Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,241,516 – 4,241,634 |
Length | 118 |
Max. P | 0.559410 |
Location | 4,241,516 – 4,241,634 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 72.03 |
Mean single sequence MFE | -32.22 |
Consensus MFE | -18.62 |
Energy contribution | -18.77 |
Covariance contribution | 0.15 |
Combinations/Pair | 1.40 |
Mean z-score | -1.32 |
Structure conservation index | 0.58 |
SVM decision value | 0.05 |
SVM RNA-class probability | 0.559410 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 4241516 118 + 20766785 GUUUUCGGUUCGAGGG--AUACGGUUUAGUAGUAGAAGAGUUCCGGAAAGUUCGUCUCGUAGAUGGGCUUCUCAUUGCUGGCUUGCAACUGACUGGACUUGGUGUCGCUUUGCGUGAUCU ......((((((((((--(((((((((((((((...........(..(((((((((.....)))))))))..)..(((......)))))).))))))))..))))).)))))...)))). ( -34.20) >DroVir_CAF1 5609 105 + 1 ---------------AAUAUAUGUUUUAGUAGUAGAACAGCUCUGGGAAUUUCGUCUCGUAGACGGGUUUCUCAUUGUUGGUCUGCAGUGGGGCUGUCUUAUUGUCGCUCAGCGUAAUCU ---------------....((((((...((((((..(((((((((((((.((((((.....)))))).)))))(((((......)))))))))))))..))))).)....)))))).... ( -33.40) >DroYak_CAF1 3027 110 + 1 --------UUCGAGGA--AUACGUUUUAAUAGUAAAAGAGUUCCGGGAAGUUCGUCUCGUAGAUGGGCUUCUCAUUGCUAGCUUGCAACUGACUGGACUUAGUGUCGCUCUGCGUGAUCU --------...(((..--((((.(((((....)))))((((.((((((((((((((.....))))))))))(((((((......)))).))))))))))).))))..))).......... ( -31.80) >DroMoj_CAF1 2785 113 + 1 UUUUA-------UAUAAUUUUCGUUUUAGUAGUAGAAGAGCUCUGGGAAUUUCGUCUCAUAGACGGGCUUCUCAUUGGUUGUCUGCAUUUGAGCUGUUUUGCUAUCGCUUUGCGUUAUCU .....-------.........(((....(((((((((.(((((((((((.((((((.....)))))).))))))...((.....))....))))).)))))))))......)))...... ( -31.50) >DroAna_CAF1 3055 116 + 1 G--UCCGGUUUACAUA--AUACCAUUUAGUAAUAAAAGAGUUCGGGGAAGUUCGUCUCAUAGAUGGGCUUCUCAUUGCUCGCCUGCAGUUGAGCCGCCUUAUUGUCGCUCUGCGUGAUCU (--((((((((((.((--(......))))))).....((((...((((((((((((.....))))))))))))...))))))).(((...((((.((......)).)))))))).))).. ( -34.80) >DroPer_CAF1 7275 112 + 1 GUUCAC------AGUA--AUACAGAUUAGUAAUAGAAUAAUUCUGGAAAGUUUGUCUCGUAGAUGGGCUUCUCGUUGCUGCCCUGCAGCUGGGCCACCUUGCUGUCGCUUUGCGUUAUCU ....((------((((--(........(((((((((.....)))(..(((((..((.....))..)))))..)))))))((((.......))))....)))))))(((...)))...... ( -27.60) >consensus G__U________AGUA__AUACGUUUUAGUAGUAGAAGAGUUCUGGGAAGUUCGUCUCGUAGAUGGGCUUCUCAUUGCUGGCCUGCAGCUGAGCCGACUUACUGUCGCUCUGCGUGAUCU ..........................((((((.......((((.((((((((((((.....))))))))))))(((((......))))).))))....)))))).(((...)))...... (-18.62 = -18.77 + 0.15)
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