Locus 1220

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	4,830,893 – 4,830,985
Length	92
Max. P	0.775475

overview

Window 3

Location	4,830,893 – 4,830,985
Length	92
Sequences	6
Columns	104
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.80
Mean single sequence MFE	-43.28
Consensus MFE	-32.15
Energy contribution	-32.68
Covariance contribution	0.53
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-2.09
Structure conservation index	0.74
SVM decision value	0.31
SVM RNA-class probability	0.684704
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4830893 92 + 20766785
GGAUG---------CAUUGGGCGCUGAUGAGGGGCCACCGUUGGAUUGGGCAUAUCGUCCACAUCGAUGAACUGAAUGGGCGAUGUGCUCCCGCCCAAC---GA
.....---------.....(((.((.....)).)))..((((((...((((((((((((((..(((......))).))))))))))))))....)))))---). ( -39.10)
>DroPse_CAF1 2800 104 + 1
GGGUGGGUGUGCAUCGUCGGGCGUUGGGCGGCGACGACCGUCGGGUUGGGCACAUCGUCCACAUCGAUGAACUGAAUGGGGGAUGUGCUCCCUCCCAACGUCGA
.((((......))))....(((((((((.((((((....))))....(((((((((.((((..(((......))).)))).))))))))))).))))))))).. ( -47.80)
>DroSim_CAF1 815 92 + 1
GGAUG---------CAUUGGGCGCUGAUGCGGGGCCACCGUCGGAUUGGGCAUAUCGUCCAUGUCGAUGAACUGAAUGGGCGAUGUGCUCCCGCCCAAC---GA
.....---------..(((((((((((((.(......)))))))...(((((((((((((((.(((......)))))))))))))))))).))))))).---.. ( -43.00)
>DroEre_CAF1 6797 92 + 1
GGAUG---------CAUUGGGCGCUGAUGCGGGGCCACCGUCGGAUUGGGCAUAUCGUCCACGUCGAUGAACUGAAUGGGCGAUGUGCUCCCGCCCAAC---GA
.....---------..(((((((((((((.(......)))))))...((((((((((((((..(((......))).)))))))))))))).))))))).---.. ( -41.70)
>DroYak_CAF1 2589 92 + 1
GGAUG---------CAUAGGGCGCUGAUGCGGGGCCACCGUCGGAUUGGGCAUAUCGUCCACGUCGAUGAACUGAAUGGGCGAUGUGCUCCCGCCCAAC---GA
.....---------....(((((((((((.(......)))))))...((((((((((((((..(((......))).)))))))))))))).)))))...---.. ( -40.30)
>DroPer_CAF1 6687 104 + 1
GGGUGGGUGUGCAUCGUCGGGCGUUGGGCGGCGACGACCGUCGGGUUGGGCACAUCGUCCACAUCGAUGAACUGAAUGGGGGAUGUGCUCCCUCCCAACGUCGA
.((((......))))....(((((((((.((((((....))))....(((((((((.((((..(((......))).)))).))))))))))).))))))))).. ( -47.80)
>consensus
GGAUG_________CAUUGGGCGCUGAUGCGGGGCCACCGUCGGAUUGGGCAUAUCGUCCACAUCGAUGAACUGAAUGGGCGAUGUGCUCCCGCCCAAC___GA
..................(((((((((((.(......)))))))...((((((((((((((..(((......))).)))))))))))))).)))))........ (-32.15 = -32.68 +   0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	4,830,893 – 4,830,985
Length	92
Sequences	6
Columns	104
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.80
Mean single sequence MFE	-36.37
Consensus MFE	-29.62
Energy contribution	-29.60
Covariance contribution	-0.02
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-1.96
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	0.54
SVM RNA-class probability	0.775475
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4830893 92 - 20766785
UC---GUUGGGCGGGAGCACAUCGCCCAUUCAGUUCAUCGAUGUGGACGAUAUGCCCAAUCCAACGGUGGCCCCUCAUCAGCGCCCAAUG---------CAUCC
.(---((((((((((.(((.((((.((((((........)).)))).)))).)))))........(((((....)))))..)))))))))---------..... ( -34.40)
>DroPse_CAF1 2800 104 - 1
UCGACGUUGGGAGGGAGCACAUCCCCCAUUCAGUUCAUCGAUGUGGACGAUGUGCCCAACCCGACGGUCGUCGCCGCCCAACGCCCGACGAUGCACACCCACCC
....(((((((..((.(((((((..((((((........)).))))..)))))))))..)))))))(((((((..((.....)).)))))))............ ( -41.80)
>DroSim_CAF1 815 92 - 1
UC---GUUGGGCGGGAGCACAUCGCCCAUUCAGUUCAUCGACAUGGACGAUAUGCCCAAUCCGACGGUGGCCCCGCAUCAGCGCCCAAUG---------CAUCC
.(---((((((((((.(((.((((.((((((........)).)))).)))).))))).....((..(((....))).))..)))))))))---------..... ( -34.50)
>DroEre_CAF1 6797 92 - 1
UC---GUUGGGCGGGAGCACAUCGCCCAUUCAGUUCAUCGACGUGGACGAUAUGCCCAAUCCGACGGUGGCCCCGCAUCAGCGCCCAAUG---------CAUCC
.(---((((((((((.(((.((((.((((((........)).)))).)))).))))).....((..(((....))).))..)))))))))---------..... ( -34.50)
>DroYak_CAF1 2589 92 - 1
UC---GUUGGGCGGGAGCACAUCGCCCAUUCAGUUCAUCGACGUGGACGAUAUGCCCAAUCCGACGGUGGCCCCGCAUCAGCGCCCUAUG---------CAUCC
.(---((((((..((.(((.((((.((((((........)).)))).)))).)))))..)))))))((((...(((....)))..)))).---------..... ( -31.20)
>DroPer_CAF1 6687 104 - 1
UCGACGUUGGGAGGGAGCACAUCCCCCAUUCAGUUCAUCGAUGUGGACGAUGUGCCCAACCCGACGGUCGUCGCCGCCCAACGCCCGACGAUGCACACCCACCC
....(((((((..((.(((((((..((((((........)).))))..)))))))))..)))))))(((((((..((.....)).)))))))............ ( -41.80)
>consensus
UC___GUUGGGCGGGAGCACAUCGCCCAUUCAGUUCAUCGACGUGGACGAUAUGCCCAAUCCGACGGUGGCCCCGCAUCAGCGCCCAAUG_________CAUCC
.....((((((((((.(((.((((.((((((........)).)))).)))).)))))........((((......))))..))))))))............... (-29.62 = -29.60 +  -0.02)

alignment

secondary structure

dotplot

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