Locus 1130

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 4,523,053 – 4,523,213
Length 160
Max. P 0.555049
window1994 window1995

overview

Window 4

Location 4,523,053 – 4,523,173
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 86.67
Mean single sequence MFE -51.18
Consensus MFE -39.27
Energy contribution -39.17
Covariance contribution -0.11
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -2.12
Structure conservation index 0.77
SVM decision value -0.04
SVM RNA-class probability 0.513175
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4523053 120 - 20766785
UCCUGUGUCUUGGGCGGCGGCAAGCCGCUGGAUCUUUGCUCUGGCGGCAUGAUCUGGUCUUGUUGCGUGGACAAAGAUCUCGACGCCGAGGAGAGUCCGCACGCCGCCCCGGUGAACAAC
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>DroVir_CAF1 70140 120 - 1
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>DroGri_CAF1 63680 120 - 1
UCGUGCGUCUUGGGCGGCGGCAAGCCGCUCGAUCUAUGCUCCGGCGGCAUGAUCUGGUCAUGCUGUGUGGACAAAGAUCUCGAUGCCGAGGAGAGUCCGCAUGCGGCACCGAUUAACAAC
(((.(((((..(((((((.....)))))))(((((.((.((((((((((((((...)))))))))).)))))).)))))..))))))))...(.(((((....))).))).......... ( -53.60)
>DroWil_CAF1 80603 120 - 1
UCAUGUGUCUUAGGUGGCGGCAAACCGCUCGAUCUUUGCUCAGGCGGCAUGAUUUGGUCAUGUUGCGUGGACAAAGAUUUGGAUGCCGAGGAGAACUCACAUGCAACGCCGGUUAAUAAC
.........((((.((((((((..(((...((((((((..((.((((((((((...)))))))))).))..))))))))))).))))(((.....))).........)))).)))).... ( -46.40)
>DroMoj_CAF1 73890 120 - 1
UCGUGCGUCUUGGGCGGCGGCAAACCUCUCGAUCUCUGCUCCGGCGGCAUGAUCUGGUCAUGCUGUGUGGACAAAGAUCUCGACGCCGAGGAGAGUCCCCAUGCGGCGCCAAUCAACAAU
..(.(((((.((((.(((((....))(((((((((.((.((((((((((((((...)))))))))).)))))).)))))(((....))).)))))))))))...)))))).......... ( -48.30)
>DroAna_CAF1 56179 120 - 1
UCAUGUGUCUUGGGCGGCGGCAAGCCCCUGGAUCUUUGCUCCGGCGGCAUGAUCUGGUCGUGUUGCGUGGACAAAGAUCUGGAUGCCGAAGAGAGUCCACACGCUGCUCCAGUCAACAAC
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>consensus
UCGUGCGUCUUGGGCGGCGGCAAGCCGCUCGAUCUUUGCUCCGGCGGCAUGAUCUGGUCAUGCUGCGUGGACAAAGAUCUCGAUGCCGAGGAGAGUCCACAUGCGGCGCCGGUCAACAAC
.((((((((((.((((((((....))))..(((((.((.((((((((((((((...)))))))))).)))))).)))))....)))).)))).....))))))................. (-39.27 = -39.17 +  -0.11)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 4,523,093 – 4,523,213
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 91.28
Mean single sequence MFE -48.53
Consensus MFE -40.39
Energy contribution -39.95
Covariance contribution -0.44
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -1.74
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 0.04
SVM RNA-class probability 0.555049
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4523093 120 - 20766785
CCGCUUUCGUGGCCACAAGUUCGAGUGCGGCCUGUCCAUCUCCUGUGUCUUGGGCGGCGGCAAGCCGCUGGAUCUUUGCUCUGGCGGCAUGAUCUGGUCUUGUUGCGUGGACAAAGAUCU
((((.((((.(((.....))))))).))))..((((((((.((((.....)))).)((((((((..((..((((..((((.....)))).))))..)))))))))))))))))....... ( -45.10)
>DroVir_CAF1 70180 120 - 1
CCGCUUCCGUGGCCACAAAUUCGAAUGUGGCCUGUCCAUCUCGUGCGUCUUGGGCGGCGGCAAGCCGCUGGAUCUAUGCUCGGGCGGCAUGAUCUGGUCAUGCUGUGUGGACAAAGAUCU
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>DroGri_CAF1 63720 120 - 1
CCGCUUCCGUGGACACAAAUUCGAGUGCGGCCUGUCCAUCUCGUGCGUCUUGGGCGGCGGCAAGCCGCUCGAUCUAUGCUCCGGCGGCAUGAUCUGGUCAUGCUGUGUGGACAAAGAUCU
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>DroWil_CAF1 80643 120 - 1
CCGCUUUCGUGGCCACAAAUUCGAAUGCGGCCUGUCCAUCUCAUGUGUCUUAGGUGGCGGCAAACCGCUCGAUCUUUGCUCAGGCGGCAUGAUUUGGUCAUGUUGCGUGGACAAAGAUUU
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>DroMoj_CAF1 73930 120 - 1
CCGCUUCCGUGGCCACAAAUUCGAGUGCGGCCUGUCCAUCUCGUGCGUCUUGGGCGGCGGCAAACCUCUCGAUCUCUGCUCCGGCGGCAUGAUCUGGUCAUGCUGUGUGGACAAAGAUCU
((((....))))..........((((((.(((.(((((...(....)...)))))))).)))...)))..(((((.((.((((((((((((((...)))))))))).)))))).))))). ( -46.80)
>DroAna_CAF1 56219 120 - 1
CCGCUUUCGUGGUCACAAAUUCGAGUGCGGCCUGUCCAUUUCAUGUGUCUUGGGCGGCGGCAAGCCCCUGGAUCUUUGCUCCGGCGGCAUGAUCUGGUCGUGUUGCGUGGACAAAGAUCU
((((....))))..........(..(((.(((.(((((...(....)...)))))))).)))..)....(((((((((.((((((((((((((...)))))))))).))))))))))))) ( -49.50)
>consensus
CCGCUUCCGUGGCCACAAAUUCGAGUGCGGCCUGUCCAUCUCGUGCGUCUUGGGCGGCGGCAAGCCGCUCGAUCUUUGCUCCGGCGGCAUGAUCUGGUCAUGCUGCGUGGACAAAGAUCU
((((....))))..........(..(((.(((.(((((...(....)...)))))))).)))..).....(((((.((.((((((((((((((...)))))))))).)))))).))))). (-40.39 = -39.95 +  -0.44)

alignment

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