Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,382,233 – 1,382,353 |
Length | 120 |
Max. P | 0.947438 |
Location | 1,382,233 – 1,382,353 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 94.78 |
Mean single sequence MFE | -36.00 |
Consensus MFE | -30.52 |
Energy contribution | -30.76 |
Covariance contribution | 0.24 |
Combinations/Pair | 1.08 |
Mean z-score | -1.80 |
Structure conservation index | 0.85 |
SVM decision value | 1.37 |
SVM RNA-class probability | 0.947438 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 1382233 120 - 20766785 AAAAAUUUUAUUGCAUACAUUUAGCCCGUCAGCGUAAUUUCUCUUUUUUUUGGGGAGAUUGGGGACGUUGCGCGUUGUGCGAAGUUUAUUUGCUUUCGGGACGCCCUGACGAAUGUGCAU ...........(((..(((((.....((((((.(((((.(((((..((((....))))..))))).)))))(((((.((.(((((......))))))).))))).)))))))))))))). ( -35.30) >DroSec_CAF1 9542 118 - 1 AAAAAUUUUAUUGCAUACAUUUAGCCCGUCAGCGUAAUUUCUCUUUU--UUCGGGAGAUUGGGGACGUUGCGCGUUGUGCGAAGUUUAUUUGCUGUCGGGACGCGCUGACGAAUGUGCAU ...........(((..(((((.....((((((((((((.(((((...--.((....))..))))).)))))(((((.((...(((......)))..)).)))))))))))))))))))). ( -39.20) >DroSim_CAF1 14230 118 - 1 AAAAAUUUUAUUGCAUACAUUUAGCCCGUCAGCGUAAUUUCUCUUUU--UUCGGGAGAUUGGGGACGUUGCGCGUUGUGCGAAGUUUAUUUGCUGUCGGGACUCGCUGACGAAUGUGCAU ...........((((((.......((((.((((((((((((((....--...))))))))).((((.((((((...)))))).))))...))))).))))..(((....))).)))))). ( -37.10) >DroEre_CAF1 7334 117 - 1 AAAAAUUUUAUUGCAUACAUUUAGCCCGUCAGCGUAAUUUCUCUUU---UUCGGGAGAUUGGGGACGUUGCGCGUUGCGUGAAGUUUAUUUGCUGUCGGGACGCUCUGACGAAUGUGCAU ...........(((..(((((.....((((((.(((((.(((((..---.((....))..))))).)))))(((((.((...(((......)))..)).))))).)))))))))))))). ( -36.80) >DroYak_CAF1 5695 118 - 1 AAAAAUUUUAUUGCAUACAUUUAGUCCGUCAGCGUAAUUUCUCUUUU--UUCGGGAGCUUGGGGACGUUGCGCGUUGUGUGAAGUUUAUUUUCUGCCGAGACGCUCUGACGAAUGUGCAU ...........((((((...((((..((((.(((((((.(((((...--..(....)...))))).))))))).(((.((((((.....)))).)))))))))..))))....)))))). ( -31.60) >consensus AAAAAUUUUAUUGCAUACAUUUAGCCCGUCAGCGUAAUUUCUCUUUU__UUCGGGAGAUUGGGGACGUUGCGCGUUGUGCGAAGUUUAUUUGCUGUCGGGACGCGCUGACGAAUGUGCAU ...........((((((...((((((((.((((((((((((((.........))))))))).((((.((((((...)))))).))))...))))).)))).....))))....)))))). (-30.52 = -30.76 + 0.24)
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