Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 5,021,698 – 5,021,818 |
Length | 120 |
Max. P | 0.810556 |
Location | 5,021,698 – 5,021,818 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 95.33 |
Mean single sequence MFE | -53.35 |
Consensus MFE | -44.48 |
Energy contribution | -45.82 |
Covariance contribution | 1.33 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -2.14 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | 0.65 |
SVM RNA-class probability | 0.810556 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 5021698 120 - 20766785 CUUGGAUAGUCCAUGGCAUGGGCCAUCGGUGGUCUGCUGGCGCUCCGGCUGCGAUGGUGACCCGCUCCGGCCGGACUGGUUGGCUCAUCCAUGUCGCGGUAGUAUGGACUGCCCAUUGCU ..(((.(((((((((((((((((((....))))..((..((..((((((((.(((((....))).))))))))))...))..))....)))))))((....)))))))))).)))..... ( -53.70) >DroVir_CAF1 3315 120 - 1 CUUGGAUAGUCCAUGGCAUGUGACAUCGGUGGUCUGCUGGCACUGCGGCUGCGAUGGUGUCCCGCACCGGCGGGACUUGUUGGCUCAUCCAUGUCGCGGUAGUAUGGACUGCCCAUUGCU ..(((.(((((((((((.((((((((.(((((...((..((((((((....)).))))(((((((....)))))))..))..))))))).))))))))))..))))))))).)))..... ( -53.50) >DroGri_CAF1 2515 120 - 1 CUUGGAUAGUCCAUGGCAUGUGACAUCGGUGGUCUGCUGGCGCUGCGGCUGCGAUGGUGUCCCGCACCGGCGGGACUUGUUGGCUCAUCCAUGUCGCGGUAGUAUGGACUGCCCAUUGCU ..(((.(((((((((((.((((((((.(((((...((..((((((((....)).))))(((((((....)))))))..))..))))))).))))))))))..))))))))).)))..... ( -53.80) >DroWil_CAF1 11178 120 - 1 CUUGGAUAGUCCAUGGCAUGUGACAUCGGUGGUCUGCUGGCACUUCGACUGCGAUGGUGUCCCGCUCCGGCGGGACUUGUUGGCUCAUCCAUGUCGCGGUAGUAUGGACUGCCCAUUGCU ..(((.(((((((((((.((((((((.(((((...((..((((((((....))).)))(((((((....)))))))..))..))))))).))))))))))..))))))))).)))..... ( -54.60) >DroMoj_CAF1 3407 120 - 1 CUUGGAUAGUCCAUGGCAUGUGACAUCGGUGGUCUGCUGGCGCUACGGCUGCGAUGAUGUCCCGCCCCGGCGGGACUUGUUGGCUCAUCCAUGUCGCGGUAGUAUGGACUGCCCAUUGCU ..(((.(((((((((((.((((((((.(((((...((..((((....)).........(((((((....)))))))..))..))))))).))))))))))..))))))))).)))..... ( -57.20) >DroAna_CAF1 2108 120 - 1 CUUGGAUAGUCCAUGGCAUGGGCCAUCGGUGGUCUGCUGGCACUCCGACUGCGAUGGUGACCCGCUCCGGCAGGACUUGUUGGCUCAUCCAUGUCGCGGUAGUAUGGACUGCCCAUUGCU ..(((.(((((((((((((((((((.(((.(..(((((((..........(((..(....).))).)))))))..)))).))))....)))))))((....)))))))))).)))..... ( -47.30) >consensus CUUGGAUAGUCCAUGGCAUGUGACAUCGGUGGUCUGCUGGCACUCCGGCUGCGAUGGUGUCCCGCUCCGGCGGGACUUGUUGGCUCAUCCAUGUCGCGGUAGUAUGGACUGCCCAUUGCU ..(((.(((((((((((.((((((((.(((((...((..((....((....)).....(((((((....)))))))..))..))))))).))))))))))..))))))))).)))..... (-44.48 = -45.82 + 1.33)
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