Locus 1149

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 4,582,629 – 4,582,739
Length 110
Max. P 0.931601
window2021

overview

Window 1

Location 4,582,629 – 4,582,739
Length 110
Sequences 5
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.88
Mean single sequence MFE -39.06
Consensus MFE -35.66
Energy contribution -35.70
Covariance contribution 0.04
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.45
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 1.21
SVM RNA-class probability 0.931601
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4582629 110 - 20766785
CCGCAUUGUGCAGCGGCGUCGCGACUGUUGCACUACAGU--------AUCUGAUGGAUACAACAGAUAGCAUUGAUGGAUCUGGGCUGGCGACCCCCCGCCCCUCUGAUCUACUUAGA
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>DroSec_CAF1 14162 110 - 1
CCGCAUUGUGCAGCGGCGUCGCGACUGUUGCACUACAGU--------AUCUGAUGGAUACAACAGAUAGCAUUGAUGGAUCUGGGCUGGCGAGCCCCCGCCCCUUUGAUCUACAUAGA
..((...(((((((((((...)).))))))))).....(--------(((((.((....)).))))))))..((.((((((.(((..((((......)))))))..)))))))).... ( -39.50)
>DroSim_CAF1 14489 110 - 1
CCGCAUUGUGCAGCGGCGUCGCGACUGUUGCACUACAGU--------AUCUGAUGGAUACAACAGAUAGCAUUGAUGGAUCUGGGCUGGCGAGCCCCCGCCCCUUUGAUCUACAUAGA
..((...(((((((((((...)).))))))))).....(--------(((((.((....)).))))))))..((.((((((.(((..((((......)))))))..)))))))).... ( -39.50)
>DroEre_CAF1 20583 118 - 1
CCGCAUUGUGCAGCGGCGUCGCGACUGUUGCACUACAGUAUCUCAGUAUCUGAUGGAUACAACAGAUAGCAUUGAUGGAUCUGGGCUGGCGCGCCCCCGCCUCUUUGAUCUACUUAGA
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>DroYak_CAF1 20705 110 - 1
CCGCAUUGUGCAGCGGCGUCGCGACUGUUGCACUACAGU--------AUCUGAUGGAUACAACAGAUAUCAUUGAUGGAUCUGGGCUGGCGAGCCCCCGCCCCUUUGAUCUACUUAGA
.......(((((((((((...)).)))))))))....((--------(((((.((....)).)))))))..((((((((((.(((..((((......)))))))..)))))).)))). ( -37.60)
>consensus
CCGCAUUGUGCAGCGGCGUCGCGACUGUUGCACUACAGU________AUCUGAUGGAUACAACAGAUAGCAUUGAUGGAUCUGGGCUGGCGAGCCCCCGCCCCUUUGAUCUACUUAGA
..((...(((((((((((...)).)))))))))..............(((((.((....)).))))).)).....((((((.((((.((......)).))))....))))))...... (-35.66 = -35.70 +   0.04)

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