Locus 1044

Window 6

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4299118 100 + 20766785
UUACGCGUAUUUGCGUAGUGGGUGGUUGGUUUACGCCCGAAUGAUGAAGUGGCGUCGGAGUGGCACCCAGU--------CUAGCCCACUCACCUG------GCCA-CCCAUUCCA
.((((((....))))))(((((((((..(...((((((..........).)))))..(((((((.......--------...).))))))..)..------))))-))))).... ( -41.30)
>DroSec_CAF1 54309 100 + 1
UUACGCGUAUUUGCGUAGUGGGUGGCAGGUUUACGCCCGAAUGAUGAAGUGGCGUCGGAGUGGCUCCCCGU--------CCAGCCCACUCACCUG------GCCA-CCCAUUCCA
.((((((....))))))(((((((((((((..((((((..........).)))))..((((((((......--------..)).)))))))))).------))))-))))).... ( -45.20)
>DroSim_CAF1 57735 100 + 1
UUACGCGUAUUUGCGUAGUGGGUGGCAGGUUUACGCCCGAAUGAUGAAGUGGCGUCGGAGUGGCACCCCGC--------CCAGCCCACUCACCUG------GCCA-CCCAUUCCA
.((((((....))))))(((((((((((((..((((((..........).)))))..(((((((.......--------...).)))))))))).------))))-))))).... ( -43.60)
>DroEre_CAF1 53837 93 + 1
UUACGCGUAUUUGCGUAGUGGGUGG--GGCUUGCGCCCGCAUGAUGAAGUGGCGUCGGAGUGGCACCCCCU--------UCAGCCC-CUCACCUG------GCCACCCCA-----
.((((((....))))))(.((((((--((((.(((((.((........))))))).((((.((....))))--------))))))(-(......)------)))))))).----- ( -36.90)
>DroYak_CAF1 55093 101 + 1
UUACGCGUAUUUGCGUAGUGGGUGGGAGGUUUACGCCCGAAUGAUGAAGUGGCGUCGGAGUGGCACCCCGU--------CCAGCCCACUCACCUG------CUCCACCCAUCUCC
.((((((....))))))(((((((((((((..((((((..........).)))))..(((((((.......--------...).)))))))))).------).)))))))).... ( -40.00)
>DroAna_CAF1 61727 101 + 1
UUACGCGUAUUUGCGUAGUGG----AAGAUUUACGCCCGAAUGAUGAAGUGGCGCC--------ACCUAGUUCCGUUAACCACCCCAUCCACCAGGAAUUUGCCA-CCCACCCC-
.((((((....))))))((((----...((((......))))......((((((..--------....((((((....................)))))))))))-)))))...- ( -22.45)
>consensus
UUACGCGUAUUUGCGUAGUGGGUGGCAGGUUUACGCCCGAAUGAUGAAGUGGCGUCGGAGUGGCACCCCGU________CCAGCCCACUCACCUG______GCCA_CCCAUUCCA
.((((((....))))))(((((((((......((((((..........).)))))..((((((.....................))))))...........)))).))))).... (-23.30 = -25.42 +   2.12) 

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Window 7

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4299118 100 - 20766785
UGGAAUGGG-UGGC------CAGGUGAGUGGGCUAG--------ACUGGGUGCCACUCCGACGCCACUUCAUCAUUCGGGCGUAAACCAACCACCCACUACGCAAAUACGCGUAA
.....((((-(((.------..((((((((((((..--------....))).))))))..(((((.............)))))..)))..))))))).(((((......))))). ( -38.42)
>DroSec_CAF1 54309 100 - 1
UGGAAUGGG-UGGC------CAGGUGAGUGGGCUGG--------ACGGGGAGCCACUCCGACGCCACUUCAUCAUUCGGGCGUAAACCUGCCACCCACUACGCAAAUACGCGUAA
.....((((-((((------.((((((((((.((..--------......))))))))..(((((.............)))))..)))))))))))).(((((......))))). ( -43.82)
>DroSim_CAF1 57735 100 - 1
UGGAAUGGG-UGGC------CAGGUGAGUGGGCUGG--------GCGGGGUGCCACUCCGACGCCACUUCAUCAUUCGGGCGUAAACCUGCCACCCACUACGCAAAUACGCGUAA
.....((((-((((------.(((((((((((((..--------....))).))))))..(((((.............)))))..)))))))))))).(((((......))))). ( -44.22)
>DroEre_CAF1 53837 93 - 1
-----UGGGGUGGC------CAGGUGAG-GGGCUGA--------AGGGGGUGCCACUCCGACGCCACUUCAUCAUGCGGGCGCAAGCC--CCACCCACUACGCAAAUACGCGUAA
-----..(((((((------..((((((-((((.(.--------.((((......))))..)))).)))))))..))((((....)))--))))))..(((((......))))). ( -48.30)
>DroYak_CAF1 55093 101 - 1
GGAGAUGGGUGGAG------CAGGUGAGUGGGCUGG--------ACGGGGUGCCACUCCGACGCCACUUCAUCAUUCGGGCGUAAACCUCCCACCCACUACGCAAAUACGCGUAA
.....(((((((.(------.(((((((((((((..--------....))).))))))..(((((.............)))))..)))))))))))).(((((......))))). ( -40.62)
>DroAna_CAF1 61727 101 - 1
-GGGGUGGG-UGGCAAAUUCCUGGUGGAUGGGGUGGUUAACGGAACUAGGU--------GGCGCCACUUCAUCAUUCGGGCGUAAAUCUU----CCACUACGCAAAUACGCGUAA
-..((((((-.((...((.(((((..(((((((((((..((........))--------...)))))))))))..))))).))...)).)----)))))((((......)))).. ( -35.50)
>consensus
UGGAAUGGG_UGGC______CAGGUGAGUGGGCUGG________ACGGGGUGCCACUCCGACGCCACUUCAUCAUUCGGGCGUAAACCUGCCACCCACUACGCAAAUACGCGUAA
......................((((.(((((.............(((((.....)))))(((((.............)))))...)))))))))...(((((......))))). (-21.01 = -23.25 +   2.24) 

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