Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,240,507 – 4,240,599 |
Length | 92 |
Max. P | 0.811275 |
Location | 4,240,507 – 4,240,599 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 6 |
Columns | 97 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 82.61 |
Mean single sequence MFE | -19.48 |
Consensus MFE | -13.97 |
Energy contribution | -15.22 |
Covariance contribution | 1.25 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -1.71 |
Structure conservation index | 0.72 |
SVM decision value | 0.21 |
SVM RNA-class probability | 0.637532 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 4240507 92 + 20766785 AUCGUUUACAUCACUAGUAUCAUGUAAUGACGCUUUACGUCAUCUACU-----UAAAUGGAGUAGACGCACACUCUAGUGCCCUCGCACAAUAUGUA ......(((((((((((.....(((..(((((.....)))))((((((-----(.....))))))).)))....))))))............))))) ( -19.90) >DroSec_CAF1 2055 92 + 1 AUCGUUUACAUCACUAGUAUCAUUGAAUGACGAGUUACGUCAUCUACU-----UAAUUGGAGUAGACGCACGCUCUAGUGCCCUUGCACAAUAUCUA ..(((((((..((..((((.....((.(((((.....)))))))))))-----....))..))))))).........((((....))))........ ( -19.60) >DroSim_CAF1 3560 92 + 1 AUCGUUUACAUCACUAGUAUCAUUGAAUGACGCUUUACGUCAUCUACU-----UAAUUGGAGUAGACGCACGCUCUAGUGCCCUCGCACAAUAUCUA ..(((((((..((..((((.....((.(((((.....)))))))))))-----....))..))))))).........((((....))))........ ( -19.70) >DroEre_CAF1 2070 90 + 1 AUCGUUUACAUCACAAGUAUCAUGUAAUGACGCUUUACGUCAUCUACU-----UAUUUAGAGUAGACGCACGACCUAGUGCCCUCGCACAAU--GUA ..(((((((.((..(((((....(((((((((.....)))))).))).-----))))).))))))))).........((((....))))...--... ( -21.00) >DroYak_CAF1 2051 90 + 1 AUCGUUUACAUCACUAGUAUCAUGUAAUGACGCUUUACGUCAUCUACU-----UAUUUGGAGUAGACGCACGACCUAGUGCCCUCGCACAAU--GUA ..(((((((.((...((((....(((((((((.....)))))).))).-----))))..))))))))).........((((....))))...--... ( -21.90) >DroAna_CAF1 2049 90 + 1 AUCGUUUACAUCAUUAUUAGAUUGUAAUAAUG------GCCAACCACUAUCAAUUCUUAGAGUAAGAGCACACUCUAGUGCCCUCGCACC-UACGUA ......(((.(((((((((.....))))))))------).......(((........))).(..((.((((......)))).))..)...-...))) ( -14.80) >consensus AUCGUUUACAUCACUAGUAUCAUGUAAUGACGCUUUACGUCAUCUACU_____UAAUUGGAGUAGACGCACGCUCUAGUGCCCUCGCACAAUAUGUA ..(((((((.((...........(((((((((.....)))))).)))............))))))))).........((((....))))........ (-13.97 = -15.22 + 1.25)
Location | 4,240,507 – 4,240,599 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 6 |
Columns | 97 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 82.61 |
Mean single sequence MFE | -26.33 |
Consensus MFE | -18.39 |
Energy contribution | -18.78 |
Covariance contribution | 0.39 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -2.46 |
Structure conservation index | 0.70 |
SVM decision value | 0.65 |
SVM RNA-class probability | 0.811275 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 4240507 92 - 20766785 UACAUAUUGUGCGAGGGCACUAGAGUGUGCGUCUACUCCAUUUA-----AGUAGAUGACGUAAAGCGUCAUUACAUGAUACUAGUGAUGUAAACGAU (((((...((((....))))....)))))((((((((.......-----)))))))).(((...(((((((((........)))))))))..))).. ( -26.40) >DroSec_CAF1 2055 92 - 1 UAGAUAUUGUGCAAGGGCACUAGAGCGUGCGUCUACUCCAAUUA-----AGUAGAUGACGUAACUCGUCAUUCAAUGAUACUAGUGAUGUAAACGAU .....(((((.......((((((.((((.((((((((.......-----)))))))))))).....(((((...))))).))))))......))))) ( -25.42) >DroSim_CAF1 3560 92 - 1 UAGAUAUUGUGCGAGGGCACUAGAGCGUGCGUCUACUCCAAUUA-----AGUAGAUGACGUAAAGCGUCAUUCAAUGAUACUAGUGAUGUAAACGAU .....(((((.......((((((.((((.((((((((.......-----)))))))))))).....(((((...))))).))))))......))))) ( -25.42) >DroEre_CAF1 2070 90 - 1 UAC--AUUGUGCGAGGGCACUAGGUCGUGCGUCUACUCUAAAUA-----AGUAGAUGACGUAAAGCGUCAUUACAUGAUACUUGUGAUGUAAACGAU (((--(((((((....))))...((((((.(((((((.......-----)))))))((((.....))))....))))))......))))))...... ( -26.20) >DroYak_CAF1 2051 90 - 1 UAC--AUUGUGCGAGGGCACUAGGUCGUGCGUCUACUCCAAAUA-----AGUAGAUGACGUAAAGCGUCAUUACAUGAUACUAGUGAUGUAAACGAU ...--(((((.......((((((((((((.(((((((.......-----)))))))((((.....))))....)))))).))))))......))))) ( -28.12) >DroAna_CAF1 2049 90 - 1 UACGUA-GGUGCGAGGGCACUAGAGUGUGCUCUUACUCUAAGAAUUGAUAGUGGUUGGC------CAUUAUUACAAUCUAAUAAUGAUGUAAACGAU (((((.-((.(..(((((((......)))))))..).)).(((..(((((((((....)------))))))))...))).......)))))...... ( -26.40) >consensus UACAUAUUGUGCGAGGGCACUAGAGCGUGCGUCUACUCCAAUUA_____AGUAGAUGACGUAAAGCGUCAUUACAUGAUACUAGUGAUGUAAACGAU ........((((....)))).....(((.((((((((............)))))))))))....(((((((((........)))))))))....... (-18.39 = -18.78 + 0.39)
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