Locus 137

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	1,399,049 – 1,399,195
Length	146
Max. P	0.993370

overview

Window 3

Location	1,399,049 – 1,399,163
Length	114
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.98
Mean single sequence MFE	-46.78
Consensus MFE	-44.24
Energy contribution	-43.72
Covariance contribution	-0.52
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.77
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	2.39
SVM RNA-class probability	0.993370
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1399049 114 - 20766785
CGUUGUUUGAGUGUCGGCAAUCGCUGGCCAUCGAUGACAGCAACGCCGCAAAAGCGGUUGUUGCUGUUGUGCCCCCGAUGGCGUGCCUCUUGUCGCUGCUGCCUCUGCUGCUGC------
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>DroSec_CAF1 24878 114 - 1
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>DroSim_CAF1 29812 114 - 1
CGUUGUUUGAGUGUCGGCAAUCGCUGGCCAUCGAUGACAGCAACGCCGCAAAAGCGGUUGUUGCUGUUGUGCCCCCGAUGGCGUGCCUCUUGUCGCUGCUGCCUCUGCUGCUGC------
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>DroEre_CAF1 23869 120 - 1
CGUUGUCUGAGUGUCGGCAAUCGUUGGCCAUCGAUGACAGCAACGCCGCAAAAGCGGUUGUUGCUGUUGUGCCCCCGAUGGCGUGCCCCUUGUCGCCGCUGCCUCUGUUGCUGCCUCUGC
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>DroYak_CAF1 25742 104 - 1
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>consensus
CGUUGUUUGAGUGUCGGCAAUCGCUGGCCAUCGAUGACAGCAACGCCGCAAAAGCGGUUGUUGCUGUUGUGCCCCCGAUGGCGUGCCUCUUGUCGCUGCUGCCUCUGCUGCUGC______
.........((((.((((((..((..((((((((..(((((((((((((....)))).)))))))))..).....)))))))..))...)))))).)))).................... (-44.24 = -43.72 +  -0.52)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	1,399,083 – 1,399,195
Length	112
Sequences	4
Columns	112
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	98.21
Mean single sequence MFE	-42.90
Consensus MFE	-41.14
Energy contribution	-41.45
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-2.40
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	1.16
SVM RNA-class probability	0.924619
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1399083 112 + 20766785
CAUCGGGGGCACAACAGCAACAACCGCUUUUGCGGCGUUGCUGUCAUCGAUGGCCAGCGAUUGCCGACACUCAAACAACGCGAUAUUUGAAUUCGAGUGCCGCCGGUUCUGU
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>DroSec_CAF1 24912 112 + 1
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.(((((.(((((.((((((((..(((......))).))))))))..((((((((........))))....(((((..........)))))..))))))))).)))))..... ( -40.20)
>DroSim_CAF1 29846 112 + 1
CAUCGGGGGCACAACAGCAACAACCGCUUUUGCGGCGUUGCUGUCAUCGAUGGCCAGCGAUUGCCGACACUCAAACAACGCGAUAUUUGAAUUCGAGUGCCGCCGGUUCUGU
.(((((.(((((.((((((((..((((....)))).))))))))..((((((((........))))....(((((..........)))))..))))))))).)))))..... ( -44.30)
>DroEre_CAF1 23909 112 + 1
CAUCGGGGGCACAACAGCAACAACCGCUUUUGCGGCGUUGCUGUCAUCGAUGGCCAACGAUUGCCGACACUCAGACAACGCGAUAUUUGAAUUCGAGUGCCGGCGGUUCUGU
.((((..(((.((((((((((..((((....)))).))))))))......)))))..))))(((((.(((((.(((((........)))...))))))).)))))....... ( -42.80)
>consensus
CAUCGGGGGCACAACAGCAACAACCGCUUUUGCGGCGUUGCUGUCAUCGAUGGCCAGCGAUUGCCGACACUCAAACAACGCGAUAUUUGAAUUCGAGUGCCGCCGGUUCUGU
.(((((.(((((.((((((((..((((....)))).))))))))..((((((((........))))....(((((..........)))))..))))))))).)))))..... (-41.14 = -41.45 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	1,399,083 – 1,399,195
Length	112
Sequences	4
Columns	112
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	98.21
Mean single sequence MFE	-52.33
Consensus MFE	-51.25
Energy contribution	-51.38
Covariance contribution	0.12
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-4.62
Structure conservation index	0.98
SVM decision value	0.99
SVM RNA-class probability	0.896816
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1399083 112 - 20766785
ACAGAACCGGCGGCACUCGAAUUCAAAUAUCGCGUUGUUUGAGUGUCGGCAAUCGCUGGCCAUCGAUGACAGCAACGCCGCAAAAGCGGUUGUUGCUGUUGUGCCCCCGAUG
.......(((.((((((((((((((((((......)))))))))((((((....))))))..)))).((((((((((((((....)))).))))))))))))))).)))... ( -53.90)
>DroSec_CAF1 24912 112 - 1
ACAGAACCGGCGGCACUCGAAUUCAAAUAUCGCGUUGUUUGAGUGUCGGCAAUCGCUGGCCAUCGAUGACAGCAACGCCGUAAAAGCGGUUGUUGCUGUUGUGCCCCCGAUG
.......(((.((((((((((((((((((......)))))))))((((((....))))))..)))).((((((((((((((....)))).))))))))))))))).)))... ( -52.00)
>DroSim_CAF1 29846 112 - 1
ACAGAACCGGCGGCACUCGAAUUCAAAUAUCGCGUUGUUUGAGUGUCGGCAAUCGCUGGCCAUCGAUGACAGCAACGCCGCAAAAGCGGUUGUUGCUGUUGUGCCCCCGAUG
.......(((.((((((((((((((((((......)))))))))((((((....))))))..)))).((((((((((((((....)))).))))))))))))))).)))... ( -53.90)
>DroEre_CAF1 23909 112 - 1
ACAGAACCGCCGGCACUCGAAUUCAAAUAUCGCGUUGUCUGAGUGUCGGCAAUCGUUGGCCAUCGAUGACAGCAACGCCGCAAAAGCGGUUGUUGCUGUUGUGCCCCCGAUG
........(((((((((((....(((........)))..))))))))))).((((..(((.....(..(((((((((((((....)))).)))))))))..))))..)))). ( -49.50)
>consensus
ACAGAACCGGCGGCACUCGAAUUCAAAUAUCGCGUUGUUUGAGUGUCGGCAAUCGCUGGCCAUCGAUGACAGCAACGCCGCAAAAGCGGUUGUUGCUGUUGUGCCCCCGAUG
.......(((.((((((((((((((((((......)))))))))((((((....))))))..)))).((((((((((((((....)))).))))))))))))))).)))... (-51.25 = -51.38 +   0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

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