Locus 1293

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 5,035,726 – 5,035,914
Length 188
Max. P 0.991805
window2238 window2239 window2240 window2241

overview

Window 8

Location 5,035,726 – 5,035,842
Length 116
Sequences 3
Columns 116
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.70
Mean single sequence MFE -60.10
Consensus MFE -59.15
Energy contribution -58.93
Covariance contribution -0.22
Combinations/Pair 1.02
Mean z-score -3.32
Structure conservation index 0.98
SVM decision value 2.29
SVM RNA-class probability 0.991805
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5035726 116 - 20766785
CAGCGCCGCCAGCGGAUGCGUCUGCAGGUGAUUCUGAUGCUGGUGCACAUGGUACUGGUACUGCGGAUGCAUCUGCUGCUGCACCGACGCCUGGAUGUGCGAGUGUCCCAGCGGCG
...((((((((((((((((((((((((..........(((..((((.....))))..)))))))))))))))))))))..((((((.(((......))))).))))....)))))) ( -59.80)
>DroEre_CAF1 15790 116 - 1
CAGCGCCGCCAGCGGAUGCGUCUGCAGAUGAUUCUGAUGCUGGUGCACAUGGUACUGGUACUGCGGAUGCAUCUGCUGCUGCACCGACGCCUGGAUGUGCGAGUGUCCCAGCGGCG
...((((((((((((((((((((((((..........(((..((((.....))))..)))))))))))))))))))))..((((((.(((......))))).))))....)))))) ( -59.80)
>DroYak_CAF1 15907 116 - 1
CAGCGCCGCCAGCGGAUGUGUCUGCAGAUGGUUCUGGUGCUGGUGCACAUGGUACUGGUACUGCGGAUGCAUCUGCUGCUGCACCGACGCCUGGAUGUGCGAGUGUCCCAGCGGCG
...(((((((((((((((((((((((((....)))(((((..((((.....))))..)))))))))))))))))))))..((((((.(((......))))).))))....)))))) ( -60.70)
>consensus
CAGCGCCGCCAGCGGAUGCGUCUGCAGAUGAUUCUGAUGCUGGUGCACAUGGUACUGGUACUGCGGAUGCAUCUGCUGCUGCACCGACGCCUGGAUGUGCGAGUGUCCCAGCGGCG
...((((((((((((((((((((((((..........(((..((((.....))))..)))))))))))))))))))))..((((((.(((......))))).))))....)))))) (-59.15 = -58.93 +  -0.22)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 9

Location 5,035,766 – 5,035,880
Length 114
Sequences 4
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.87
Mean single sequence MFE -52.25
Consensus MFE -45.55
Energy contribution -45.30
Covariance contribution -0.25
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -2.52
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 2.03
SVM RNA-class probability 0.986241
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5035766 114 - 20766785
CUGGCCAGCGUCCCUCCGAACGGACCGCUCGUGUUGGCCAGCGCCGCCAGCGGAUGCGUCUGCAGGUGAUUCUGAUGCUGGUGCACAUGGUACUGGUACUGCGGAUGCAUCUGC
(((((((((((((........))))(....).)))))))))........((((((((((((((((..........(((..((((.....))))..))))))))))))))))))) ( -54.70)
>DroEre_CAF1 15830 114 - 1
CUGGCCAGCGUUCCGCCAAACGGACCGCUUGUGUUGGCCAGCGCCGCCAGCGGAUGCGUCUGCAGAUGAUUCUGAUGCUGGUGCACAUGGUACUGGUACUGCGGAUGCAUCUGC
((((((((((.((((.....)))).)))......)))))))........((((((((((((((((..........(((..((((.....))))..))))))))))))))))))) ( -56.30)
>DroYak_CAF1 15947 114 - 1
CUGGCCAGCGUUCCUCCGAACGGACCGCUCGUGUUGGCCAGCGCCGCCAGCGGAUGUGUCUGCAGAUGGUUCUGGUGCUGGUGCACAUGGUACUGGUACUGCGGAUGCAUCUGC
(((((((((((((....)))).((....))..)))))))))........(((((((((((((((((....)))(((((..((((.....))))..))))))))))))))))))) ( -55.50)
>DroMoj_CAF1 23232 114 - 1
CUCGCUAGCGUACCGCCAAAUGGGCCGCUCGUAUUUGCCAACGCUGCCAGCGGAUGGGUUUGCAGGUGAUUUUGGUGCGAAUGCACAUGAUAUUGAUACUGCGGAUUCAUCUGC
...((.(((((...(((.....))).((........))..)))))))..((((((((((((((((.((((....((((....)))).....))))...)))))))))))))))) ( -42.50)
>consensus
CUGGCCAGCGUUCCGCCAAACGGACCGCUCGUGUUGGCCAGCGCCGCCAGCGGAUGCGUCUGCAGAUGAUUCUGAUGCUGGUGCACAUGGUACUGGUACUGCGGAUGCAUCUGC
.((((..((((...(((((((((.....)))).)))))..)))).))))(((((((((((((((((....)))(((((((((((.....))))))))))))))))))))))))) (-45.55 = -45.30 +  -0.25)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 0

