Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,384,487 – 1,384,606 |
Length | 119 |
Max. P | 0.578117 |
Location | 1,384,487 – 1,384,606 |
---|---|
Length | 119 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 89.36 |
Mean single sequence MFE | -36.80 |
Consensus MFE | -28.86 |
Energy contribution | -29.54 |
Covariance contribution | 0.68 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -1.48 |
Structure conservation index | 0.78 |
SVM decision value | 0.09 |
SVM RNA-class probability | 0.578117 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 1384487 119 - 20766785 GAGACGAAAAGUUGAUUUGGCAUUGGUGCGUAUGAGCAAUGCGUCCGUGUGCUUGUCAAUUAGGGCUGG-UUGUGCAACGAACAACGCAGCUUACCAGCUGGUAAGCAAUCGAUUUCCAG (((((((..(((((((..((((((((.((((((.....))))))))).))))).)))))))...((..(-((((.......))))))).(((((((....)))))))..))).))))... ( -40.40) >DroSec_CAF1 11717 118 - 1 GAGACGAAAAGUUGAUUUGGCAUCGGUGCGUAUGAGCAAUGCGUCCGUGUGC-UGUCAAAUAGGGCUGG-UUGUGCAACGAACAACGCAGCUUACCAGCUUGUAAGCAAUCGAUUUCGAG (((((((....(((((..((((((((.((((((.....))))))))).))))-))))))...(((((((-(...((..((.....))..))..))))))))........))).))))... ( -38.90) >DroSim_CAF1 16404 119 - 1 GAGACGAAAAGUUGAUUUGGCAUCGGUGCGUAUGAGCAAUGCGUCCGUGUGCUUGUCAAUUAGGGCUGG-UUGUGCAACGAAGAACGCAGCUUACCAGCUUGUAAGCAAUCGAUUUCGAG (((((((..(((((((..((((((((.((((((.....))))))))).))))).))))))).(((((((-(...((..((.....))..))..))))))))........))).))))... ( -42.00) >DroEre_CAF1 9511 116 - 1 GAGACGAAAAGUUGAUUUGGCAUCGGUGCGUAUGAGCAAUGCGUCCGUCUGCUUGUCAAUUAG-GCUGGUUUGUGCAU---AGAACGCAGCUUACAAGCUUGUAAGCAAUCGAUUUGUAC ....(((..(((((((..((((.(((.((((((.....)))))))))..)))).)))))))((-((((((((......---.)))).))))))....(((....)))..)))........ ( -34.00) >DroYak_CAF1 7758 117 - 1 UAGACGAAAAGUUUAUUUGGCAUCGGUGCGUAUGAGUAAUGCGUCCGUCUGCUGACCAAUUAGGGCUGGUUUGUGCAU---GUAACGCAGUUUACAAGAUUGUAAGCAAUCGAUUUGUAA (((((.....))))).(..(((.(((.((((((.....)))))))))..)))..)((.....))(((((((.......---..))).))))(((((((((((....)))))...)))))) ( -28.70) >consensus GAGACGAAAAGUUGAUUUGGCAUCGGUGCGUAUGAGCAAUGCGUCCGUGUGCUUGUCAAUUAGGGCUGG_UUGUGCAACGAACAACGCAGCUUACCAGCUUGUAAGCAAUCGAUUUCGAG (((((((..(((((((..((((((((.((((((.....))))))))).))))).))))))).(.((......)).).............((((((......))))))..))).))))... (-28.86 = -29.54 + 0.68)
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