Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,222,994 – 4,223,114 |
Length | 120 |
Max. P | 0.591486 |
Location | 4,222,994 – 4,223,114 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 89.16 |
Mean single sequence MFE | -36.78 |
Consensus MFE | -29.58 |
Energy contribution | -31.30 |
Covariance contribution | 1.72 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -1.44 |
Structure conservation index | 0.80 |
SVM decision value | 0.12 |
SVM RNA-class probability | 0.591486 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 4222994 120 - 20766785 CCCCUAGCUAUGCUGGUGCACAAAUACGCGGAAUGGUAUUACGUUCCUCAAUUCCGGAUGGCAAUAUGGUCACUACUGGUAACGAUGCCCCUGGCAAUAGUUGUAUUCUUGCACUCUCGC ....((((...))))(((((..((((((.((((((......)))))).)....((((.((((......))))...)))).(((..((((...))))...))))))))..)))))...... ( -31.70) >DroSec_CAF1 34795 120 - 1 CCCCUAGCUAUGCUGGUGCACAAAUACGCGGAAUGGUAUUACGUUCCUCAGUUCCGGAUGGCUAUAUGGUCACUACUGGUAACGAUGCCCCUGGCAAUAGUUGUAUUCGUGCACUCGCGC ...........((.(((((((.((((((.((((((......)))))).).(((((((.(((((....)))))...)))).)))..((((...))))......))))).))))))).)).. ( -41.40) >DroSim_CAF1 62518 120 - 1 CCCCUAGCUAUGCUGGUGCACAAAUACGCUGAAUGGUAUUACGUUCCUCAGUUCCGGAUGGCUAUAUGGUCACUACUGGUAACGAUGCCCCUGGCAAUAGUUGUAUUCGUGCACUCGCGC ...........((.(((((((.(((((((((((((......)))))....(((((((.(((((....)))))...)))).)))..((((...))))..)).)))))).))))))).)).. ( -37.80) >DroEre_CAF1 36246 119 - 1 U-CCCAGCUAUGCUGGCGCACAAGUACGUGGACUGGUAUUAUAUCCCUCAGUUCCGAAUGGCCAUUUGGUCAUUACUGGUAACGAUGCCACUGGCAAUAAUUGUAUUCGUGCACUCUCGC .-.(((((...))))).((((.((((((.(((((((...........)))))))).(((((((....)))))))..(((((....)))))............))))).))))........ ( -34.50) >DroYak_CAF1 37454 119 - 1 U-CCUAGCUGCGAUGGCGCACAAAUACGCGGAAUGGUAUUACAUUCCACAGUUCCGAAAGGCAAUAUGGUCAUUACUGGUAACGAUACCCCUGGCAAUUGUAGUAUUCGUGCACUCUCGC .-.......((((.((.((((.(((((..((((((......))))))((((((((....)).......((((.....((((....))))..)))))))))).))))).)))).)).)))) ( -38.50) >consensus CCCCUAGCUAUGCUGGUGCACAAAUACGCGGAAUGGUAUUACGUUCCUCAGUUCCGGAUGGCAAUAUGGUCACUACUGGUAACGAUGCCCCUGGCAAUAGUUGUAUUCGUGCACUCUCGC ..........(((.(((((((.((((((.((((((......)))))).).(((((((.((((......))))...)))).)))..((((...))))......))))).))))))).))). (-29.58 = -31.30 + 1.72)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:54:23 2006