Location 5,035,804 – 5,035,914
Length 110
Sequences 4
Columns 115
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.93
Mean single sequence MFE -46.30
Consensus MFE -35.11
Energy contribution -36.67
Covariance contribution 1.56
Combinations/Pair 1.13
Mean z-score -2.05
Structure conservation index 0.76
SVM decision value 1.11
SVM RNA-class probability 0.916106
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5035804 110 + 20766785
AUCAGAAUCACCUGCAGACGCAUCCGCUGGCGGCGCUGGCCAACACGAGCGGUCCGUUCGGAGGGACGCUGGCCAGCAGUGCCAGGGACUAUGUGGAUG-----GACUGCAUCAU
............(((((.(.((((((((((((..((((((((......(((..((.......))..)))))))))))..)))))........)))))))-----).))))).... ( -46.40)
>DroEre_CAF1 15868 110 + 1
AUCAGAAUCAUCUGCAGACGCAUCCGCUGGCGGCGCUGGCCAACACAAGCGGUCCGUUUGGCGGAACGCUGGCCAGCAGUGCCAGGGACUAUGUGGAUG-----GACUGCAUCAU
..(((..(((((..((......(((.((((((..((((((((......(((.((((.....)))).)))))))))))..)))))))))...))..))))-----).)))...... ( -50.90)
>DroYak_CAF1 15985 110 + 1
ACCAGAACCAUCUGCAGACACAUCCGCUGGCGGCGCUGGCCAACACGAGCGGUCCGUUCGGAGGAACGCUGGCCAGCAGUGCCAGGGACUAUGUGGAUG-----GACUGCAUCAU
..(((..(((((..((......(((.((((((..((((((((......(((.(((.......))).)))))))))))..)))))))))...))..))))-----).)))...... ( -51.00)
>DroMoj_CAF1 23270 112 + 1
ACCAAAAUCACCUGCAAACCCAUCCGCUGGCAGCGUUGGCAAAUACGAGCGGCCCAUUUGGCGGUACGCUAGCGAGCAGUGCUCGAGA---UGUCCUUGGCGCUGGCUACGAUAC
......(((....((.........(((((((.((....))......(.((.(((.....))).)).))))))))..((((((.((((.---....))))))))))))...))).. ( -36.90)
>consensus
ACCAGAAUCACCUGCAGACGCAUCCGCUGGCGGCGCUGGCCAACACGAGCGGUCCGUUCGGAGGAACGCUGGCCAGCAGUGCCAGGGACUAUGUGGAUG_____GACUGCAUCAU
........((((((((......(((.((((((..(((((((......((((.(((.......))).)))))))))))..)))))))))...))))))))................ (-35.11 = -36.67 +   1.56)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 5,035,804 – 5,035,914
Length 110
Sequences 4
Columns 115
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.93
Mean single sequence MFE -46.00
Consensus MFE -32.25
Energy contribution -33.00
Covariance contribution 0.75
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -1.95
Structure conservation index 0.70
SVM decision value 0.75
SVM RNA-class probability 0.840982
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 5035804 110 - 20766785
AUGAUGCAGUC-----CAUCCACAUAGUCCCUGGCACUGCUGGCCAGCGUCCCUCCGAACGGACCGCUCGUGUUGGCCAGCGCCGCCAGCGGAUGCGUCUGCAGGUGAUUCUGAU
..(((((.((.-----.....))...(((((((((..(((((((((((((((........))))(....).)))))))))))..))))).)))))))))..((((....)))).. ( -47.00)
>DroEre_CAF1 15868 110 - 1
AUGAUGCAGUC-----CAUCCACAUAGUCCCUGGCACUGCUGGCCAGCGUUCCGCCAAACGGACCGCUUGUGUUGGCCAGCGCCGCCAGCGGAUGCGUCUGCAGAUGAUUCUGAU
..(((((.((.-----.....))...(((((((((..((((((((((((.((((.....)))).)))......)))))))))..))))).)))))))))..((((....)))).. ( -49.50)
>DroYak_CAF1 15985 110 - 1
AUGAUGCAGUC-----CAUCCACAUAGUCCCUGGCACUGCUGGCCAGCGUUCCUCCGAACGGACCGCUCGUGUUGGCCAGCGCCGCCAGCGGAUGUGUCUGCAGAUGGUUCUGGU
......(((.(-----((((.(((((.((((((((..(((((((((((((((....)))).((....))..)))))))))))..))))).)))))))).....)))))..))).. ( -49.50)
>DroMoj_CAF1 23270 112 - 1
GUAUCGUAGCCAGCGCCAAGGACA---UCUCGAGCACUGCUCGCUAGCGUACCGCCAAAUGGGCCGCUCGUAUUUGCCAACGCUGCCAGCGGAUGGGUUUGCAGGUGAUUUUGGU
..............(((((((.((---((((((((.(((((.((.(((((...(((.....))).((........))..))))))).)))))....))))).))))).))))))) ( -38.00)
>consensus
AUGAUGCAGUC_____CAUCCACAUAGUCCCUGGCACUGCUGGCCAGCGUUCCGCCAAACGGACCGCUCGUGUUGGCCAGCGCCGCCAGCGGAUGCGUCUGCAGAUGAUUCUGAU
..((((((...................((((((((..((((((((((((.(((.......))).))))......))))))))..))))).)))))))))..((((....)))).. (-32.25 = -33.00 +   0.75)

alignment

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