Locus 1247

Window 2

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4882116 103 + 20766785
CAUGAGCAGUAACAAACAGGCGGUGGCAAUUAUUGUCCAGCGGGCACGCUGAGACAGAUCAUGAGGAUCGAUCACCUAGCGG---GA---UAAAUGAAUU-----AUAAAUUAU
.....((.((.....))....((((((......(((((((((....))))).))))((((.....))))).)))))..))..---..---..........-----......... ( -25.40)
>DroEre_CAF1 29653 103 + 1
CAUGAGCAGCAACAAACAGGCGGUGGCAAUUAUUGUCCAGCGGGCACGCUGGGACAGAUCAUGAGGAUCGAUCACCUGGAAG---GA---UAUAUGCCAU-----GAAUGUUGG
((((.(((........((((.(((.........(((((((((....)))).)))))((((.....)))).))).))))....---..---....))))))-----)........ ( -32.67)
>DroWil_CAF1 23179 103 + 1
CAUGAGCAACAAUAGGCAGGCAGUUGCAAUUAUUGUCCAGCGUGCACGCUGGGAGAGAUCUUGUGGAUCCAUUACCUAAUAA----A---AAAAAACCAUAC---AAAAAUUA-
.(((.(((((............)))))..(((((((((((((....))))))).(.((((.....)))))......))))))----.---.......)))..---........- ( -22.30)
>DroYak_CAF1 34077 103 + 1
CAUGAGCAGUAACAAACAGGCGGUGGCAAUUAUUGUCCAGCGGGCACGCUGAGACAGAUCAUGAGGAUCGAUCACCUGGAAG---GA---UGUAUACCAU-----AAAUGUUUU
...(((((........((((.(((.........(((((((((....))))).))))((((.....)))).))).))))...(---(.---......))..-----...))))). ( -28.40)
>DroMoj_CAF1 63267 109 + 1
CAUCAGCAACAAAAGGCAGGCAGUUGCAAUGAUUGUCCAGCGUGCGCGUUGCGAGAGAUCAUGUGGAUCGAUCACCUGUGAGGGGAAUGGAAUAUACUACA-GUUAU----AAA
.....(((((............))))).((((((.(((((((....))))).))..))))))((((.((.((..(((....)))..)).)).....)))).-.....----... ( -25.30)
>DroAna_CAF1 15767 103 + 1
CAUGAGCAACAGCAGGCAGGCGGUGGCAAUUAUUGUCCAGCGUGCACGCUGUGACAGAUCGUGAGGAUCGAUCACCUAGUGG---AU---UAUAGACCAA-----UUAGCUAGG
.....(..(((((..(((.((.(.((((.....))))).)).)))..)))))..).(((((.......))))).((((((.(---((---(.......))-----)).)))))) ( -33.70)
>consensus
CAUGAGCAACAACAAACAGGCGGUGGCAAUUAUUGUCCAGCGGGCACGCUGAGACAGAUCAUGAGGAUCGAUCACCUAGAAG___GA___UAUAUACCAU_____AAAAAUUAG
.................(((.(((.........(((((((((....))))).))))((((.....)))).))).)))..................................... (-18.96 = -19.10 +   0.14) 

Postscript

Postscript

Postscript

Window 3

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4882116 103 - 20766785
AUAAUUUAU-----AAUUCAUUUA---UC---CCGCUAGGUGAUCGAUCCUCAUGAUCUGUCUCAGCGUGCCCGCUGGACAAUAAUUGCCACCGCCUGUUUGUUACUGCUCAUG
.........-----..........---..---....((((((...((((.....))))((((.(((((....)))))))))...........))))))................ ( -21.90)
>DroEre_CAF1 29653 103 - 1
CCAACAUUC-----AUGGCAUAUA---UC---CUUCCAGGUGAUCGAUCCUCAUGAUCUGUCCCAGCGUGCCCGCUGGACAAUAAUUGCCACCGCCUGUUUGUUGCUGCUCAUG
.(((((..(-----(.(((.....---..---......((((...((((.....))))(((((.((((....)))))))))........)))))))))..)))))......... ( -28.91)
>DroWil_CAF1 23179 103 - 1
-UAAUUUUU---GUAUGGUUUUUU---U----UUAUUAGGUAAUGGAUCCACAAGAUCUCUCCCAGCGUGCACGCUGGACAAUAAUUGCAACUGCCUGCCUAUUGUUGCUCAUG
-.((((.((---((..........---.----............(((((.....)))))...((((((....)))))))))).))))(((((............)))))..... ( -22.30)
>DroYak_CAF1 34077 103 - 1
AAAACAUUU-----AUGGUAUACA---UC---CUUCCAGGUGAUCGAUCCUCAUGAUCUGUCUCAGCGUGCCCGCUGGACAAUAAUUGCCACCGCCUGUUUGUUACUGCUCAUG
........(-----((((((.(((---..---....((((((...((((.....))))((((.(((((....)))))))))...........))))))..)))...))).)))) ( -26.30)
>DroMoj_CAF1 63267 109 - 1
UUU----AUAAC-UGUAGUAUAUUCCAUUCCCCUCACAGGUGAUCGAUCCACAUGAUCUCUCGCAACGCGCACGCUGGACAAUCAUUGCAACUGCCUGCCUUUUGUUGCUGAUG
...----.....-..........((((............((((..((((.....))))..))))...((....))))))..((((..(((((............))))))))). ( -18.90)
>DroAna_CAF1 15767 103 - 1
CCUAGCUAA-----UUGGUCUAUA---AU---CCACUAGGUGAUCGAUCCUCACGAUCUGUCACAGCGUGCACGCUGGACAAUAAUUGCCACCGCCUGCCUGCUGUUGCUCAUG
(((((....-----.(((......---..---)))))))).(((((.......))))).((.((((((.(((.(((((.((.....)))))..)).))).)))))).))..... ( -29.30)
>consensus
AUAACAUAU_____AUGGUAUAUA___UC___CUACCAGGUGAUCGAUCCUCAUGAUCUGUCCCAGCGUGCACGCUGGACAAUAAUUGCCACCGCCUGCCUGUUGCUGCUCAUG
....................................((((((...((((.....))))((((.(((((....)))))))))...........))))))................ (-20.18 = -20.07 +  -0.11) 

Postscript

Postscript

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:59:58 2006