Locus 1090

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	4,393,712 – 4,393,830
Length	118
Max. P	0.565209

overview

Window 8

Location	4,393,712 – 4,393,830
Length	118
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.85
Mean single sequence MFE	-42.77
Consensus MFE	-27.96
Energy contribution	-29.13
Covariance contribution	1.17
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-1.74
Structure conservation index	0.65
SVM decision value	-0.03
SVM RNA-class probability	0.516441
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4393712 118 + 20766785
GGAGACAGUGGAUCGCAUCGUGGCGAUGGCCAAGGUUCUGUUUGGCCUGCACAUGGUAAGUGCCGGAUCAACUCCGAACCAAACGGGAUGGGAUGUACGGAUGCAUACCAAUCUCUAU
(((((...(((((.(((((.((((....))))..(((((((((((...((((.......))))((((.....))))..)))))))))))..........))))))).))).))))).. ( -43.30)
>DroSec_CAF1 3717 118 + 1
GGAGACAGUGGAUCGCAUCGUGGCGAUGGCCAAGGUUCUGUUUGGCCUGCACAUGGUAAGUGCCGGAUCAACUCCGAACCGAACGGGAUGGGAUGUAUGGGUGCAUCCCAAUCUCUAU
((((((..((((((((......)))))..)))..)((((((((((...((((.......))))((((.....))))..))))))))))(((((((((....))))))))).))))).. ( -46.90)
>DroSim_CAF1 3620 118 + 1
GGAGACGGUGGAUCGCAUCGUGGCGAUGGCCAAGGUUCUGUUUGGCCUGCACAUGGUAAGUGCCGGAUCAACUCCGUACCAAACGGGAUGGGAUGUAUGGGUGCAUCCCAAUCUCUAU
(((((.(((.(.((((......))))).)))...(((((((((((...((((.......))))((((.....))))..)))))))))))((((((((....))))))))..))))).. ( -48.70)
>DroEre_CAF1 3721 102 + 1
GGAGACGGUGGAUCGCAUCGUGGCCAUGGCCAAGGUUCUGUUUGGCCUGCACAUGGUAAGUGCCGGAUCAACUCCGCCCCCGACGGGAUGGGACGUA----------------UCUAU
(....).((((((.((((((((((...(((((((......))))))).)).))))))..((.(((((.....)))..(((....)))..)).)))))----------------))))) ( -35.40)
>DroYak_CAF1 3740 117 + 1
GGAGACGGUGGAUCGCAUAGUGGCCAUGGCCAAGGUUCUGUUUGGCCUGCACAUGGUAAGUGCCGGAUCAACUCCGCU-UCGGCGGGAUGGGAUGUAUGAAUGCAACCCAAUCUCUAU
(((((.(((.((((((((....((((((((..(((((......))))))).))))))..))))..)))).)))((((.-...))))..((((.((((....)))).)))).))))).. ( -46.20)
>DroAna_CAF1 3502 104 + 1
AGAGACGGUGGACCGUAUUGUGGCCAUGGCCAAGGUUUUGUUUGGUCUGCACAUGGUAAGUGCCGGUUAGA-UCCCAUCCAAAU-GGAUGUGAC------------CCGUAUCUCUAU
((((((((.((((((((((...((((((((((((......)))))).....)))))).)))).)))))...-((.(((((....-))))).)))------------)))..))))).. ( -36.10)
>consensus
GGAGACGGUGGAUCGCAUCGUGGCCAUGGCCAAGGUUCUGUUUGGCCUGCACAUGGUAAGUGCCGGAUCAACUCCGAACCAAACGGGAUGGGAUGUAUGG_UGCAUCCCAAUCUCUAU
(((((...(((.........((((....))))..(((((((((((...((((.......))))((((.....))))..)))))))))))..................))).))))).. (-27.96 = -29.13 +   1.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	4,393,712 – 4,393,830
Length	118
Sequences	6
Columns	118
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.85
Mean single sequence MFE	-39.13
Consensus MFE	-21.63
Energy contribution	-25.13
Covariance contribution	3.50
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.59
Structure conservation index	0.55
SVM decision value	0.06
SVM RNA-class probability	0.565209
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4393712 118 - 20766785
AUAGAGAUUGGUAUGCAUCCGUACAUCCCAUCCCGUUUGGUUCGGAGUUGAUCCGGCACUUACCAUGUGCAGGCCAAACAGAACCUUGGCCAUCGCCACGAUGCGAUCCACUGUCUCC
...((((((((..((((((...............((((((((((((.....))))((((.......)))).)))))))).......((((....)))).))))))..)))..))))). ( -40.20)
>DroSec_CAF1 3717 118 - 1
AUAGAGAUUGGGAUGCACCCAUACAUCCCAUCCCGUUCGGUUCGGAGUUGAUCCGGCACUUACCAUGUGCAGGCCAAACAGAACCUUGGCCAUCGCCACGAUGCGAUCCACUGUCUCC
...((((((((((((........)))))))........((..((((.....))))((((.......)))).((((((........))))))(((((......)))))))...))))). ( -40.10)
>DroSim_CAF1 3620 118 - 1
AUAGAGAUUGGGAUGCACCCAUACAUCCCAUCCCGUUUGGUACGGAGUUGAUCCGGCACUUACCAUGUGCAGGCCAAACAGAACCUUGGCCAUCGCCACGAUGCGAUCCACCGUCUCC
...((((((((((((........)))))))........(((.((((.....))))((((.......)))).((((((........))))))(((((......)))))..)))))))). ( -42.30)
>DroEre_CAF1 3721 102 - 1
AUAGA----------------UACGUCCCAUCCCGUCGGGGGCGGAGUUGAUCCGGCACUUACCAUGUGCAGGCCAAACAGAACCUUGGCCAUGGCCACGAUGCGAUCCACCGUCUCC
...((----------------.(((....(((.(((((..((((((.....))).((((.......)))).((((((........))))))...))).))))).)))....))).)). ( -35.40)
>DroYak_CAF1 3740 117 - 1
AUAGAGAUUGGGUUGCAUUCAUACAUCCCAUCCCGCCGA-AGCGGAGUUGAUCCGGCACUUACCAUGUGCAGGCCAAACAGAACCUUGGCCAUGGCCACUAUGCGAUCCACCGUCUCC
...(((((((((((((((..............((((...-.))))(((....(((((((.......)))).((((((........)))))).)))..)))))))))))))..))))). ( -41.40)
>DroAna_CAF1 3502 104 - 1
AUAGAGAUACGG------------GUCACAUCC-AUUUGGAUGGGA-UCUAACCGGCACUUACCAUGUGCAGACCAAACAAAACCUUGGCCAUGGCCACAAUACGGUCCACCGUCUCU
..((((((..((------------(((.(((((-....))))).))-))).((((((((.......))))................((((....)))).....)))).....)))))) ( -35.40)
>consensus
AUAGAGAUUGGGAUGCA_CCAUACAUCCCAUCCCGUUUGGUUCGGAGUUGAUCCGGCACUUACCAUGUGCAGGCCAAACAGAACCUUGGCCAUCGCCACGAUGCGAUCCACCGUCUCC
...(((((((((.((((.........................((((.....))))((((.......)))).((((((........))))))..........)))).))))..))))). (-21.63 = -25.13 +   3.50)

alignment

secondary structure

dotplot

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