Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,418,205 – 1,418,321 |
Length | 116 |
Max. P | 0.956298 |
Location | 1,418,205 – 1,418,321 |
---|---|
Length | 116 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 90.70 |
Mean single sequence MFE | -37.24 |
Consensus MFE | -35.32 |
Energy contribution | -35.80 |
Covariance contribution | 0.48 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -1.51 |
Structure conservation index | 0.95 |
SVM decision value | 1.46 |
SVM RNA-class probability | 0.956298 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 1418205 116 - 20766785 UCAUAUGUAUACCAACAGGCACUGGAUUGUACG----GAGUGCAGGUCGGUCCGUGAAAAUGGCCAGAAUAUGCAGAGCUAUGGCGGCCCAAAUUCUGUUUAUUUUGGCUGUCGCACAUC ....((((.........((.((((..((((((.----..))))))..))))))((((....((((((((((.((((((...(((....)))..)))))).)))))))))).)))))))). ( -39.00) >DroSec_CAF1 36685 116 - 1 UUACAUGUAUACCAACAGGCACUGGAUUGUACG----GAGUGCAGGUCCGUCCGUGGAAAUGGCCAGAAUAUGCAGAGCUAUGGCGGCCCAAAUUCUGUUUAUUUUGGCUGUCGCACAUC ....((((...(((...((.((.(((((((((.----..))))).)))))))).)))..((((((((((((.((((((...(((....)))..)))))).))))))))))))...)))). ( -37.60) >DroSim_CAF1 41697 116 - 1 UUAUAUGUAUACCAACAGGCACUGGAUUGUACG----GAGUGCAGGUCGGUCCGUGGAAAUGGCCAGAAUAUGCAGAGCUAUGGCGGCCCAAAUUCUGUUUAUUUUGGCUGUCGCACAUC ....((((...(((...((.((((..((((((.----..))))))..)))))).)))..((((((((((((.((((((...(((....)))..)))))).))))))))))))...)))). ( -39.20) >DroEre_CAF1 35238 115 - 1 UUAUA-----ACCAACAGGCACUGGCUCGUACAACAAAAGUGCAGGGCGGUCCGUGGAAAUGGCCGGAAUAUGCAGAGCUACGGCGGCCCAAAUUCUGUUUAUUUUGGCUGUCGCACAUC .....-----.......((.((((.(..((((.......))))..).))))))(((((...((((((((((.(((((((....)).........))))).)))))))))).)).)))... ( -38.70) >DroYak_CAF1 35993 112 - 1 UUAUA----UACCAACAGGCACUGGAUUGUACG----GAGUGCAGGUCAGUCCGUGGAAACGACCGGAAUAUGCAGAGCUAUGGCGGUCCAAAUUCUGUUUAUUUUCGCUGUCGCACAUC .....----..(((...((.((((..((((((.----..))))))..)))))).)))...(((((((((...((((((...(((....)))..))))))....)))))..))))...... ( -31.70) >consensus UUAUAUGUAUACCAACAGGCACUGGAUUGUACG____GAGUGCAGGUCGGUCCGUGGAAAUGGCCAGAAUAUGCAGAGCUAUGGCGGCCCAAAUUCUGUUUAUUUUGGCUGUCGCACAUC .................((.((((..((((((.......))))))..))))))(((...((((((((((((.((((((...(((....)))..)))))).))))))))))))..)))... (-35.32 = -35.80 + 0.48)
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