Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,832,143 – 4,832,248 |
Length | 105 |
Max. P | 0.545120 |
Location | 4,832,143 – 4,832,248 |
---|---|
Length | 105 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 84.16 |
Mean single sequence MFE | -38.34 |
Consensus MFE | -26.52 |
Energy contribution | -26.96 |
Covariance contribution | 0.44 |
Combinations/Pair | 1.04 |
Mean z-score | -1.65 |
Structure conservation index | 0.69 |
SVM decision value | 0.02 |
SVM RNA-class probability | 0.545120 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 4832143 105 + 20766785 AGCCCCAGAGGUCGGUGGUUCAGCUGGCUCUUAGGGUGGUUGCACCGCCAAGUCGAUUGCUAUUGCGAUUGCGAUUGCAGGUG---------------UUGCAGGUGGUAUAUAUUGUGG .(((((...((((((((((.((((((.((....)).)))))).))))))..(.(((((((....))))))))))))((((...---------------)))).)).)))........... ( -36.30) >DroSec_CAF1 2717 105 + 1 AGCCCCAGAGGUCGGUGGUUCAGCUAGCUCUUAGGGUGGUUGCACCGCCAAGUCGAUUGCUAUUGCUAUUGCGAUUGCAGGUG---------------UUGCAGGUGGUAUAUAUUGUGG .(((((.......((((((.((((((.((....)).)))))).))))))..((((.((((.(((((....))))).)))).))---------------..)).)).)))........... ( -35.40) >DroSim_CAF1 3169 120 + 1 AGCCCCAGAGGUCGGUGGUUCAGCUGGCUCUUAGGGUGGUUGCACCGCCAAGUCGAUUGCUAUUGCUAUUGCUAUUGCGAUUGCGAUUUCUAUUGCGAUUGCAGGUGGUAUAUAUUGUGG .((((.((..((((((......))))))..)).))))......((((((.((.((((.((....)).))))))..((((((((((((....))))))))))))))))))........... ( -45.40) >DroEre_CAF1 8089 96 + 1 AGCCCCAGAGGUCGGUGGUUCAGCUGGCUCUUUGGGUGGUUGCACCGCCGAGUCGAUUGCUAUUGCUA------------------------UUGCUAUUGCAGGUGGUAUAUAUUGUGG .(((((...((((((((((.((((((.((....)).)))))).)))))))).))...(((....((..------------------------..))....))))).)))........... ( -33.20) >DroYak_CAF1 3856 114 + 1 AGCCCCAGAGGUCGGUGGUUCAGCUGGCUCUUAGGGUGGUUGCACCGCCGAGUCGAUUGCUGUUGCUAUUGCUAUUGCUAUGG------CUAUUGCUAUUGCAGGUGGUAUAUAUUGUGG .(((((...((.(((((((.((((((((((....(((((.....)))))))))))...))))..)))))))))..(((.((((------(....))))).))))).)))........... ( -41.40) >consensus AGCCCCAGAGGUCGGUGGUUCAGCUGGCUCUUAGGGUGGUUGCACCGCCAAGUCGAUUGCUAUUGCUAUUGCGAUUGCAAGUG_________UUGC_AUUGCAGGUGGUAUAUAUUGUGG .(((((.......((((((.((((((.((....)).)))))).))))))....((((.((....)).))))................................)).)))........... (-26.52 = -26.96 + 0.44)
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