Locus 1222

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 4,831,972 – 4,832,084
Length 112
Max. P 0.539892
window2126

overview

Window 6

Location 4,831,972 – 4,832,084
Length 112
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.98
Mean single sequence MFE -36.43
Consensus MFE -27.31
Energy contribution -28.09
Covariance contribution 0.78
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -1.95
Structure conservation index 0.75
SVM decision value 0.01
SVM RNA-class probability 0.539892
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4831972 112 + 20766785
GCGCUCCAUGCGGUAGUAGUACUGCCGGGGGUAUCUAUGGUAGUAAUGUGCAAUUGUGGUGCUGGUAUGUGGUUAUGUGG----AGUGGAUCA---AUCGGGGGAGCU-AUCGGGAGCUA
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>DroPse_CAF1 3864 120 + 1
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>DroSec_CAF1 2546 112 + 1
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>DroWil_CAF1 156617 96 + 1
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>DroYak_CAF1 3683 111 + 1
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>DroPer_CAF1 7763 120 + 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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