Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,388,122 – 1,388,349 |
Length | 227 |
Max. P | 0.939303 |
Location | 1,388,122 – 1,388,232 |
---|---|
Length | 110 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 86.49 |
Mean single sequence MFE | -31.40 |
Consensus MFE | -21.80 |
Energy contribution | -22.84 |
Covariance contribution | 1.04 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -2.09 |
Structure conservation index | 0.69 |
SVM decision value | 0.45 |
SVM RNA-class probability | 0.741684 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 1388122 110 + 20766785 UUGUUAUGUUUGUUUUAAUGCGACGACGUACGCGUUUAUAAUGCCCUAUUAUGAGAGUGUGGCAGCUU--CAGUCGCAG------UGGCCGCAGCUGC--AGAUGUUAUAAAAUAAACAA ......(((((((((((.((((((((((....)))).....((((.((((.....)))).))))....--..))))))(------..((....))..)--........))))))))))). ( -33.30) >DroSec_CAF1 15122 103 + 1 UUGUUAUGUUUGUUUUAAUGCGACGACGUACGCGUUUAUAAUGCCCUAUUAUGAGACUGUGGCAGCUU--CAGUCGCAG---------------CUGCAGAGAUGUUAUAAAAUAAACAA ......((((((((((((((((........)))))((((((((...))))))))..(((..((.((..--.....)).)---------------)..)))........))))))))))). ( -26.10) >DroSim_CAF1 19872 103 + 1 UUGUUAUGUUUGUUUUAAUGCGACGACGUACGCGUUUAUAAUGCCCUAUUAUGAGAGUGUGGCAGAUU--CAGUCGCAG---------------CUGCAGAGAUGUUAUAAAAUAAACAA ......(((((((((((.((((((((((....)))).....((((.((((.....)))).))))....--..)))))).---------------..(((....)))..))))))))))). ( -28.10) >DroEre_CAF1 13211 118 + 1 UUGUUAUGUUUGUUUUAAUGCGACGACGUACGCGUUUAUAAUGCCCUAUUAUGAGCUUCAGUCGCAUUCGCAGUCGCAGUCGCAGUCGCCGCAGCUGC--AGAUGUUAUAAAAUAAACAA ......(((((((((((.(((((((((......((((((((((...))))))))))....)))((....)).))))))((((((((.......)))))--.)))....))))))))))). ( -36.90) >DroYak_CAF1 11038 116 + 1 UUGUUAUGUUUGUUUUAAUGCGACGACGUACGCGCUUAUAAUGCCCUAUUAUGAGAGUGUGGCAGAUU--CAGUCGCAGUUACAUUCGCCGCAGCUGC--AGAUGUUAUAAAAUAAACAA ......(((((((((((.((((((((.((((((.(((((((((...))))))))).)))).))....)--).))))))...((((..((.......))--..))))..))))))))))). ( -32.60) >consensus UUGUUAUGUUUGUUUUAAUGCGACGACGUACGCGUUUAUAAUGCCCUAUUAUGAGAGUGUGGCAGAUU__CAGUCGCAG______U_GCCGCAGCUGC__AGAUGUUAUAAAAUAAACAA ......(((((((((((.((((((((((....)))).....((((.((((.....)))).))))........))))))................((....))......))))))))))). (-21.80 = -22.84 + 1.04)
Location | 1,388,232 – 1,388,349 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 91.86 |
Mean single sequence MFE | -43.00 |
Consensus MFE | -32.59 |
Energy contribution | -32.43 |
Covariance contribution | -0.16 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -2.54 |
Structure conservation index | 0.76 |
SVM decision value | 1.30 |
SVM RNA-class probability | 0.939303 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 1388232 117 - 20766785 GCGGCAGCAACUGUUCUUGCCGCAACCUGCAUUAG---CCCGAACGGCCGUUGCGGUGGGGCAAUAACGUUAAUUACAAGUUAUUGGCAUUUGCUAGCGCAAUUCCUGCCCGCCUAUAAU ((((((((((.((((((..(((((((..((....)---)((....))..)))))))..)))(((((((...........)))))))))).))))).))(((.....))).)))....... ( -39.90) >DroSec_CAF1 15225 120 - 1 GCGGCAGCAACUGUUCUUGCCGCAACCUGCUUUAGCAACCCCAACGGUCGUUGCGGUGGGGCAAUAACGUUAAUUACAAGUUAUUGGCAUUUGCUAGCGCAAUUGCUGGCCGUCUAUAAU ((((((((((.((((((..(((((((.(((....)))(((.....))).)))))))..)))(((((((...........)))))))))).)))))((((....)))).)))))....... ( -44.30) >DroSim_CAF1 19975 120 - 1 GCGGCAGCAACUGUUCUUGCCGCAACCUGCAUUAGCAGCCCGAACGGUCGUUGCGGUGGGGCAAUGACGUUAAUUACAAGUUAUUGGCAUUUGCUAGCGCAAUUGCUGGCCGUCUAUAAU ((((((((((.((((((..(((((((((((....)))).((....))..)))))))..)))(((((((...........)))))))))).)))))((((....)))).)))))....... ( -46.50) >DroEre_CAF1 13329 116 - 1 GCGGCAGCCACUGUUCUUGCCGCAAGCUGCAUUAG---CCCG-ACGGCCGUUGCGGUGGGCCAAUAACGUUAAUUACAAGUUAUUGGCGUUUGCUGGCGCAAUUACUCCCCGACUAUAAU (((.((((((((((....(((((..((((...)))---)..)-.))))....)))))).(((((((((...........)))))))))....)))).))).................... ( -43.00) >DroYak_CAF1 11154 117 - 1 GCGGCAGCAACUGUUCUUGCCGCAACAUGCAUUAG---CCCGAACGGUCGUUGCGGUGGGGCAAUAACGUUAAUUACAAGUUAUUGGCAUUUGCUAGCGCAAUUCCUCCCCGCCUAUUAU ...(((((.(((((((..((.((.....))....)---)..))))))).)))))((((((((((((((...........)))))))....((((....)))).....)))))))...... ( -41.30) >consensus GCGGCAGCAACUGUUCUUGCCGCAACCUGCAUUAG___CCCGAACGGUCGUUGCGGUGGGGCAAUAACGUUAAUUACAAGUUAUUGGCAUUUGCUAGCGCAAUUCCUGCCCGCCUAUAAU (((..(((((.(((.((..(((((((..((................)).)))))))..)).(((((((...........)))))))))).)))))..))).................... (-32.59 = -32.43 + -0.16)
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