Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,628,829 – 4,628,922 |
Length | 93 |
Max. P | 0.725301 |
Location | 4,628,829 – 4,628,922 |
---|---|
Length | 93 |
Sequences | 5 |
Columns | 97 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.76 |
Mean single sequence MFE | -29.56 |
Consensus MFE | -15.33 |
Energy contribution | -17.58 |
Covariance contribution | 2.25 |
Combinations/Pair | 1.28 |
Mean z-score | -2.15 |
Structure conservation index | 0.52 |
SVM decision value | 0.41 |
SVM RNA-class probability | 0.725301 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 4628829 93 + 20766785 GUACAUAUGUGCGAAAACGCGAUAUUUGCAUAUAGAGCGCGCUUGUGUGUGUGUUCGUGUGGACGCUUGGUGC-UAAGUCCCGCUAUUUGG---ACA ((((.((((((((((.........))))))))))((((((((......))))))))(((....)))...))))-...((((........))---)). ( -30.50) >DroSec_CAF1 5356 93 + 1 GUACAUAUGUGCGAAAACGCGAUAUUUGCAUAUAGAGCGCGCUUGUGUGUGUGUUCGUGCGGACGCUUGGUGC-UAAGUCCCGCUAUUUGG---ACA ((((.((((((((((.........))))))))))((((((((......))))))))))))(..((..(((((.-.......)))))..)).---.). ( -31.70) >DroSim_CAF1 5363 93 + 1 GUACAUAUGUGCGAAAACGCGAUAUUUGCAUAUAGAGCGCGCUUGUGUGUGUGUUCGUGCGGACGCUUGGUGC-UAAGUCCCGCUAUUUGG---ACA ((((.((((((((((.........))))))))))((((((((......))))))))))))(..((..(((((.-.......)))))..)).---.). ( -31.70) >DroWil_CAF1 7356 82 + 1 -UACAUUUACGCCACAUAA--AUAUAUAUAUAUA-------UGUGUGUGUGUGU-AG--CG--UAUUUGGCUUGGAUGUCCCGCUUUUUGGCAAACA -.(((((((.((((.(((.--.(((((((((((.-------...))))))))))-).--..--))).)))).)))))))...(((....)))..... ( -24.80) >DroYak_CAF1 5404 93 + 1 GUACAUAUGUGCGAAAACGCGAUAUUUGCAUAUAGAGCGCGCUUGUGUGUGUGUUUGUGCGAACGCUUGGUGU-GAAGUCCCGCUAUUUGG---ACA ((((.((((((((((.........))))))))))((((((((......))))))))))))...(((.....))-)..((((........))---)). ( -29.10) >consensus GUACAUAUGUGCGAAAACGCGAUAUUUGCAUAUAGAGCGCGCUUGUGUGUGUGUUCGUGCGGACGCUUGGUGC_UAAGUCCCGCUAUUUGG___ACA ((((.((((((((((.........))))))))))((((((((......))))))))))))...((..(((((.........)))))..))....... (-15.33 = -17.58 + 2.25)
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