Locus 1334

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	5,153,553 – 5,153,687
Length	134
Max. P	0.932641

overview

Window 9

Location	5,153,553 – 5,153,662
Length	109
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.30
Mean single sequence MFE	-27.09
Consensus MFE	-20.93
Energy contribution	-21.09
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.55
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	1.20
SVM RNA-class probability	0.929533
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5153553 109 + 20766785
GCACG--AG-G-----AUCGGGAACCUA--GACU-UUAUUGAUAAAGGCAUAAUUUAUUUGAACAAUCGACAAAACGCUUUUGUCAAUAAAGCCAGAUAAAUAUCUGGCAUUGUAGCAGC
(((((--(.-.-----............--...(-((((((((((((((.........((((....))))......)))))))))))))))(((((((....))))))).)))).))... ( -30.46)
>DroVir_CAF1 38639 106 + 1
CCACA--AC-AC--------ACAGCGCA--GACUUUUAUUGAUAAGGGCAUAAUUUAUUUGAACAAUCGACAAAACGCUAUUGUCAAUAAAGCCAGAUAAAUAUCUGGCAUUGUAGUUG-
.....--..-..--------.(((((((--(...(((((((((((.(((.........((((....))))......))).)))))))))))(((((((....))))))).)))).))))- ( -27.56)
>DroPse_CAF1 30135 113 + 1
GCACA--AG-GCAAUGGACGGGAA-CUA--GACU-UUAUUGAUAAAGGCAUAAUUUAUUUGAACAAUCGACAAAACGCUUUUGUCAAUAAAGCCAGAUAAAUAUCUGGCAUUGUAGCGGC
((...--..-((((((........-...--..((-((((((((((((((.........((((....))))......))))))))))))))))((((((....))))))))))))....)) ( -31.66)
>DroWil_CAF1 37952 103 + 1
GUAUG--GG-G-----UAAGGG--------AACU-UUAUUGAUAAAGGCAUAAUUUAUUUGAACAAUCGACAAAACGCUAUUGUCAAUAAAGCCAGAUAAAUAUCUGGCAUUGUAGCAGU
.((..--(.-.-----......--------...(-((((((((((.(((.........((((....))))......))).)))))))))))(((((((....))))))).)..))..... ( -23.26)
>DroMoj_CAF1 39624 108 + 1
CAGAAACGC-AC--------AGAGCGCA--GACUUUUAUUGAUAAGGGCAUAAUUUAUUUGAACAAUCGACAAAACGCUAUUGUCAAUAAGGCCAGAUAAAUAUCUUGCAUUGUAUAUA-
.......((-..--------...))(((--(...(((((((((((.(((.........((((....))))......))).)))))))))))((.((((....)))).)).)))).....- ( -19.06)
>DroAna_CAF1 51423 112 + 1
GCAUG--GGAG-----GCCGCCAACCUAGAGACU-UUAUUGAUAAAGGCAUAAUUUAUUUGAACAAUCGACAAAACGCUUUUGUCAAUAAAGCCAGAUAAAUAUCUGGCAUUGUAGCAGC
((..(--(..(-----(...))..)).......(-((((((((((((((.........((((....))))......)))))))))))))))(((((((....)))))))......))... ( -30.56)
>consensus
GCACA__AG_G_______CGGGAACCUA__GACU_UUAUUGAUAAAGGCAUAAUUUAUUUGAACAAUCGACAAAACGCUAUUGUCAAUAAAGCCAGAUAAAUAUCUGGCAUUGUAGCAGC
...................................((((((((((.(((.........((((....))))......))).)))))))))).(((((((....)))))))........... (-20.93 = -21.09 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	5,153,553 – 5,153,662
Length	109
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.30
Mean single sequence MFE	-24.13
Consensus MFE	-16.95
Energy contribution	-17.12
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.76
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	0.48
SVM RNA-class probability	0.752737
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5153553 109 - 20766785
GCUGCUACAAUGCCAGAUAUUUAUCUGGCUUUAUUGACAAAAGCGUUUUGUCGAUUGUUCAAAUAAAUUAUGCCUUUAUCAAUAA-AGUC--UAGGUUCCCGAU-----C-CU--CGUGC
...((.((...(((((((....)))))))((((((((.(((.(((((((((.((....))..)))))..)))).))).)))))))-)...--.(((........-----)-))--.)))) ( -22.90)
>DroVir_CAF1 38639 106 - 1
