Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,401,649 – 4,401,767 |
Length | 118 |
Max. P | 0.529045 |
Location | 4,401,649 – 4,401,767 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 6 |
Columns | 118 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 79.60 |
Mean single sequence MFE | -39.80 |
Consensus MFE | -29.38 |
Energy contribution | -29.63 |
Covariance contribution | 0.26 |
Combinations/Pair | 1.34 |
Mean z-score | -1.03 |
Structure conservation index | 0.74 |
SVM decision value | -0.01 |
SVM RNA-class probability | 0.529045 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 4401649 118 - 20766785 AAUCACUGCGUCAAUGGAGCCACCGAUGAGGCUAUCCAGUCGGUCAUCGGCCAGCUGCGAUGGCUGCGCGAGCUCUCUUUAGAGCACUGCAGUGGGGUAAGACUGAAAGUCGCGAUAA ..(((((((.(((.(((.....))).)))(((((((((((.(((.....))).)))).)))))))......(((((....)))))...))))))).....(((.....)))....... ( -42.70) >DroPse_CAF1 11105 114 - 1 AACAACUGUGUCAAUGGGGUCACGGAUGAAGCUAUACAGUUCGUGAUUGGUCAGCUGCGUUGGCUGCGCGACCUGUCCCUCGAGCACUGCUCUGGCGUAAGUCCAGU----UCUAUAU .......((((....((((((((((((...........))))))))).((((.((.((....)).))..))))...)))....)))).(..(((((....).)))).----.)..... ( -35.50) >DroSec_CAF1 11608 118 - 1 AAUCACUGCGUCAAUGGAGCCACCGAUGAGGCUAUCCAGUCGGUCAUCGGCCAGCUGCGAUGGCUGCGCGAGCUCUCUUUAGAGCACUGCAGUGGGGUAAGACUAAAUGUUGCGAUAA ..(((((((.(((.(((.....))).)))(((((((((((.(((.....))).)))).)))))))......(((((....)))))...))))))).((((.(.....).))))..... ( -41.10) >DroEre_CAF1 11623 118 - 1 AACCACUGCGUCAAUGGUGCCACCGAUGAGGCUAUCCAGUCGGUCAUCGGCCAGCUGCGUUGGCUUCGCGAGCUCUCUCUAGAGCACUGUAGUGGGGUAAGAUUGAAAAUUGCGAUAA ..((((((((((((((..((..(((((((((((....))))..)))))))...))..))))))).......(((((....)))))...))))))).((((.........))))..... ( -41.60) >DroYak_CAF1 11538 118 - 1 AAUAACUGCGUCAAUGGAGCCACCGAUGAGGCUAUCCAGUCGGUCAUCGGCCAGCUGCGUUGGCUGCGCGAGCUCUCACUAGAGCACUGCAGUGGAGUAAGACAGAAAAUUGCGAUAU ....((((((((((((.(((..(((((((((((....))))..)))))))...))).))))))).......(((((....)))))...)))))...((((.........))))..... ( -41.40) >DroAna_CAF1 14737 112 - 1 AACCACUGCGUCAAUGGGGUCACCGAUGAGGCUGUUCAGUCAAUUAUUGGACAAUUACGCUGGCUGCGGGAUCUGUCCUUGGAACACUGCAGUGGGGUGAGUUUUAAGGCC------A ..(((.((...)).)))((((.(((((((((((....))))..)))))))....((((.((.((((((((.(((......))).).))))))).)))))).......))))------. ( -36.50) >consensus AACCACUGCGUCAAUGGAGCCACCGAUGAGGCUAUCCAGUCGGUCAUCGGCCAGCUGCGUUGGCUGCGCGAGCUCUCUCUAGAGCACUGCAGUGGGGUAAGACUGAAAGUUGCGAUAA ..(((((((((((.((.(((..(((((((((((....))))..)))))))...))).)).)))).......(((((....)))))...)))))))....................... (-29.38 = -29.63 + 0.26)
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