Locus 1401

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	5,413,329 – 5,413,431
Length	102
Max. P	0.999954

overview

Window 1

Location	5,413,329 – 5,413,431
Length	102
Sequences	5
Columns	102
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	96.46
Mean single sequence MFE	-43.22
Consensus MFE	-37.70
Energy contribution	-38.70
Covariance contribution	1.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.66
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	3.14
SVM RNA-class probability	0.998542
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5413329 102 + 20766785
GAGGCAACCAACCAGUUAGCCGGCGGAGCGACAAUUGCAGAUUAGGCCACGUUUGGCUGACUGGCUGGACAGUGGCCACAUAACUGGCUGGCUGGGUUUCUG
(((((......((((((((((((....((((...))))......(((((((((..(((....)))..))).))))))......))))))))))))))))).. ( -47.10)
>DroSec_CAF1 2299 102 + 1
GAGGCAACCAACCAGUUAGCCGGCGGAGCGACAAUUGCAGAUUAGGCCACGUUUGGCUGACUGGCUGGCCAGUGGCCACAUAACUGGCUGGCUGGGUUUCUG
(((((..(((.((((((((((((((..((................))..)).)))))))))))).)))((((((((((......))))).)))))))))).. ( -45.09)
>DroSim_CAF1 2386 102 + 1
GAGGCAACCAACCAGUUAGCCGGCGGAGCGACAAUUGCAGAUUAGGCCACGUUUGGCUGACUGGCUGGCCAGUGGCCACAUAACUGGCUGGCUGGGUUUCUG
(((((..(((.((((((((((((((..((................))..)).)))))))))))).)))((((((((((......))))).)))))))))).. ( -45.09)
>DroEre_CAF1 2482 98 + 1
GAGGCAACCAACCAGUUAGCCGUCGGAGCGACAAUUGCAGAUUAGGCCACGUUUGACUGACUG----GCCAGUGGCCACAUAACUGGCUGGCUGGGUUUCUG
(((((......(((((((((((((((.((((...))))...((((((...)))))))))))((----(((...))))).......))))))))))))))).. ( -35.60)
>DroYak_CAF1 2495 98 + 1
GAGGCAACCAACCAGUUAGCCGGCGGAGCGACAAUUGCAGAUUAGGCCACGUUUGGCUGACUG----GCCAGUGGCCACAUAACUGGCUGGCUGGGUUUCUG
(((((......((((((((((((....((((...))))......((((((...(((((....)----))))))))))......))))))))))))))))).. ( -43.20)
>consensus
GAGGCAACCAACCAGUUAGCCGGCGGAGCGACAAUUGCAGAUUAGGCCACGUUUGGCUGACUGGCUGGCCAGUGGCCACAUAACUGGCUGGCUGGGUUUCUG
(((((......((((((((((((....((((...))))......((((((...(((((........)))))))))))......))))))))))))))))).. (-37.70 = -38.70 +   1.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	5,413,329 – 5,413,431
Length	102
Sequences	5
Columns	102
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	96.46
Mean single sequence MFE	-39.60
Consensus MFE	-37.62
Energy contribution	-37.70
Covariance contribution	0.08
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-2.98
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	4.83
SVM RNA-class probability	0.999954
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5413329 102 - 20766785
CAGAAACCCAGCCAGCCAGUUAUGUGGCCACUGUCCAGCCAGUCAGCCAAACGUGGCCUAAUCUGCAAUUGUCGCUCCGCCGGCUAACUGGUUGGUUGCCUC
........((((((((((((((...((((((.((...((......))...))))))))............((((......)))))))))))))))))).... ( -37.40)
>DroSec_CAF1 2299 102 - 1
CAGAAACCCAGCCAGCCAGUUAUGUGGCCACUGGCCAGCCAGUCAGCCAAACGUGGCCUAAUCUGCAAUUGUCGCUCCGCCGGCUAACUGGUUGGUUGCCUC
........((((((((((((((...((((((((((..........))))...))))))............((((......)))))))))))))))))).... ( -39.90)
>DroSim_CAF1 2386 102 - 1
CAGAAACCCAGCCAGCCAGUUAUGUGGCCACUGGCCAGCCAGUCAGCCAAACGUGGCCUAAUCUGCAAUUGUCGCUCCGCCGGCUAACUGGUUGGUUGCCUC
........((((((((((((((...((((((((((..........))))...))))))............((((......)))))))))))))))))).... ( -39.90)
>DroEre_CAF1 2482 98 - 1
CAGAAACCCAGCCAGCCAGUUAUGUGGCCACUGGC----CAGUCAGUCAAACGUGGCCUAAUCUGCAAUUGUCGCUCCGACGGCUAACUGGUUGGUUGCCUC
........((((((((((((((.((((((((((((----......))))...))))))...........(((((...))))))))))))))))))))).... ( -39.80)
>DroYak_CAF1 2495 98 - 1
CAGAAACCCAGCCAGCCAGUUAUGUGGCCACUGGC----CAGUCAGCCAAACGUGGCCUAAUCUGCAAUUGUCGCUCCGCCGGCUAACUGGUUGGUUGCCUC
........((((((((((((((...((((((((((----......))))...))))))............((((......)))))))))))))))))).... ( -41.00)
>consensus
CAGAAACCCAGCCAGCCAGUUAUGUGGCCACUGGCCAGCCAGUCAGCCAAACGUGGCCUAAUCUGCAAUUGUCGCUCCGCCGGCUAACUGGUUGGUUGCCUC
........((((((((((((((...((((((((((..........))))...))))))............((((......)))))))))))))))))).... (-37.62 = -37.70 +   0.08)

alignment

secondary structure

dotplot

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