-CAACUACAAUGCCAGAUAUUUAUCUGGCUUUAUUGACAAUAGCGUUUUGUCGAUUGUUCAAAUAAAUUAUGCCCUUAUCAAUAAAAGUC--UGCGCUGU--------GU-GU--UGUGG
-...((((((((((((((....))))))).......(((.(((((((((((.(((.(..((.........))..)..))).)))))....--.)))))))--------))-))--))))) ( -26.00)
>DroPse_CAF1 30135 113 - 1
GCCGCUACAAUGCCAGAUAUUUAUCUGGCUUUAUUGACAAAAGCGUUUUGUCGAUUGUUCAAAUAAAUUAUGCCUUUAUCAAUAA-AGUC--UAG-UUCCCGUCCAUUGC-CU--UGUGC
...((.((((.(((((((....)))))((((((((((.(((.(((((((((.((....))..)))))..)))).))).)))))))-))).--...-............))-.)--))))) ( -24.50)
>DroWil_CAF1 37952 103 - 1
ACUGCUACAAUGCCAGAUAUUUAUCUGGCUUUAUUGACAAUAGCGUUUUGUCGAUUGUUCAAAUAAAUUAUGCCUUUAUCAAUAA-AGUU--------CCCUUA-----C-CC--CAUAC
...........(((((((....)))))))((((((((.((..(((((((((.((....))..)))))..))))..)).)))))))-)...--------......-----.-..--..... ( -20.30)
>DroMoj_CAF1 39624 108 - 1
-UAUAUACAAUGCAAGAUAUUUAUCUGGCCUUAUUGACAAUAGCGUUUUGUCGAUUGUUCAAAUAAAUUAUGCCCUUAUCAAUAAAAGUC--UGCGCUCU--------GU-GCGUUUCUG
-..........(((....((((((.((..(..((((((((.......)))))))).)..)).))))))..))).............((..--.((((...--------..-))))..)). ( -20.10)
>DroAna_CAF1 51423 112 - 1
GCUGCUACAAUGCCAGAUAUUUAUCUGGCUUUAUUGACAAAAGCGUUUUGUCGAUUGUUCAAAUAAAUUAUGCCUUUAUCAAUAA-AGUCUCUAGGUUGGCGGC-----CUCC--CAUGC
(((((((....(((((((....))))(((((((((((.(((.(((((((((.((....))..)))))..)))).))).)))))))-))))....))))))))))-----....--..... ( -31.00)
>consensus
GCUGCUACAAUGCCAGAUAUUUAUCUGGCUUUAUUGACAAAAGCGUUUUGUCGAUUGUUCAAAUAAAUUAUGCCUUUAUCAAUAA_AGUC__UAGGUUCCCG_______C_CC__CGUGC
...........(((((((....))))))).(((((((.((..(((((((((.((....))..)))))..))))..)).)))))))................................... (-16.95 = -17.12 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	5,153,582 – 5,153,687
Length	105
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.39
Mean single sequence MFE	-24.58
Consensus MFE	-20.23
Energy contribution	-20.56
Covariance contribution	0.33
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.16
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	1.22
SVM RNA-class probability	0.932641
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5153582 105 + 20766785
GAUAAAGGCAUAAUUUAUUUGAACAAUCGACAAAACGCUUUUGUCAAUAAAGCCAGAUAAAUAUCUGGCAUUGUAGCAGCUUUAUGGUCGUUUUU-------UCGUCAUUCC--------
(((.(((((...................((((((.....)))))).((((.(((((((....))))))).))))....)))))...)))......-------..........-------- ( -24.00)
>DroVir_CAF1 38666 88 + 1
GAUAAGGGCAUAAUUUAUUUGAACAAUCGACAAAACGCUAUUGUCAAUAAAGCCAGAUAAAUAUCUGGCAUUGUAGUUG---UAUAUAUAU-----------------------------
......................(((((.(((((.......))))).((((.(((((((....))))))).)))).))))---)........----------------------------- ( -18.40)
>DroPse_CAF1 30168 112 + 1
GAUAAAGGCAUAAUUUAUUUGAACAAUCGACAAAACGCUUUUGUCAAUAAAGCCAGAUAAAUAUCUGGCAUUGUAGCGGCUUUAUGGGCUUUUUCCCUCCCUCCGAUAUUCG--------
(((((((((.........((((....))))......))))))))).((((.(((((((....))))))).))))..(((......(((......))).....))).......-------- ( -27.36)
>DroWil_CAF1 37975 105 + 1
GAUAAAGGCAUAAUUUAUUUGAACAAUCGACAAAACGCUAUUGUCAAUAAAGCCAGAUAAAUAUCUGGCAUUGUAGCAGUUUUAUGUUCUUUCUC-------UCUUCUCAUU--------
((.((((((((((.....(((.(((((.(((((.......)))))......(((((((....))))))))))))..)))..))))).))))).))-------..........-------- ( -24.80)
>DroAna_CAF1 51455 113 + 1
GAUAAAGGCAUAAUUUAUUUGAACAAUCGACAAAACGCUUUUGUCAAUAAAGCCAGAUAAAUAUCUGGCAUUGUAGCAGCUUUAUGGUCGAUUUU-------UUUUCCCUUCGGUUAUAG
