Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,485,844 – 4,485,958 |
Length | 114 |
Max. P | 0.522484 |
Location | 4,485,844 – 4,485,958 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.19 |
Mean single sequence MFE | -39.27 |
Consensus MFE | -24.94 |
Energy contribution | -23.95 |
Covariance contribution | -0.99 |
Combinations/Pair | 1.49 |
Mean z-score | -1.33 |
Structure conservation index | 0.64 |
SVM decision value | -0.02 |
SVM RNA-class probability | 0.522484 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 4485844 114 + 20766785 AGCUGGGACCAUGACUGGUAUUGUUUAGCUGCAGGAUGAUGGACUCGAUAGAGUCUACGUGGGUGGUAAUUGACGAAACAGUGGUGGGACUAUUAUGACCU---GUCGUUGGACGUU ...(((..((((.((((...(((((..((..(...(((.(((((((....))))))))))..)..))....)))))..)))).))))..))).........---(((....)))... ( -37.40) >DroGri_CAF1 21995 114 + 1 AGCUGGGUCCAUGAUUGCUAUUGUUUAGCUGCAGUAUAAUGGACUCAAUUGAGUCCACGUGUGUGGUUAUCGAGGAGACUGUAGUGGGAUUAGGAUGCGCC---AUCGCAGGUCGCU ((((((((((((.(((((............)))))...))))))))).((((..((((....))))...))))...(((((..((((............))---))..)).)))))) ( -37.10) >DroEre_CAF1 19856 114 + 1 AACUGGGGCCGUGGCUGGUGUUGUUCAGCUGCAGGAUGAUGGACUCGAUGGAGUCUACGUGGGUGGUAAUCGAGGAAACAGUGGUGGGGCUGUUAAGACCG---UUCGUUGGGCGUU .......((((..(((((......)))))..)..((((((((.((((((.....((((....))))..))))))..((((((......))))))....)))---.))))).)))... ( -39.20) >DroYak_CAF1 22959 114 + 1 AGCUGGGACCAUGACUGGUGUUGUUCAGCUGCAGGAUGAUGGACUCGAUGGAGUCCACGUGAGUGGUAAUCGAGGAAACAGUGGUGGGACUGUUAUGACCG---GUCGUUGGGCGUU (((((((((((....))))....)))))))((..((((((((.((((((.....((((....))))..))))))..((((((......))))))....)).---))))))..))... ( -42.20) >DroMoj_CAF1 25410 117 + 1 AGCUGGGUCCAUGGCUGCUGUGGUUCAGCUGCAGUAUGAUCGACUCAAUGGAGUCCACGUGCGUGGUGAUCGACGAGACAGUGGUGGGAUUGCUCUGCAUCACGGUAGCGGGUCGCU (((..(..((...(((((((((((.(((..(((((.((((((((((....)))))(((....)))..)))))((......))......))))).))).)))))))))))))..)))) ( -44.10) >DroAna_CAF1 19171 111 + 1 AGCUGGGUCCGUGGCUGGUGUUGUUCAGCUGUAGGAUGAUGGACUCGAUGGAAUCCACAUGGGUGGUGAUUGAAGAGAUGGUGGUGGGACUC---UGGCCG---GUCGUCGGGCGCU (((.(((((((..(((((......)))))..)...((.((.(.(((........((((....))))........))).).)).)).))))))---..(((.---(....).)))))) ( -35.59) >consensus AGCUGGGUCCAUGACUGGUGUUGUUCAGCUGCAGGAUGAUGGACUCGAUGGAGUCCACGUGGGUGGUAAUCGAGGAAACAGUGGUGGGACUGUUAUGACCG___GUCGUUGGGCGCU (((.((..((((.((((...((.(((.((..(...(((.(((((((....))))))))))..)..))....))).)).)))).))))..)).....(.(((........))).)))) (-24.94 = -23.95 + -0.99)
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