Locus 1133

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 4,532,533 – 4,532,623
Length 90
Max. P 0.728421
window1998

overview

Window 8

Location 4,532,533 – 4,532,623
Length 90
Sequences 6
Columns 109
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.44
Mean single sequence MFE -20.85
Consensus MFE -16.84
Energy contribution -18.20
Covariance contribution 1.36
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.52
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.42
SVM RNA-class probability 0.728421
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4532533 90 + 20766785
CGUUAAGCUAUGUG---UAA--UAUAUGGCUUAAUUAUCAUUAGCGUGCUGUGGUAAUUAACAUGCUCAUGCCGGGCAAUUAAACUUAUUU----U----------AUU
.(((((((((((((---...--))))))))))(((((((((.((....)))))))))))))).(((((.....))))).............----.----------... ( -21.80)
>DroPse_CAF1 6206 100 + 1
CGUUAAGCUAUGUG---UAA--U--AUGGCUUAAUUAUCAUUAGCGUGCUGUGGUAAUUAACAUGCUCAUGCUUGGCAAUUAAACUCUAUAUCUAUAUCUUUCAUU--G
.(((((((.(((.(---((.--.--...(.(((((((((((.((....)))))))))))))).))).)))))))))).............................--. ( -21.40)
>DroEre_CAF1 6086 100 + 1
CGUUAAGCUAUGUG---UAA--UAUAUGGCUUAAUUAUCAUUAGCGUGCUGUGGUAAUUAACAUGCUCAUGCCGCGCAAUUAAACAUAUUU----UAUUUUUCAUAGUA
......((((((.(---(((--.(((((..(((((((((((.((....)))))))))))))..(((.(.....).)))......))))).)----)))....)))))). ( -22.90)
>DroYak_CAF1 6058 95 + 1
CGUUAAACUAUGUGGCUUAAUAUAUAUGGCUUAAUUAUCAUUAGCGUGCUGUGGUAAUAAACAUGCUCAUGCCGGGCAAUUAAACUUAUUU----C----------GUA
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>DroAna_CAF1 7608 96 + 1
CGUUAAGUUAUGUG---UAA--UAUAUGGCUUAAUUAUCAUUAGCGUGCUGUGGUAAUUAACAUGCUCAUGCCGGGCAAUUAAACUUAUAU-AU-UAUUU------UUC
.............(---(((--(((((((.(((((((((((.((....)))))))))))))..(((((.....))))).......))))))-))-)))..------... ( -20.90)
>DroPer_CAF1 6425 100 + 1
CGUUAAGCUAUGUG---UAA--U--AUGGCUUAAUUAUCAUUAGCGUGCUGUGGUAAUUAACAUGCUCAUGCUUGGCAAUUAAACUCUAUAUCUAUAUCUUUCAUU--G
.(((((((.(((.(---((.--.--...(.(((((((((((.((....)))))))))))))).))).)))))))))).............................--. ( -21.40)
>consensus
CGUUAAGCUAUGUG___UAA__UAUAUGGCUUAAUUAUCAUUAGCGUGCUGUGGUAAUUAACAUGCUCAUGCCGGGCAAUUAAACUUAUUU____UAU_U_______UA
.(((((((((((((........))))))))))(((((((((.((....)))))))))))))).(((((.....)))))............................... (-16.84 = -18.20 +   1.36)

alignment

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secondary structure

Postscript

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