGGGGAACACUCCU ((((((..((((((((.(((((((((((((((....(((((.........)))))....))))))))(((((.....)))))......))))))))))).))))..))))))........ (-25.66 = -26.90 + 1.24)
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