Locus 1353

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 5,227,633 – 5,227,735
Length 102
Max. P 0.973296
window2339

overview

Window 9

Location 5,227,633 – 5,227,735
Length 102
Sequences 6
Columns 104
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.97
Mean single sequence MFE -23.25
Consensus MFE -14.57
Energy contribution -15.85
Covariance contribution 1.28
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -2.78
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 1.71
SVM RNA-class probability 0.973296
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5227633 102 + 20766785
CUUAACCAGUGCUAAAAAUGUCUUUUAUGAUUUGCUAUGAUCUCUGG-GCAAAUUAUGAAAACAAUUUUGCCUGAAACUAUCAUGUACAAAAACUA-GAUUAUU
......(((.((.((((.(((.((((((((((((((..(....)..)-)))))))))))))))).)))))))))......................-....... ( -21.80)
>DroVir_CAF1 138129 98 + 1
CUCAAC--UGUAUAAAAUUAAUUUCCAUCCGUUGCCAAAUUGU-UUG-GCAAAUGAUGAAAGAGAUUUUGCUU--AACUAUCAUGUACAAAUGCUAUUAUUGAU
.((((.--.((((((((((..((((.(((..(((((((.....-)))-))))..)))))))..)))))))...--......(((......))).)))..)))). ( -18.40)
>DroPse_CAF1 106674 100 + 1
CUUAACCAAUGGUAA-AAUGUCU-UUAUGAUUUGCCAUGAUCUCUGGGGCAAAUUAUGAAAACAGUUUUGCCUACAACUAUUAUGUACAAAAAUUA-GAU-ACU
..........(((((-(((((.(-((((((((((((..(....)...))))))))))))).))).)))))))((((.......)))).........-...-... ( -25.00)
>DroYak_CAF1 102489 102 + 1
CUUAACCAGUGGUAAAAAUGUUUUUUAUGAUUUGCUAUGAUCUCUGG-GCAAAUUAUGAAAACAAUUUUGCCUGAAACUAUCAUGUACAAAAACUA-GAUUACU
.......((((((((((.(((((((.((((((((((..(....)..)-)))))))))))))))).)))))))(((.....))).........))).-....... ( -23.10)
>DroAna_CAF1 121279 102 + 1
CUUAACCGGCGGUAAAAAUGCAUUUUAUGAUUUGCUAUGAUCUCUGG-GCAAAUUAUAGGAUCAAUUUUGCCAAAAACUAUCAUGUACAAAUGCUA-GCAUACU
.......((((((((((.((.(((((((((((((((..(....)..)-)))))))))))))))).)))))))....((......))......))).-....... ( -26.20)
>DroPer_CAF1 109253 100 + 1
CUUAACCAAUGGUAA-AAUGUCU-UUAUGAUUUGCCAUGAUCUCUGGGGCAAAUUAUGAAAACAGUUUUGCCUACAACUAUUAUGUACAAAAAUUA-GAU-ACU
..........(((((-(((((.(-((((((((((((..(....)...))))))))))))).))).)))))))((((.......)))).........-...-... ( -25.00)
>consensus
CUUAACCAGUGGUAAAAAUGUCUUUUAUGAUUUGCCAUGAUCUCUGG_GCAAAUUAUGAAAACAAUUUUGCCUAAAACUAUCAUGUACAAAAACUA_GAUUACU
..........(((((((.(((.(((((((((((((.............)))))))))))))))).)))))))................................ (-14.57 = -15.85 +   1.28)

alignment

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