(((((((((.........((((....))))......))))))))).((((.(((((((....))))))).))))........((((..(((....-------........)))..)))). ( -26.26)
>DroPer_CAF1 29909 112 + 1
GAUAAAGGCAUAAUUUAUUUGAACAAUCGACAAAACGCUUUUGUCAAUAAAGCCAGAUAAAUAUCUGGCAUUGUAGCGGCUUUAUGGGCUUUUUCCCCCCCUCCGAUAUUCG--------
(((((((((.........((((....))))......))))))))).((((.(((((((....))))))).))))..(((......(((......))).....))).......-------- ( -26.66)
>consensus
GAUAAAGGCAUAAUUUAUUUGAACAAUCGACAAAACGCUUUUGUCAAUAAAGCCAGAUAAAUAUCUGGCAUUGUAGCAGCUUUAUGGUCUUUUUC_______UCGUCAUUCC________
(((((((((.........((((....))))......))))))))).((((.(((((((....))))))).)))).............................................. (-20.23 = -20.56 +   0.33)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	5,153,582 – 5,153,687
Length	105
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.39
Mean single sequence MFE	-23.94
Consensus MFE	-18.13
Energy contribution	-18.49
Covariance contribution	0.36
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-1.91
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	0.92
SVM RNA-class probability	0.882751
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5153582 105 - 20766785
--------GGAAUGACGA-------AAAAACGACCAUAAAGCUGCUACAAUGCCAGAUAUUUAUCUGGCUUUAUUGACAAAAGCGUUUUGUCGAUUGUUCAAAUAAAUUAUGCCUUUAUC
--------.(((..((((-------.((((((.(.(((((((.((......))(((((....)))))))))))).).......)))))).))).)..))).................... ( -22.30)
>DroVir_CAF1 38666 88 - 1
-----------------------------AUAUAUAUA---CAACUACAAUGCCAGAUAUUUAUCUGGCUUUAUUGACAAUAGCGUUUUGUCGAUUGUUCAAAUAAAUUAUGCCCUUAUC
-----------------------------.((((....---.....((((((((((((....))))))).....((((((.......)))))))))))..........))))........ ( -17.51)
>DroPse_CAF1 30168 112 - 1
--------CGAAUAUCGGAGGGAGGGAAAAAGCCCAUAAAGCCGCUACAAUGCCAGAUAUUUAUCUGGCUUUAUUGACAAAAGCGUUUUGUCGAUUGUUCAAAUAAAUUAUGCCUUUAUC
--------.((((((((......(((......)))(((((((.(((.(((((((((((....)))))))...)))).....))))))))))))).))))).................... ( -27.30)
>DroWil_CAF1 37975 105 - 1
--------AAUGAGAAGA-------GAGAAAGAACAUAAAACUGCUACAAUGCCAGAUAUUUAUCUGGCUUUAUUGACAAUAGCGUUUUGUCGAUUGUUCAAAUAAAUUAUGCCUUUAUC
--------..........-------......(((((...............(((((((....)))))))...((((((((.......))))))))))))).................... ( -22.10)
>DroAna_CAF1 51455 113 - 1
CUAUAACCGAAGGGAAAA-------AAAAUCGACCAUAAAGCUGCUACAAUGCCAGAUAUUUAUCUGGCUUUAUUGACAAAAGCGUUUUGUCGAUUGUUCAAAUAAAUUAUGCCUUUAUC
........((((((((..-------..(((((((......(((....(((((((((((....)))))))...)))).....))).....))))))).)))..(((...))).)))))... ( -26.30)
>DroPer_CAF1 29909 112 - 1
--------CGAAUAUCGGAGGGGGGGAAAAAGCCCAUAAAGCCGCUACAAUGCCAGAUAUUUAUCUGGCUUUAUUGACAAAAGCGUUUUGUCGAUUGUUCAAAUAAAUUAUGCCUUUAUC
--------.(((((.(((.....(((......)))......))).......(((((((....)))))))...(((((((((.....)))))))))))))).................... ( -28.10)
>consensus
________CGAAUGACGA_______GAAAAAGACCAUAAAGCUGCUACAAUGCCAGAUAUUUAUCUGGCUUUAUUGACAAAAGCGUUUUGUCGAUUGUUCAAAUAAAUUAUGCCUUUAUC
..................................(((((.......((((((((((((....))))))).....(((((((.....)))))))))))).........)))))........ (-18.13 = -18.49 +   0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

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