| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 5,392,697 – 5,392,793 |
| Length | 96 |
| Max. P | 0.769991 |
| Location | 5,392,697 – 5,392,793 |
|---|---|
| Length | 96 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 113 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 70.41 |
| Mean single sequence MFE | -38.88 |
| Consensus MFE | -18.75 |
| Energy contribution | -18.42 |
| Covariance contribution | -0.33 |
| Combinations/Pair | 1.36 |
| Mean z-score | -1.71 |
| Structure conservation index | 0.48 |
| SVM decision value | 0.53 |
| SVM RNA-class probability | 0.769991 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 5392697 96 + 20766785 AGCGUGCUGGGCGGCA--GU------UGCUGCAGA----GGUGUA--GCUGCUCCUGACGUGGGCGGCAAGAACUGGUUCGUAAUACCACUGUUGAACUGCUGCGGCGGU--- .((.((((..((((((--((------(.(.((((.----(((((.--(((((.((......)))))))..(((....)))...))))).)))).))))))))))))))))--- ( -42.10) >DroGri_CAF1 6215 105 + 1 AGAUUACUUAGCGGAGCAGU------CGCCGCUGCCGCCAUUGGACCAUUGCUC--AAUGGUGGCGGCAAAAACUUGUUCAUUACAUUGCUAUUGAAUUGAGGCGGCGGCGGC ..........((...((.((------(((((((((((((((((..(....)..)--))))))))))))........(((((.((......)).)))))...)))))).)).)) ( -42.60) >DroSec_CAF1 3751 96 + 1 AGCGUGCUAGGCGGCA--GU------UGCUGCAGA----GGUGUA--GCUGCUCCAGACGUGGGCGGCAAGAACUGGUUCGAAUUACCACUCUUGAACUGCUGCGGCGGU--- .((.((((..((((((--((------(((((((..----..))))--))(((.(((....)))))).(((((..((((.......)))).))))))))))))))))))))--- ( -36.60) >DroEre_CAF1 4135 96 + 1 AACGUGCUGGGCUGCA--GU------UGCUGCAGA----GGUGUA--GCUGCUCCAGAAGUUGGUGGCAAGAACUGGUUCCCAAUACCACUGUUAAACUGCUGCGGCGGU--- (((((((((((..(((--((------(((.((...----.)))))--))))))))))..(((((..((........))..)))))..))).)))..(((((....)))))--- ( -31.90) >DroYak_CAF1 4017 96 + 1 AAAGUGCUGGGCGGCA--GU------UGCUGCAGA----GGUGUA--GCUGCUCCAGACGUGGGCGGCAAGAACUGGUUCGCAAUACCACUGUUGAACUGCUGCGGCGGU--- ....((((..((((((--((------(.(.((((.----(((((.--(((((.(((....))))))))..(((....)))...))))).)))).))))))))))))))..--- ( -42.10) >DroMoj_CAF1 4624 105 + 1 AGAUUGCUGAGCGGCGUCGUUGCUGGCGGCGCU---GCUGCUGGACCAUUGCUC--AAAGCUGGUGGCAAAAACUUGCUCAUCACAUUGCUAUUAAAUUGAGGCGGCGGC--- ...(((((((((((((((((.....))))))))---)))............(((--((((((((((((((....)))).)))))....)))......))))).)))))).--- ( -38.00) >consensus AGAGUGCUGGGCGGCA__GU______UGCUGCAGA____GGUGUA__GCUGCUCCAGACGUGGGCGGCAAGAACUGGUUCGUAAUACCACUGUUGAACUGCUGCGGCGGU___ ....((((....))))..........((((((((.............((((((.........))))))......((((.......))))...........))))))))..... (-18.75 = -18.42 + -0.33)
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