Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 4,208,448 – 4,208,568 |
Length | 120 |
Max. P | 0.531764 |
Location | 4,208,448 – 4,208,568 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 94.33 |
Mean single sequence MFE | -46.00 |
Consensus MFE | -41.00 |
Energy contribution | -41.28 |
Covariance contribution | 0.28 |
Combinations/Pair | 1.09 |
Mean z-score | -1.14 |
Structure conservation index | 0.89 |
SVM decision value | -0.00 |
SVM RNA-class probability | 0.531764 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 4208448 120 - 20766785 UUGCCGGAAUCAUCCGACUCGUCGCACUUCUUCUUGCUAACGCAGACCUCGUGGCUCCCGCAGGUGCGGAUCGAGAGGAUCGCCGGUGCGAGGGAAAUCAAUGCCAGACUGAUCAGCAAC ((((((((....)))).(((.(((((((((((((((....(((..((((.((((...)))))))))))...)))))))).....)))))))))).....................)))). ( -40.70) >DroSec_CAF1 20184 120 - 1 UUGCCGGAAUCAUCCGUCUCGUCGCACUUCUUCUUGCUAACGCAGACCUCGUGGCUCCCGCAGGUGCGGAUCGAGAUGCUCGCCGGUGCGAGGGAGAUCAGUGCCAGACUGAUCAGCAAC ((((........(((((((((((((((((....((((....)))).....((((...))))))))))))..)))))).(((((....))))))))(((((((.....))))))).)))). ( -47.80) >DroSim_CAF1 50646 120 - 1 UUGCCGGAAUCAUCCGUCUCGUCGCACUUCUUCUUGCUAACGCAGACCUCGUGGCUCCCGCAGGUGCGGAUCGAGAGGCUCGCCGGUGCGAGGGAAACCAGUGCCAGACUGAUCAGCAAC ..((((((....))).(((((((((((((....((((....)))).....((((...))))))))))))..))))))))..((.((..(..((....)).)..)).((....)).))... ( -44.40) >DroEre_CAF1 22456 120 - 1 UUGCCGGAAUCAUCCGUCUCGUCGCACCUUUGCUUGCUAACGCAAACCUGGUGGCUCCCGCAGGUGCGGAUCGAGUGACCCGCUGGUGCGAGGGAAACCAGUGCCAGACUGAUCAGCAAC ((((.(((....)))((((..(((((((...((((((....))))....(((.((((((((....))))...)))).))).)).)))))))((....))......))))......)))). ( -49.40) >DroYak_CAF1 22709 120 - 1 UUGCCGGAAUCAUCCGUCUCGUCGCACUUCUUCUUGCUAACGCAGACCUCGUGGCUACCGCAGGUGCGGAUCGAGAGGCCCGCCGGUGCGAGGGAAAUCAGUGCCAGACUGAUCAGCAAC ((((((((....))))((((.(((((((.....((((....))))((((.((((...))))))))((((..(....)..)))).))))))))))).((((((.....))))))..)))). ( -47.70) >consensus UUGCCGGAAUCAUCCGUCUCGUCGCACUUCUUCUUGCUAACGCAGACCUCGUGGCUCCCGCAGGUGCGGAUCGAGAGGCUCGCCGGUGCGAGGGAAAUCAGUGCCAGACUGAUCAGCAAC ((((((((....))))((((.(((((((.....((((....))))((((.((((...))))))))((((.((....)).)))).))))))))))).((((((.....))))))..)))). (-41.00 = -41.28 + 0.28)
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