Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,602,441 – 5,602,572 |
Length | 131 |
Max. P | 0.843362 |
Location | 5,602,441 – 5,602,532 |
---|---|
Length | 91 |
Sequences | 6 |
Columns | 91 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.82 |
Mean single sequence MFE | -39.92 |
Consensus MFE | -26.33 |
Energy contribution | -28.53 |
Covariance contribution | 2.20 |
Combinations/Pair | 1.24 |
Mean z-score | -1.89 |
Structure conservation index | 0.66 |
SVM decision value | 0.76 |
SVM RNA-class probability | 0.843362 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 5602441 91 - 20766785 ACGGCCGCCUGCAGCGAAAAGGCGGCGGUGCGCUGUGGUGUCGCUAGGAUGCACUGCACCACCGCCAGCAGCACCAACAUGGCACCACUGG ...(((((((.........)))))))((((((((((((((..((.((......))))..))))).)))).)))))..((((....)).)). ( -42.40) >DroVir_CAF1 23 79 - 1 ACGGCCGCCUGCAGCGAGUAGGCGC---CUCGCUGGGGCGUCGCCAGGA--CAAUGCAGC----CGAGCAGGCCCAGGAUGGCAACA---G ...(((((((.(((((((.......---)))))))(((((((.....))--)..(((...----...))).))))))).))))....---. ( -34.50) >DroSec_CAF1 23 91 - 1 ACGGCCGCCUGCAGCGAAAAGGCGGCGGUGCGCUGUGGUGUCGCUAGGAUGCACUGCACCACCGUCAGCAGCACCACCAUGGCACCACUGG ...(((((((.........)))))))((((((((((((((..((.((......))))..))))).)))).))))).(((((....)).))) ( -44.40) >DroEre_CAF1 77 91 - 1 ACGGCCGCCUGCAGCGAAAAUGCGGCGGUGCGUUGUGGUGUCGCUAGGAUGCACUGCACCACCGCCAGCAGCACCAGCAUGGCACCACCGG (((((((((.(((.......))))))))).))).(((((((((((.((.(((.((((......).)))..))))))))..))))))))... ( -38.80) >DroYak_CAF1 79 91 - 1 ACGGCCGCCUGCAGCGAAAAUGCGGCGGUGCGUUGCGGUGUCGCUAGGAUGCACUGCAUCACCGCCAGCAGCACCACCAUGGCACCACUGG ...((((((.(((.......))))))((((((((((((((..((.((......))))..))))).)))).))))).....)))........ ( -40.70) >DroPer_CAF1 23 88 - 1 ACGGCUGCCUGGAGCGAAUAGGCGGCGGUGCGCUGUGGUGUUGCCCAGAUGCACUGCAGGAG---UAGUAGCACCACGAAGCUACCGCAAA ...((((((((.......))))))))(((((..(((((((((((.....(((...)))....---..)))))))))))..)).)))..... ( -38.70) >consensus ACGGCCGCCUGCAGCGAAAAGGCGGCGGUGCGCUGUGGUGUCGCUAGGAUGCACUGCACCACCGCCAGCAGCACCACCAUGGCACCACUGG ...(((((((.........)))))))((((((((((((((..((.((......))))..))))).)))).)))))................ (-26.33 = -28.53 + 2.20)
Location | 5,602,469 – 5,602,572 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.76 |
Mean single sequence MFE | -45.85 |
Consensus MFE | -25.95 |
Energy contribution | -27.37 |
Covariance contribution | 1.42 |
Combinations/Pair | 1.33 |
Mean z-score | -1.76 |
Structure conservation index | 0.57 |
SVM decision value | 0.37 |
SVM RNA-class probability | 0.708129 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 5602469 103 - 20766785 CAGUGGAUACUUGGCCGCCUCCCGACGAUGCAGUUCAUCCACGGCCGCCUGCAGCGAAAAGGCGGCGGUGCGCUGUGGUGUCGCUAGGAUGCACUGC--ACCACC--- ..((((....((((.......))))...((((((.(((((...(((((((.........)))))))(((((((....))).)))).))))).)))))--))))).--- ( -44.60) >DroVir_CAF1 47 95 - 1 UAAUGGAUACUUGGCAGCCUCGCGGCGAUGCAGCUCAUCGACGGCCGCCUGCAGCGAGUAGGCGC---CUCGCUGGGGCGUCGCCAGGA--CAAUGC--AGC------ .........((((((.(((....)))(((((..((((.(((.(((.((((((.....))))))))---)))).))))))))))))))).--......--...------ ( -43.90) >DroSec_CAF1 51 103 - 1 CAGUGGAUACUUGGCCGCCUCGCGACGAUGCAUUUCAUCCACGGCCGCCUGCAGCGAAAAGGCGGCGGUGCGCUGUGGUGUCGCUAGGAUGCACUGC--ACCACC--- (((((.((.((((((((((.((((..((((.....))))(((.(((((((.........))))))).)))))).).))))..)))))))).))))).--......--- ( -45.50) >DroMoj_CAF1 48 97 - 1 CAAUGGAAACUUGGCAGCCUCGCGGCGAUGCAGCUCAUCGACGGCCGCCUGCAGUGAGUAGGCGG---CGCGUUGGGGCGUGGCCAGGA--CAAUGCCAAGC------ .........(((((((.(((...(((.((((......(((((((((((((((.....))))))))---).)))))).)))).)))))).--...))))))).------ ( -51.00) >DroAna_CAF1 54 106 - 1 CAGCGGGUACUUGGCCGCCUCCCGACGAUGCAGUUCGUCCACAGCCGCCUGCAGCGAAUAGGCAGCGGUGCGUUGGGGCGUCGCCAGGAUGCACUGA--ACCACCAUC (((.(.((.(((((((((((...(((((......)))))..((((((((.((.((......)).)))))).)))))))))..)))))))).).))).--......... ( -42.40) >DroPer_CAF1 49 102 - 1 CAACGGAAAUUUCGAUGCCUCGCGACGGUGCAGCUCGUCAACGGCUGCCUGGAGCGAAUAGGCGGCGGUGCGCUGUGGUGUUGCCCAGAUGCACUGC--AGGAG---- ...((((...)))).((((((((..(((.(((((.((....))))))))))..))))...))))(((((((((((.((.....))))).))))))))--.....---- ( -47.70) >consensus CAAUGGAUACUUGGCCGCCUCGCGACGAUGCAGCUCAUCCACGGCCGCCUGCAGCGAAUAGGCGGCGGUGCGCUGGGGCGUCGCCAGGAUGCACUGC__ACCAC____ .........((((((.(((..(((..((((.....))))(((.((((((((.......)))))))).))))))...)))...)))))).................... (-25.95 = -27.37 + 1.42)
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