Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,686,115 – 4,686,235 |
Length | 120 |
Max. P | 0.622125 |
Location | 4,686,115 – 4,686,235 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.28 |
Mean single sequence MFE | -47.37 |
Consensus MFE | -35.46 |
Energy contribution | -35.05 |
Covariance contribution | -0.41 |
Combinations/Pair | 1.38 |
Mean z-score | -1.21 |
Structure conservation index | 0.75 |
SVM decision value | 0.18 |
SVM RNA-class probability | 0.622125 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 4686115 120 - 20766785 AUUGGUGCUGCGGGCCAUUAUUGAAGAAGGCGAGCUGCAAGUGGCUCAGCAAAUGCAAGCAUUGGCUUUGGAUGAGGCUGCGCUGUGCCGCCACUUACUGGUGGCACUGUAUACGCCCUC ...((((..(((((((.(((((...((((.(((((((((..((......))..))).))).))).)))).))))))))).))).(((((((((.....)))))))))......))))... ( -47.20) >DroVir_CAF1 6954 120 - 1 UUUGGUGCUGCGCGCCAUCAUCGAAGAGGGUGAGCUGCAUGUGGCUCAACAAAUGCAGGCAUUGGCCUUGGAUGAGGCGGCGCUCUGUCGCCAUCUGCUGGUGGCGCUCUACACGCCCUC ...((((..(((((((.(((((...((((.((((((((((.((......)).))))).)).))).)))).)))))))).))))...(.(((((((....))))))))......))))... ( -50.10) >DroGri_CAF1 7143 120 - 1 UUUGGUGUUGCGCGCCAUCAUUGAGGAGGGUGAACUGCAUGUGGCCCAGCAAAUGCAGGCGUUAGCUUUGGACGAGGCGGCGCUGUGUCGUCAUUUGCUUGUGGCGCUCUACACACCAUC ..((((((.(.(((((((.........((((..((.....)).))))(((((((((.((((((.(((((....))))))))))).....).)))))))).))))))).)...)))))).. ( -48.00) >DroWil_CAF1 7010 120 - 1 UCUGGUGUUGCGCGCCAUUAUCGAGGAGGGCGAACUGCAUGUAGCUCAGCAGAUGCAGGCAUUGGCUUUGGAUGAGGCGGCCUUAUGUCGUCAUCUCUUGGUGGCGUUAUAUACACCAUC ..((((((...(((((((((..((((..(((((.((((.((.....))))))(((.((((....(((((....))))).))))))).))))).)))).))))))))).....)))))).. ( -45.30) >DroMoj_CAF1 6755 120 - 1 CUUGGUGCUGCGCGCCAUCAUCGAGGAGGGCGAGCUGCAUGUGGCGCAGCAGAUGCAGGCGCUGGCGUUGGACGAGGCGGCGCUGUGUCGUCAUCUCUUGGUUGCGCUCUACACGCCCUC ..((((((...))))))........(((((((.((.....))(((((((((((((..(((((.(((((((.......))))))))))))..)))))....)))))))).....))))))) ( -52.60) >DroAna_CAF1 11225 120 - 1 CCUCGUUUUAAGAGCCAUAAUCGAGGAGGGGGAGUUGCAUGUGGCCCAGCAGAUGCAGGCUUUGGCUUUAGACGAGGCGGCUCUCUGCCGCCACUUGCUAGUAGCUUUAUAUACACCUUC (((((..(((.......))).))))).(((((....(((.(((((...(((((.((..((((((........)))))).))..))))).))))).)))..(((........))).))))) ( -41.00) >consensus UUUGGUGCUGCGCGCCAUCAUCGAGGAGGGCGAGCUGCAUGUGGCUCAGCAAAUGCAGGCAUUGGCUUUGGACGAGGCGGCGCUGUGUCGCCAUCUGCUGGUGGCGCUCUACACACCCUC ...((((.((.((((((((((((..((((.(((.((((((.((......)).))))))...))).))))...)))((((((.....))))))......)))))))))....))))))... (-35.46 = -35.05 + -0.41)
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