Locus 135

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 1,394,701 – 1,394,895
Length 194
Max. P 0.999980
window284 window285 window286 window287

overview

Window 4

Location 1,394,701 – 1,394,815
Length 114
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.18
Mean single sequence MFE -34.52
Consensus MFE -25.30
Energy contribution -25.74
Covariance contribution 0.44
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -2.54
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.93
SVM RNA-class probability 0.883174
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1394701 114 + 20766785
AUCGUCCAGCUGUGGCUCUGGUUGUUG------UUGUUGCUGCCGAGCACAAUGGCUUCUAUUGGGCCUAUAGCAUUUAAUUUAUAGUUUAGGCAAACGCCAAAUUUGAUUUAUUGGUCA
...(.((((((((((((((((..((..------((((.(((....)))))))..))..)))..))))).)))))...(((.(((.(((((.(((....))))))))))).))).))).). ( -36.10)
>DroSec_CAF1 21165 120 + 1
AUCGUCCAGCUGUGGCUCUGGUUGUUGUUGUUGUUGCUGCUGCCUAGCACAAUGGCUUCUAUUGGGCCUAUAGCAUUUAAUUUAUAGUUUAGGCAAACGCCAAAUUUGAUUUAUUGGUCA
...(.(((((((((((.(..((....((..((((.((((.....))))))))..))....))..)))).)))))...(((.(((.(((((.(((....))))))))))).))).))).). ( -36.60)
>DroSim_CAF1 26232 120 + 1
AUCGUCCAGCUGUGGCUCUGCUUGCUGUUGUUGUUGCUGCUGCCUAGCACAAUGGCUUCUAUUGGGCCUAUAGCAUUUAAUUUAUAGUUUAGGCAAACGCCAAAUUUGAUUUAUUGGUCA
...(.(((((((((((((.....(..((..((((.((((.....))))))))..))..)....))))).)))))...(((.(((.(((((.(((....))))))))))).))).))).). ( -35.60)
>DroEre_CAF1 20059 110 + 1
AUCGUCCAGCUGUGGCCCUAGUUG---------UUGUUGCUGCAGAGCACAAUGGCUUCUAUUGGGCCUAUAGCAUUUAAUUUAUAGU-UAGGCAAACGCCAAAUUUGAUUUAUUGGUCA
...(.(((((((((((((.(((..---------((((.(((....)))))))..)))......))))).)))))...(((.(((.(((-(.(((....))).))))))).))).))).). ( -37.70)
>DroYak_CAF1 21640 111 + 1
AUCGUCCAGCUGUGACUCUAGUUG---------UUUCUGCUGCAGAGCACUAUGGCUUCUAUUGGGCCUAUAGCAUUUAAUUUAUAGUUUAGGCAAACGCCAAAUUUGAUUUAUUGGUCA
...(.(((((((((.((((.((.(---------(....)).)))))))))...(((((.....)))))...)))...(((.(((.(((((.(((....))))))))))).))).))).). ( -26.60)
>consensus
AUCGUCCAGCUGUGGCUCUGGUUG_UG______UUGCUGCUGCCGAGCACAAUGGCUUCUAUUGGGCCUAUAGCAUUUAAUUUAUAGUUUAGGCAAACGCCAAAUUUGAUUUAUUGGUCA
