Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,599,222 – 4,599,342 |
Length | 120 |
Max. P | 0.792656 |
Location | 4,599,222 – 4,599,342 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.89 |
Mean single sequence MFE | -36.98 |
Consensus MFE | -21.55 |
Energy contribution | -22.67 |
Covariance contribution | 1.12 |
Combinations/Pair | 1.33 |
Mean z-score | -2.31 |
Structure conservation index | 0.58 |
SVM decision value | 0.59 |
SVM RNA-class probability | 0.792656 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 4599222 120 + 20766785 CAGGAUUCGCGGAUUUAUUUGCGAUACAUGCUGAGCAAAUGGAAACCGCCGAAUCAAAGUCUAUCAUCAGGAUGAUGUCCUUCUGGUCUAUAGCCACCAGCUCACUGUAGGCUACAGAUG ((((((((((((.(((((((((............)))))))))..))).)))))).(((..((((((....))))))..))))))((((.(((((..(((....)))..))))).)))). ( -41.50) >DroSec_CAF1 4741 120 + 1 CAGGAUUCGCGGAUUUAUUUGCGACACAUGCUGAGCAAAUGGAAACCGCCGAUUCCACGUCCAUUAGCAGGAUGAUGUCCUUAUGGUCUGUAGCCACCAGCUCACUGUAGGCUACAGAUG ..(((.((((((.(((((((((............)))))))))..))).))).))).(((((.......)))))...........((((((((((..(((....)))..)))))))))). ( -45.60) >DroSim_CAF1 4793 120 + 1 CAGGAUUCGCGGAUUUAUUUGCGACACAUGCUGAGCAAAUGGAAACCGCCGAUUCCACGUCUAUUAGCAGGAUGAUGUCCUUCUGGUCUGUAGCCACCAGCUCACUGUAGGCUACAGAUG ..(((.((((((.(((((((((............)))))))))..))).))).)))........(((.(((((...))))).)))((((((((((..(((....)))..)))))))))). ( -45.40) >DroEre_CAF1 4791 120 + 1 CCGGGUUCGCGGAUUUAUUUGCGAUACAUGCUGAGCAAAUGGAAAUCGCCGAAUCUACGUCUAUUAACAGGAUGAUGUCCUCCUGGUCUAUAGUCACUAGCUCACUGUAGGUUACAGAUA ..((((((((((.(((((((((............)))))))))..))).)))))))..((((.....(((((.(....).))))).((((((((.........))))))))....)))). ( -32.50) >DroYak_CAF1 5461 120 + 1 CAGGAUUCGUGGAUUUAUUUGCUACACCUUCUGAGCACAAGGAAACCGCCGAAUCCACGUCUAUUAUCAGGAUGAUGUCCUCCUGGUCUAUAGUCACCAGCUCACUGUAGGUUACAGAUA ..((((((((((.(((...((((.((.....))))))....))).))).)))))))..((((...(((((((.(....).))))))).....((.(((.((.....)).))).)))))). ( -34.80) >DroAna_CAF1 5681 120 + 1 AAGAGCUGUUCGUGUUAUUUUCUAAACAUUCCUGGCAGAUCUUUAGCGCAGACUCCACGUCUACAAGCAUUAUAAUAUCCUCCUGAUCUAUGCACUCCAGCUCACUAUAAGACAUCGAAA ..((((((...((((((...(((...((....))..)))....))))))((((.....))))....((((......(((.....)))..))))....))))))................. ( -22.10) >consensus CAGGAUUCGCGGAUUUAUUUGCGACACAUGCUGAGCAAAUGGAAACCGCCGAAUCCACGUCUAUUAGCAGGAUGAUGUCCUCCUGGUCUAUAGCCACCAGCUCACUGUAGGCUACAGAUA ..(((.((((((.(((((((((............)))))))))..))).))).)))...........(((((.(....).)))))((((.(((((..(((....)))..))))).)))). (-21.55 = -22.67 + 1.12)
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