Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,439,517 – 4,439,620 |
Length | 103 |
Max. P | 0.954667 |
Location | 4,439,517 – 4,439,620 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 6 |
Columns | 105 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 77.56 |
Mean single sequence MFE | -43.47 |
Consensus MFE | -22.52 |
Energy contribution | -23.25 |
Covariance contribution | 0.73 |
Combinations/Pair | 1.42 |
Mean z-score | -2.50 |
Structure conservation index | 0.52 |
SVM decision value | 1.45 |
SVM RNA-class probability | 0.954667 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 4439517 103 + 20766785 --UGGGGCCGCACUGGUGCAGAAACCCCGGGCUCCAGGCACCGGAAUCUGUUUCUUGCCAUUUCGCAGCUCCAGCUGCACCAGCUGGGCCAAAGCCGCCUCAACU --((((((..(((((((((((((((.((((((.....)).)))).....))))).)))......(((((....)))))))))).))(((....)))))))))... ( -44.80) >DroVir_CAF1 5343 105 + 1 GAUGUUUCAGUUGUGGUGCAAAUGCCCCGGUUGCCGGGCACCGGUAUCUGCCUCUUGCCAUUGCGUACUUCAAGCGCCACUAGCUGCGCCAGAGCUGCUUCUAUU .......(((((.(((((((..(((((.((...)))))))..((((.........))))...((((.......)))).......))))))).)))))........ ( -34.20) >DroPse_CAF1 1627 103 + 1 --UGCCGCGGCAUCGGUGCAGAAUUCUCGGGAGCCUGGGACCAAUAUCUGCUGCUUGCCAUUUCGUAGUUCGAGUUGCACUAGCUGUGCCAGAGCCGCUUCGAUU --....(((((.((((..(((...((((((....))))))........(((.(((((..(((....))).))))).)))....)))..)).)))))))....... ( -35.40) >DroEre_CAF1 4805 103 + 1 --UGGGGCCGCACUGGUGCAGAGCCCCCGGGCUCCAGGCACCGGAAUCUGUUUCUUGCCAUUUCGCAGCUCCAGCUGCACCAGCUGGGCCAGAGCCGCCCCAACU --((((((.((.(((((((.(((((....)))))...)))))))..((((.....(((......)))((.(((((((...))))))))))))))).))))))... ( -57.30) >DroYak_CAF1 4661 103 + 1 --UGGGGCCGCACUGGUGCAGAACUCACGGGCUCCAGGCACUGGAAUCUGUUUCUUGCCGUUUCGCAGCUCCAGCUGCACUAGCUGCGCCAGAGCCGCCCCAACU --((((((.((.(((((((((.....((((..(((((...)))))..)))).............(((((....))))).....))))))))).)).))))))... ( -53.70) >DroPer_CAF1 1678 103 + 1 --UGCCGCGGCAUCGGUGCAGAAUUCUCGGGAGCCUGGGACCAAUAUCUGCUGCUUGCCAUUUCGUAGUUCGAGUUGCACUAGCUGUGCCAGAGCCGCUUCGAUU --....(((((.((((..(((...((((((....))))))........(((.(((((..(((....))).))))).)))....)))..)).)))))))....... ( -35.40) >consensus __UGGGGCCGCACUGGUGCAGAACCCCCGGGCGCCAGGCACCGGAAUCUGCUUCUUGCCAUUUCGCAGCUCCAGCUGCACUAGCUGCGCCAGAGCCGCCUCAACU ......((.((.(((((((((........(((...(((((........)))))...))).....(((((....))))).....))))))))).)).))....... (-22.52 = -23.25 + 0.73)
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