...(.((((((((((((....................((((....))))((((((...)))))))))).)))))...(((.(((.(((((.(((....))))))))))).))).))).). (-25.30 = -25.74 +   0.44)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 1,394,735 – 1,394,855
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.50
Mean single sequence MFE -30.32
Consensus MFE -28.49
Energy contribution -28.73
Covariance contribution 0.24
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.65
Structure conservation index 0.94
SVM decision value 1.95
SVM RNA-class probability 0.983555
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1394735 120 + 20766785
UGCCGAGCACAAUGGCUUCUAUUGGGCCUAUAGCAUUUAAUUUAUAGUUUAGGCAAACGCCAAAUUUGAUUUAUUGGUCAAGAGACUAUUGACCAUUAUGCUGAGCAUAUUAUUUGGUUG
((((..((.((((((...)))))).))((((((........))))))....))))...(((((((.........(((((((.......))))))).(((((...)))))..))))))).. ( -30.70)
>DroSec_CAF1 21205 120 + 1
UGCCUAGCACAAUGGCUUCUAUUGGGCCUAUAGCAUUUAAUUUAUAGUUUAGGCAAACGCCAAAUUUGAUUUAUUGGUCAAGAGGCUAUUGACCAUUAUGCUGAGCAUAUUAUUUGCUUG
(((.((((((((((((((((.(((((((((.(((............)))))))).....))))...(((((....)))))))))))))))).......))))).)))............. ( -31.81)
>DroSim_CAF1 26272 120 + 1
UGCCUAGCACAAUGGCUUCUAUUGGGCCUAUAGCAUUUAAUUUAUAGUUUAGGCAAACGCCAAAUUUGAUUUAUUGGUCAAGAGGCUAUUGACCAUUAUGCUGAGCAUAUUAUUUGCUUG
(((.((((((((((((((((.(((((((((.(((............)))))))).....))))...(((((....)))))))))))))))).......))))).)))............. ( -31.81)
>DroEre_CAF1 20090 119 + 1
UGCAGAGCACAAUGGCUUCUAUUGGGCCUAUAGCAUUUAAUUUAUAGU-UAGGCAAACGCCAAAUUUGAUUUAUUGGUCAAGAGGCUGUUGACCAUUAUGCUGAGCAUAUUAUUUGGUUG
.........(((((((((((....((((.((((.(((.(((((.....-..(((....)))))))).))))))).)))).)))))))))))((((.(((((...))))).....)))).. ( -30.01)
>DroYak_CAF1 21671 120 + 1
UGCAGAGCACUAUGGCUUCUAUUGGGCCUAUAGCAUUUAAUUUAUAGUUUAGGCAAACGCCAAAUUUGAUUUAUUGGUCAAGAGGCUAUUGACUAUUAUGCUGAGCAUAUUAUUUGGCUG
.....(((.....(((((.....)))))..((((((.......(((((((.(((....)))...(((((((....))))))))))))))........)))))).............))). ( -27.26)
>consensus
UGCCGAGCACAAUGGCUUCUAUUGGGCCUAUAGCAUUUAAUUUAUAGUUUAGGCAAACGCCAAAUUUGAUUUAUUGGUCAAGAGGCUAUUGACCAUUAUGCUGAGCAUAUUAUUUGGUUG
(((..(((((((((((((((....((((.((((.(((.(((((........(((....)))))))).))))))).)))).))))))))))).......))))..)))............. (-28.49 = -28.73 +   0.24)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 6

