Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,483,629 – 5,483,733 |
Length | 104 |
Max. P | 0.706604 |
Location | 5,483,629 – 5,483,733 |
---|---|
Length | 104 |
Sequences | 6 |
Columns | 110 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.63 |
Mean single sequence MFE | -45.03 |
Consensus MFE | -27.30 |
Energy contribution | -26.45 |
Covariance contribution | -0.85 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -1.58 |
Structure conservation index | 0.61 |
SVM decision value | 0.36 |
SVM RNA-class probability | 0.706604 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 5483629 104 - 20766785 UGGGCACCGGAGGCA------CAUUAGGGUGCUGCGUGUACUUGAACCGCGCCUGUUCGCCUCUUAGCCGCAGAUCGUAGAGGCGCACGUAGCCAUCGGUGGUGCCGACC ..(((((((((((((------(....((((((.(.((........)))))))))((.(((((((..((........))))))))).)))).))).))..))))))).... ( -41.20) >DroPse_CAF1 3983 110 - 1 UGGGCACCUGUGGGAAUUGUGCCUCUGGAUCGCUUUUGUACUCGAAUCUGGCCUGCUCCCCUGAGGUGCGUAGGUCAAAGAGACGCACCAUUCCAUCAGUGGUGCCCACA ((((((((....(((((.((((((((.((..((....))..)).....((((((((.(((....)).).)))))))).))))..)))).)))))......)))))))).. ( -46.10) >DroSim_CAF1 2326 104 - 1 UGGGCACCGGAGGCA------CAUUAGGGUGCUGCGUGUACUUGAACCGCGCCUGUUCGCCCCUUAGCCGCAGAUCGUAGAGGCGCACGUAGCCAUCGGUGGUGCCCACC ((((((((((.(((.------.....((((((.(.((........)))))))))....)))))...(((((.....)).(((((.......))).))))))))))))).. ( -41.70) >DroEre_CAF1 2363 104 - 1 UGGGCACCGGAGGCA------CAUCCGGGUGCUGCGUGUACUUGAACCUGGCCUGUUCGCCCCUUAGCCGCAGAUCGUAGAGGCGCACGUAGCCAUCGGUGGUGCCCACC (((((((((((....------..))).((((((((((((.(((.....((..((((..((......)).))))..))..)))..)))))))).))))...)))))))).. ( -45.30) >DroYak_CAF1 2200 104 - 1 UGGGCACCGGAGGCA------CCUCAGGGUGCUGCGUGUAUUUGAACCUCGCCUGUUCGCCCCUAAGGCGCAGAUCGUAGAGGCGCACGUAGCCAUCGGUGGUGCCCACC ((((((((((((...------.)))..((((((((((((....((((.......))))(((.(((.((......)).))).))))))))))).))))..))))))))).. ( -46.50) >DroPer_CAF1 3892 110 - 1 UGGGCACCUGUGGGAAUUGUGCCUCUGGAUCGCUUUUGUACUCGAAUCUGGCCUGCUCGCCUGAGGUGCGUAGGUCAAAGAGACGCACCAUUCCAUCAGUGGUGCCCACA ((((((((....(((((.((((((((.((..((....))..)).....((((((((.((((...)))).)))))))).))))..)))).)))))......)))))))).. ( -49.40) >consensus UGGGCACCGGAGGCA______CAUCAGGGUGCUGCGUGUACUUGAACCUCGCCUGUUCGCCCCUUAGCCGCAGAUCGUAGAGGCGCACGUAGCCAUCGGUGGUGCCCACC (((((((((....).............((((((((((((.(((.........((((.............))))......)))..)))))))).))))...)))))))).. (-27.30 = -26.45 + -0.85)
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