Locus 1006

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	4,209,702 – 4,209,798
Length	96
Max. P	0.999615

overview

Window 8

Location	4,209,702 – 4,209,798
Length	96
Sequences	5
Columns	96
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.48
Mean single sequence MFE	-41.28
Consensus MFE	-36.50
Energy contribution	-36.82
Covariance contribution	0.32
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-2.68
Structure conservation index	0.88
SVM decision value	3.79
SVM RNA-class probability	0.999615
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4209702 96 + 20766785
AGUGAGGACUCGCUGCUGGUUCGAGCUGGUGACUGGGACCUUAACAGCCAGACAGAGCUGCAUCCCUACCAGAUGCGGGCCAUCAGCGAGCUGCAU
.(((.((.(((((((.(((((((..((((((...((((......((((........))))..))))))))))...))))))).))))))))).))) ( -43.50)
>DroSec_CAF1 21420 96 + 1
AGUGAGGACUCGCUGCUGGUUCGAGCUGGCGACUGGGACCUUAACAGCCAGACAGAGCUGCAUCCCUACCAGAUGCGGGCCAUCAGCGAGCUGCAU
.(((.((.(((((((.(((((((..((((.....((((......((((........))))..))))..))))...))))))).))))))))).))) ( -41.00)
>DroSim_CAF1 51973 96 + 1
AGUGAGGACUCGCUGCUGGUUCGAGCUGGCGACUGGGACCUUAACAGCCAGACAGAGCUGCAUCCCUACCAGAUGCGGGCCAUCAGCGAGCUGCAU
.(((.((.(((((((.(((((((..((((.....((((......((((........))))..))))..))))...))))))).))))))))).))) ( -41.00)
>DroEre_CAF1 23426 96 + 1
ACUGAGGACUCGCUGCUGGUUCGAGCUGGAGACUGGGACCUGAACAGCCAGACAGAGCUGCACCCCUACCAGAUGCGGGCUAUCAGCGAGAUUCAU
..((((..(((((((.(((((((..((((((...(((...((..((((........))))))))))).))))...))))))).))))))).)))). ( -37.00)
>DroYak_CAF1 24005 96 + 1
AAUGAGGACUCGCUGCUGGUUCGCGCUGGUGAAUGGGACCUCAACAGCCAGACAGAGCUGCACCCCUACCAGAUGCGGGCUAUCAGCGAGUUGCAU
.(((..(((((((((.(((((((((((((((...(((.......((((........))))...))))))))).))))))))).))))))))).))) ( -43.90)
>consensus
AGUGAGGACUCGCUGCUGGUUCGAGCUGGCGACUGGGACCUUAACAGCCAGACAGAGCUGCAUCCCUACCAGAUGCGGGCCAUCAGCGAGCUGCAU
.(((.((.(((((((.(((((((..((((.....((((......((((........))))..))))..))))...))))))).))))))))).))) (-36.50 = -36.82 +   0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	4,209,702 – 4,209,798
Length	96
Sequences	5
Columns	96
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.48
Mean single sequence MFE	-36.60
Consensus MFE	-33.82
Energy contribution	-34.10
Covariance contribution	0.28
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-1.48
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	1.45
SVM RNA-class probability	0.954821
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 4209702 96 - 20766785
AUGCAGCUCGCUGAUGGCCCGCAUCUGGUAGGGAUGCAGCUCUGUCUGGCUGUUAAGGUCCCAGUCACCAGCUCGAACCAGCAGCGAGUCCUCACU
.....((((((((.(((..((...(((((.(((((((((((......))))))....)))))....)))))..))..))).))))))))....... ( -38.70)
>DroSec_CAF1 21420 96 - 1
AUGCAGCUCGCUGAUGGCCCGCAUCUGGUAGGGAUGCAGCUCUGUCUGGCUGUUAAGGUCCCAGUCGCCAGCUCGAACCAGCAGCGAGUCCUCACU
.....((((((((.(((..((...(((((.(((((((((((......))))))....)))))....)))))..))..))).))))))))....... ( -39.00)
>DroSim_CAF1 51973 96 - 1
AUGCAGCUCGCUGAUGGCCCGCAUCUGGUAGGGAUGCAGCUCUGUCUGGCUGUUAAGGUCCCAGUCGCCAGCUCGAACCAGCAGCGAGUCCUCACU
.....((((((((.(((..((...(((((.(((((((((((......))))))....)))))....)))))..))..))).))))))))....... ( -39.00)
>DroEre_CAF1 23426 96 - 1
AUGAAUCUCGCUGAUAGCCCGCAUCUGGUAGGGGUGCAGCUCUGUCUGGCUGUUCAGGUCCCAGUCUCCAGCUCGAACCAGCAGCGAGUCCUCAGU
.(((..(((((((......((...((((...(((.((((((......))))))......))).....))))..))......)))))))...))).. ( -31.20)
>DroYak_CAF1 24005 96 - 1
AUGCAACUCGCUGAUAGCCCGCAUCUGGUAGGGGUGCAGCUCUGUCUGGCUGUUGAGGUCCCAUUCACCAGCGCGAACCAGCAGCGAGUCCUCAUU
.....((((((((......(((..(((((..(((.((((((......))))))......)))....))))).)))......))))))))....... ( -35.10)
>consensus
AUGCAGCUCGCUGAUGGCCCGCAUCUGGUAGGGAUGCAGCUCUGUCUGGCUGUUAAGGUCCCAGUCACCAGCUCGAACCAGCAGCGAGUCCUCACU
.....((((((((.(((..((...(((((.(((((((((((......))))))....)))))....)))))..))..))).))))))))....... (-33.82 = -34.10 +   0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

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