Location 1,394,735 – 1,394,855
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.50
Mean single sequence MFE -28.45
Consensus MFE -27.84
Energy contribution -28.08
Covariance contribution 0.24
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -3.07
Structure conservation index 0.98
SVM decision value 5.23
SVM RNA-class probability 0.999980
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1394735 120 - 20766785
CAACCAAAUAAUAUGCUCAGCAUAAUGGUCAAUAGUCUCUUGACCAAUAAAUCAAAUUUGGCGUUUGCCUAAACUAUAAAUUAAAUGCUAUAGGCCCAAUAGAAGCCAUUGUGCUCGGCA
.............((((.(((((((((((......(((.(((.((((..........)))).....(((((.(.(((.......))).).))))).))).))).))))))))))).)))) ( -29.20)
>DroSec_CAF1 21205 120 - 1
CAAGCAAAUAAUAUGCUCAGCAUAAUGGUCAAUAGCCUCUUGACCAAUAAAUCAAAUUUGGCGUUUGCCUAAACUAUAAAUUAAAUGCUAUAGGCCCAAUAGAAGCCAUUGUGCUAGGCA
.............(((..(((((((((((.....(((..((((........))))....)))....(((((.(.(((.......))).).))))).........)))))))))))..))) ( -30.90)
>DroSim_CAF1 26272 120 - 1
CAAGCAAAUAAUAUGCUCAGCAUAAUGGUCAAUAGCCUCUUGACCAAUAAAUCAAAUUUGGCGUUUGCCUAAACUAUAAAUUAAAUGCUAUAGGCCCAAUAGAAGCCAUUGUGCUAGGCA
.............(((..(((((((((((.....(((..((((........))))....)))....(((((.(.(((.......))).).))))).........)))))))))))..))) ( -30.90)
>DroEre_CAF1 20090 119 - 1
CAACCAAAUAAUAUGCUCAGCAUAAUGGUCAACAGCCUCUUGACCAAUAAAUCAAAUUUGGCGUUUGCCUA-ACUAUAAAUUAAAUGCUAUAGGCCCAAUAGAAGCCAUUGUGCUCUGCA
.............(((..(((((((((((.....(((..((((........))))....)))....(((((-..................))))).........)))))))))))..))) ( -28.87)
>DroYak_CAF1 21671 120 - 1
CAGCCAAAUAAUAUGCUCAGCAUAAUAGUCAAUAGCCUCUUGACCAAUAAAUCAAAUUUGGCGUUUGCCUAAACUAUAAAUUAAAUGCUAUAGGCCCAAUAGAAGCCAUAGUGCUCUGCA
..(((((((..(((((...)))))...(((((.......)))))...........)))))))((((....))))............(((((.(((.........))))))))........ ( -22.40)
>consensus
CAACCAAAUAAUAUGCUCAGCAUAAUGGUCAAUAGCCUCUUGACCAAUAAAUCAAAUUUGGCGUUUGCCUAAACUAUAAAUUAAAUGCUAUAGGCCCAAUAGAAGCCAUUGUGCUCGGCA
.............(((..(((((((((((.....(((..((((........))))....)))....(((((...(((.......)))...))))).........)))))))))))..))) (-27.84 = -28.08 +   0.24)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 1,394,775 – 1,394,895
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.11
Mean single sequence MFE -25.74
Consensus MFE -17.32
Energy contribution -17.76
Covariance contribution 0.44
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -2.59
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.55
SVM RNA-class probability 0.778622
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 1394775 120 - 20766785
GGGCCAAAGGGAGAAUCAUUGCUCACUCCAACGUAUAUUACAACCAAAUAAUAUGCUCAGCAUAAUGGUCAAUAGUCUCUUGACCAAUAAAUCAAAUUUGGCGUUUGCCUAAACUAUAAA
..((((((.((((............))))...((((((((........)))))))).........(((((((.......)))))))..........))))))((((....))))...... ( -25.10)
>DroSec_CAF1 21245 98 - 1
----------------------UCACUCCAACGUAUAUUACAAGCAAAUAAUAUGCUCAGCAUAAUGGUCAAUAGCCUCUUGACCAAUAAAUCAAAUUUGGCGUUUGCCUAAACUAUAAA
----------------------..((.((((.((((((((........)))))))).........(((((((.......)))))))...........)))).))................ ( -17.20)
>DroSim_CAF1 26312 119 - 1
GGGCCAGAGGG-GCAUCAUUGCUCACUCCAACGUAUAUUACAAGCAAAUAAUAUGCUCAGCAUAAUGGUCAAUAGCCUCUUGACCAAUAAAUCAAAUUUGGCGUUUGCCUAAACUAUAAA
((((..(((((-(((....))))).))).(((((..(((............(((((...))))).(((((((.......)))))))........)))...))))).)))).......... ( -29.50)
>DroEre_CAF1 20130 118 - 1
CAGCAGGAGGG-GCCUCAUUGCUCACUCCAGCGUAUAUUACAACCAAAUAAUAUGCUCAGCAUAAUGGUCAACAGCCUCUUGACCAAUAAAUCAAAUUUGGCGUUUGCCUA-ACUAUAAA
..((.((((((-((......)))).)))).(.((((((((........)))))))).).))....(((((((.......))))))).............(((....)))..-........ ( -31.10)
>DroYak_CAF1 21711 119 - 1
GAGCAAAAGGG-GCAUCAUUGCUCACUCCAACGUAUAUUACAGCCAAAUAAUAUGCUCAGCAUAAUAGUCAAUAGCCUCUUGACCAAUAAAUCAAAUUUGGCGUUUGCCUAAACUAUAAA
..(((((..((-(((....)))))..................(((((((..(((((...)))))...(((((.......)))))...........))))))).)))))............ ( -25.80)
>consensus
GAGCAAAAGGG_GCAUCAUUGCUCACUCCAACGUAUAUUACAACCAAAUAAUAUGCUCAGCAUAAUGGUCAAUAGCCUCUUGACCAAUAAAUCAAAUUUGGCGUUUGCCUAAACUAUAAA
....................((..((.((((.((((((((........)))))))).........(((((((.......)))))))...........)))).))..))............ (-17.32 = -17.76 +   0.44)

alignment

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