Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,360,823 – 5,360,943 |
Length | 120 |
Max. P | 0.624034 |
Location | 5,360,823 – 5,360,943 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.22 |
Mean single sequence MFE | -37.57 |
Consensus MFE | -26.45 |
Energy contribution | -26.48 |
Covariance contribution | 0.03 |
Combinations/Pair | 1.30 |
Mean z-score | -1.62 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 0.19 |
SVM RNA-class probability | 0.624034 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 5360823 120 - 20766785 UCUGUAGUGACCAGGGCCAGCUGUUUUAGCUCGCUGCAGUGCAGCAGUCUACUAAUUUGGAAAUCAGAUUGAGAAAGAAUAUCCCUGAUCUUCCAAGAUUUAGGGUCGACCUGUUGCAGC .((((((((((.(((((.....))))).).)))))))))((((((((((...(((((((.....)))))))...........(((((((((....))).))))))..)).)))))))).. ( -37.70) >DroPse_CAF1 3354 120 - 1 UCUGUGGUGACCAAAGCCAAUUGUUUGAGGUCGCUGCAAUGUAGCAGACGACUGAUUUGAAAGUCCGACUGUGUCAAAAGGUUCUUUAUCUUCCAGGAUUCGGCAUCCACCUGCUGCAGA ..((..((((((.((((.....))))..))))))..)).((((((((..((((........)))).(.(((.(((..(((((.....)))))....))).))))......)))))))).. ( -38.70) >DroSim_CAF1 3437 120 - 1 UCUGUAGUGACCAAGGCCAGCUGUUUUAGCUCGCUGCAGUGCAGCAGUCUACUGAUUUGGAAAUCAGAUUGAGAGAGAAUAUCCCUGAUCUUCCAAGAUUUCGGGUCGACCUGUUGCAGC .((((((((((.(((((.....))))).).)))))))))((((((((((..((((((((((((((((.................))))).)))))))...))))...)).)))))))).. ( -39.93) >DroEre_CAF1 3417 120 - 1 UCUGUAGUGACCAGGGCCAGCUGUUUUAGCUCGGUGCAGUGCAGCAGUCUACUGAUUUGGAAAUCAGAUUGAGAGAGAAUAUCCCUGAUCUUCCAAGAUUUACUAUCGACCUGUUGCAGC .............(.((((((((...))))).))).)..((((((((((.......(((((((((((.................))))).))))))(((.....))))).)))))))).. ( -32.43) >DroYak_CAF1 3635 120 - 1 UCUGUAGUGACUAGGGCCAGCUGCUUUAGCUCUGUGCAGUGCAGCAGUCUACUUAUUUGGAAAUCAGAUUGCGUGAGAAUAUCCCUGAUCUUCCAAGUUUUACCAUUGACCUGUUGCAGC .(((((..(((((((((.....))))))).))..)))))((((((((((.....(((((((((((((....(....).......))))).)))))))).........)).)))))))).. ( -37.94) >DroPer_CAF1 7729 120 - 1 UCUGUGGUGACCAAAGCCAAUUGUUUGAGGUCGCUGCAAUGUAGCAGACGACUGAUUUGAAAGUCCGACUGUGUCAAAAGGUUCUUUAUCUUCCAGGAUUCGGCAUCCACCUGCUGCAGA ..((..((((((.((((.....))))..))))))..)).((((((((..((((........)))).(.(((.(((..(((((.....)))))....))).))))......)))))))).. ( -38.70) >consensus UCUGUAGUGACCAAGGCCAGCUGUUUUAGCUCGCUGCAGUGCAGCAGUCUACUGAUUUGGAAAUCAGAUUGAGAGAGAAUAUCCCUGAUCUUCCAAGAUUUAGCAUCGACCUGUUGCAGC .((((((((((.(((((.....))))).).)))))))))((((((((.........(((((((((((.................))))).))))))(((.....)))...)))))))).. (-26.45 = -26.48 + 0.03)
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